杨崇广
- 作品数：11 被引量：68H指数：5
- 供职机构：复旦大学基础医学院更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项上海市卫生局青年科研基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 全基因组测序技术在结核病流行病学调查中的应用被引量：4
- 2016年
- 目的 评估全基因组测序技术在结核病分子流行病学调查中的应用。方法 对2008-2012年在上海市两家结核病定点医院发现9名耐多药患者中分离的结核分枝杆菌具有相同的可变数目串联重复序列，本研究对此进行流行学调查，并对9株结核分枝杆菌进行全基因组测序，分析其传播关系。结果 全基因组序列分析将9株结核分枝杆菌分为两个有传播关系的网络，一个为包括7株结核分枝杆菌（5例和2例患者分别来自不同的医院）的大簇，一个为只有2株结核分枝杆菌的小簇。两个簇之间相差15个单核苷酸多态性（SNP）位点，提示两个簇的遗传距离相对较远，基于菌株SNP差异构建的传播链显示了每个簇内菌株的传播方向和耐药突变积累的过程。结论 基于全基因组测序数据研究耐药结核病的传播网络，能准确判断传播路径和方向，识别传染源和传播缺失环节。
- 武洁唐利红杨崇广严慧琴孙华沈鑫
- 关键词：结核病耐多药全基因组测序
- 不同可变数目串联重复序列组合鉴定结核分枝杆菌临床菌株分型的效果被引量：9
- 2015年
- 目的 探讨不同可变数目串联重复序列（VNTR）组合鉴定MTB临床菌株分型的效果并在全国推广使用.方法 连续收集国内5个区县的891株MTB菌株样本,通过计算不同VNTR组合的分辨力指数（HGI）,系统评估目前常用的VNTR分型组合,包括国外推荐的12个散在分布重复单位（MIRU）位点组合（MIRU-12）、15/24 VNTR位点组合（VNTR-15/VNTR-24）、24 VNTR位点加4个高变位点组合（VNTR“24＋4”）以及国内吕冰等建立的15位点组合（VNTR-L15）和本课题组筛选的VNTR“9＋3”组合.结果 分辨力由高至低依次为VNTR“24＋4”（0.999 2）、VNTR“9＋3”（0.998 9）、VNTR-24 （0.992 9）、VNTR-15 （0.988 4）、VNTR-L15 （0.970 9）、MIRU-12（0.924 8）.VNTR“9＋3”的分型能力不仅超过VNTR-15,且高于VNTR-24,与分辨力最高的VNTR“24 ＋4”组合分型结果一致的菌株数为822株,一致率达到96.6％ （822/851）.结论 VNTR“9＋3”的分辨力和分型结果均与VNTR“24＋4”相当,且具有位点数少、工作量小,易于推广的优点.建议将VNTR“9＋3”组合作为我国MTB基因型分型的推荐方案推广应用.
- 刘梅罗涛杨崇广柳清云高谦
- 关键词：串联重复序列基因型
- 利用全基因组测序解析耐多药结核病传播路径被引量：3
- 2016年
- 目的应用全基因组测序技术解析耐多药结核分枝杆菌的传播路径。方法对2009—2012年上海市一起经VNTR分型鉴定的耐多药结核病传播案例中8例簇病例进行全基因组测序,描述耐多药结核分枝杆菌的传播路径。结果该起传播案例中源病例是1例复发耐多药结核病患者,在3年内传播耐药菌株导致另外至少7例患者发病。结论全基因组测序技术可以弥补传统流行病学调查与基因分型技术的不足,准确地描述结核病传播的方向与细节,鉴定传染源与缺失病例,有助于准确揭示耐多药结核病的传播路径。
- 江琦武洁刘艳刘骁唐利红杨崇广沈鑫高谦
- 关键词：全基因组测序耐多药结核病
- 耐多药结核分枝杆菌的传播：一项基于全基因组测序和流行病学调查的回顾性观察研究被引量：38
- 2017年
- 背景耐多药结核病是一个全球性的难题和挑战，据2016年世界卫生组织的报道，全球每年新发耐多药结核病480000例，我国的耐多药结核病疫情严重，是第二大高负担国家。阐明耐多药结核病的传播模式是防控该疾病的关键之一。本研究结合基因组学和流行病学的方法揭示耐多药结核病的传播及其危险因素。
- 杨崇广高谦
- 关键词：耐多药结核分枝杆菌流行病学调查全基因组测序耐多药结核病结核病疫情
- 中国部分地区以人群为基础的结核病分子流行病学研究
- 结核病是一种古老的疾病，目前仍是全世界人类健康的主要威胁之一。结核病控制有两个重要方面:一是找出传染源，切断传播途径，减少新病例的产生;二是采取有效的治疗方案，治愈病人，控制传染源。90年代后随着直接面试下的短程督导治疗...
- 杨崇广
- 关键词：结核病分子流行病学
- 细菌的群体性行为与耐药被引量：5
- 2011年
- 随着抗生素的广泛使用,细菌耐药已经成为一个严重的问题。细菌耐药是一个复杂的过程,涉及宿主、细菌与环境等几个既相互独立又相互作用的因素。很久以来,人们认为细菌以个体为单位进行各种活动,直到发现细菌相互之间也存在联系,才意识到细菌群体对其个体生存的重要性。目前将细菌作为一个群体来研究其耐药行为与机制的研究越来越多,特别是细菌生物膜与细菌程序性死亡两方面受到极大重视。本文综述了细菌生物膜、细菌程序性死亡与耐药相关机制的研究进展。
- 王辉杨崇广牛辰
- 关键词：细菌耐药生物膜程序性死亡
- 建立适合我国结核分枝杆菌特征的可变串联重复序列（VNTR）分型方法被引量：6
- 2014年
- 建立相对统一的结核分枝杆菌基因分型方法对掌握我国流行菌株的遗传特征及评估各地区结核病的近期传播有重要意义。结核分枝杆菌可变串联重复序列（VNTR）分型在全球范围内得到了广泛运用，Philip Supply等于2006年提出的15／24位点VNTR（VNTR-15／24）是目前应用最多的方案，但该方案对我国高度流行的北京家族菌株的分辨率较低。
- 罗涛杨崇广逄宇赵雁林梅建高谦
- 关键词：可变串联重复序列结核分枝杆菌基因分型方法流行菌株
- 锑矿工结核病传播及危险因素调查
- 2015年
- 目的了解锑矿工肺结核感染率及感染的危险因素。方法采用整群抽样方法,对263例锑矿工肺结核患者进行结核分枝杆菌的菌株鉴定和药敏试验。基因分型采用12位点结核分枝杆菌散在分布重复单元和多位点串联重复序列;采用2检验评估结核传播的危险因素。结果锑矿工肺结核的感染率为9.8%(472/4 831);纳入研究的263例患者中,175例成簇,成簇率为66.5%,近期传播率最低估计值为53.2%。治疗失败、工龄大于10年、菌株多重耐药及痰涂片阳性的锑矿工肺结核传播率较高。结论锑矿工结核分枝杆菌具有成簇性,其菌株毒力更强、传播率高,治疗效果、矿龄、菌株耐药性及痰涂片结果是影响肺结核传播的重要危险因素。
- 陈开森刘涛林瑞瑞罗涛杨崇广
- 关键词：锑矿工结核结核分枝杆菌串联重复序列
- 不同VNTR组合对我国结核分枝杆菌基因型分析的效果评估
- ：评估适用于我国结核分枝杆菌菌株基因型特点的VNTR分型组合.方法：利用在全国5个区县连续收集的851株菌株样本,系统地评估目前常用的VNTR组合.结果：分辨力由高至低依次为VNTR"24+4" 、V...
- 刘梅罗涛杨崇广柳清云高谦
- 关键词：结核分枝杆菌基因分型流行病学
- 可变数目串联重复序列在上海崇明岛地区结核分枝杆菌北京基因型菌株微进化研究中的应用被引量：4
- 2010年
- 本文通过对上海市疾病预防控制中心收集并保存的、来源于上海崇明岛地区痰培养阳性肺结核患者的135株结核分枝杆菌北京基因型菌株进行可变数目串联重复序列(VNTR)和单核苷酸多态性(SNP)基因分型,并构建最小生成树(MST),来寻找适合研究北京基因型菌株微进化的VNTR组合及区分不同亚型的分子标志。结果显示,16位点VNTR与SNP的分型结果最匹配,适合于研究该地区北京基因型菌株的微进化;SNP单倍型主要集中在ST10(42.2%)、ST19(30.4%)、ST22(14.1%)3个类型;4个VNTR位点(Mtub21、QUB26、MIRU16和QUB4156)可能是区分北京基因型菌株不同亚型的分子标志。
- 乔可王辉杨崇广罗涛梅建高谦
- 关键词：结核分枝杆菌北京基因型可变数目串联重复序列单核苷酸多态性最小生成树
