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Val55点突变对鸡胱抑素I66Q结构稳定性影响的分子动力学研究: 2012年; Val55是鸡胱抑素(Chicken cystatin,cC)铰链环状区的重要位点。本文采用分子动力学模拟的方法研究了V55位点突变对cC典型的淀粉样突变体I66Q结构稳定性的影响情况,并深入探讨了其分子机制。研究表明V55N和V55D对I66Q突变体都有稳定其结构的作用,但V55N的稳定作用更显著。进一步研究发现V55N和V55D对I66Q的这种稳定作用是由于突变后的55位残基与邻近残基形成了较多稳定的氢键,从而增加了自身位点及Loop1、β2-β3的稳定性,并进一步稳定了I66Q的α-螺旋和疏水核心结构。这可能最终阻碍胱抑素淀粉样突变体I66Q结构域交换的发生。; 张梦媛徐利楠沈曼莉何剑为宋有涛; 关键词：胱抑素分子动力学模拟

Hsp70核苷酸结合域突变体影响酶活的分子动力学模拟研究被引量：2: 2013年; 分子伴侣蛋白Hsp70氮端核苷酸结合域(NBD,nucleotide-binding domain)的ATP酶活性变化对其行使分子伴侣功能具有重要作用。本文采用分子动力学模拟方法研究酵母分子伴侣Hsp70氮端NBD内残基A17,R23,G32和R167点突变对其ATP酶活性区域构象影响及功能关系。结果表明,突变体A17V,T23H,G32S的ATP结合口袋袋口的loop1(第一个转角,连接β1与β2)结构柔性增强,活性残基T11侧链明显向内移动,从而更加接近ATP的γ-磷酸基团,更容易使ATP水解。这可能最终导致ATP酶活性增强,从而引起分子伴侣功能的变化。; 周小红徐利楠薛友林宋有涛; 关键词：HSP70 分子动力学模拟突变体

氯化钠对朊病毒结构稳定性影响的分子动力学研究被引量：1: 2012年; 朊病毒疾病是由正常构象的PrPC转化为致病构象的PrPSc引起的一类可传染的蛋白质构象病.采用分子动力学模拟的方法研究了0～500mmol/L的NaCl溶液体系对人朊病毒构象影响并深入探讨了其分子机制.研究发现NaCl可以降低朊病毒的结构稳定性,并引起其α-螺旋含量的急剧降低.进一步的研究表明高浓度NaCl溶液体系能够显著破坏朊病毒螺旋1内部的重要盐桥Asp144-Arg148和Asp147-Arg151,同时明显降低其主要氢键Arg151 N:Asp147 O,Tyr150 N:Glu146 O,Tyr149 N:Tyr145 O和Arg148 N:Asp144 O的稳定性,并诱导朊病毒的疏水核心发生明显扩张,促使朊病毒整体稳定性的下降,这些可能是NaCl促进朊病毒构象转换的重要原因.; 徐利楠于媛媛沈曼莉张梦媛李辉邹志远宋有涛; 关键词：朊病毒分子动力学模拟 NACL

二硫键对胱抑素淀粉样突变体I66Q聚集的影响: 人胱抑素C(HCC)在体液中的可溶-聚集状态变化与多种脑血管病及阿尔茨海默病密切相关,但HCC如何通过域交换形成二聚体、最后发生淀粉样聚集的分子机制尚未清楚。目的:本研究结合生化与分子生物学、结构生物学和分子动力学等多学...; 徐利楠何剑为; 文献传递

Hsc70-Auxilin复合物的拉伸分子动力学模拟被引量：2: 2014年; Hsc70与auxilin蛋白组成的系统是Hsp70/Hsp40分子伴侣系统家族的一员,在热休克反应中发挥重要作用。本文为得出auxilin蛋白J结构域的关键氨基酸,首先采用由二硫键交联的Hsc70 R171C与auxilin D876C的复合物结晶结构作为初始模型,进行分子动力学模拟,通过比较平衡后的结合部位发现,将形成二硫键的氨基酸突变为原来的氨基酸结构在结合位点上与生化结果较为相近,之后利用此结构通过拉伸动力学模拟分析了auxilin蛋白J结构域与Hsc70的ATPase功能域的解离过程,并探讨了Hsc70与auxilin蛋白之间的相互作用力。结果表明位于HPD loop上的His874,Asp876,Thr879,螺旋Ⅲ上的Glu884,Asn895,Asp896,Ser899,Glu902,Asn903为关键氨基酸,这些数据符合之前核磁共振实验证实的T抗原J结构域的HPD基序和螺旋Ⅲ与Hsc70的ATPase功能域之间的相互作用。; 周雷徐利楠周小红薛友林李辉宋有涛; 关键词：AUXILIN J-DOMAIN 蛋白相互作用

氯化镁促进溶菌酶淀粉样聚集的分子机制研究被引量：2: 2012年; 高浓度氯化镁能够在一定的条件下促进溶菌酶发生聚集,但其具体的作用机制尚不明确.采用分子生物学实验和分子动力学模拟相结合的方法研究了鸡溶菌酶在不同浓度的MgCl2溶液中的聚集特性和结构稳定性.分子生物学实验结果表明,200 mmol/L MgCl2能够显著促进鸡溶菌酶形成二聚体和三聚体,但效果没有NaCl显著.分子动力学模拟分析显示,200 mmol/L MgCl2能够引起螺旋3和螺旋4的显著偏移,同时能够减弱溶菌酶聚集关键区域(40-110位残基)内二硫键Cys76-Cys94的结合强度;另一方面,MgCl2也能减少疏水核心内部氢键的数量,促使疏水核心的稳定性显著降低,从而促进了溶菌酶分子间的相互作用.; 宋有涛于东润徐利楠邹志远沈曼莉周小红何剑为; 关键词：溶菌酶 MGCL2 寡聚体分子动力学模拟

Ydj1p二聚体中β14～β15与domain-Ⅲ分离的拉伸分子动力学模拟研究被引量：3: 2013年; 分子伴侣Hsp40是一种以二聚体的形式调控非天然多肽折叠的热激蛋白。本文通过拉伸分子动力学研究了酵母Hsp40家族成员Ydj1p二聚体中β14-β15与domain-Ⅲ的分离过程，深入探讨了影响Ydj1p二聚体稳定性的重要残基和相互作用力。研究表明，残基Thr366、Asp368、Cys370、Leu372和Phe375在Ydj1P二聚体的形成过程中发挥着重要的作用。其中，β14-β15中的残基Thr366和Asp368分别通过与domain-Ⅲ内的残基Asp291、Trp292和Trp292、Lys294之间形成的氢键，Asp368通过与domain-Ⅲ内的残基Lys314形成盐桥，Cys370、Leu372和Phe375则是通过与domain-Ⅲ形成疏水作用力来稳定Ydj1p二聚体结构。; 王浩徐利楠孙玉娜沈曼莉薛友林李辉宋有涛; 关键词：分子伴侣二聚体

氯化锌影响胱抑素淀粉样聚集的分子动力学研究: 2013年; 锌离子能够在一定的浓度下促进Aβ等淀粉样蛋白的聚集,但其对胱抑素的影响及具体的作用机制目前尚不明确.采用分子动力学模拟的方法研究了鸡胱抑素(cC)单体在500 mM ZnCl2体系中的结构变化.模拟结果显示,Zn2+使cC的单体结构稳定性降低,并呈现出与cC典型淀粉样突变体I66Q相似的聚集特性.进一步的研究表明,Zn2+能够显著破坏cC内二硫键的稳定性,从而引起了AS区域的偏转和疏水核心的扩张,最终有利于cC二聚体的形成.; 李辉陈应广陈星徐利楠沈曼莉何剑为宋有涛; 关键词：氯化锌胱抑素分子动力学模拟

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徐利楠