张律文
- 作品数：7 被引量：0H指数：0
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- 单基因扰动实验的自适应灰关联聚类算法
- 2009年
- 为克服单基因扰动实验必须遍历所有实验基因所导致的周期长和成本高的缺点,提出了一个自适应参数的灰关联聚类算法,每次基因扰动实验后通过自适应参数灰关联聚类算法选择下一个实验基因,从而省略不必要的基因扰动实验,得到满意的基因扰动顺序并建立基因调控网络。实验结果表明,该算法能有效地甄别对构建基因调控网络基本没有影响的基因,算法结果令人满意。
- 李辉宋安平张律文赵志康张武
- 关键词：自适应参数基因基因调控网络
- 基因调控网络的数值研究
- 随着计算机科学和生物实验技术的发展,通过研究和应用高效算法、结合高性能计算技术,对海量生物学数据进行整合和分析的计算系统生物学正成为21世纪自然科学的核心领域之一。如何分析、阐明和理解基因表达数据从而构建基因调控网络是目...
- 张律文
- 关键词：基因调控网络网络模拟并行计算神经干细胞
- 文献传递
- 一种逐步回归基因调控网络的推断方法
- 本发明公开了一种逐步回归基因调控网络的推断方法，该方法步骤如下：A.读取基因表达数据矩阵和基因扰动数据矩阵；B.确定基因表达数据矩阵和基因扰动数据矩阵是否均为标准化数据；C.对基因表达数据矩阵和基因扰动数据据矩阵分别进行...
- 张武张律文肖梅谢江宋安平何冰
- 文献传递
- 人工基因调控网络的模拟方法
- 本发明公开了一种人工基因调控网络的模拟方法，该方法步骤如下：A、根据真实基因调控网络的拓扑特性，构建具有全局稳定不动点的骨架网络；B、将骨架网络中的节点和边进行随机拆分；C、在骨架网络上增加新的节点：D、在新的节点的上产...
- 张武张律文张轶雯宋安平谢江封卫兵
- 文献传递
- 一种逐步回归基因调控网络的推断方法
- 本发明公开了一种逐步回归基因调控网络的推断方法，该方法步骤如下：A.读取基因表达数据矩阵和基因扰动数据矩阵；B.确定基因表达矩阵和基因扰动矩阵是否均为标准化数据；C.对基因表达数据矩阵和基因扰动数据据矩阵分别进行数据归一...
- 张武张律文肖梅谢江宋安平何冰
- 基于复杂网络模型的基因调控网络的计算模拟
- 2010年
- 随着大通量基因芯片数据的产生,基因调控机制的网络化研究需求日趋迫切。提出了基于复杂网络理论的基因调控网络的模拟方法,构建了基因调控网络模拟器GN-Simulator。通过分析真实基因调控网络的拓扑特性,提出了对应的矩阵模型,并充分考虑了网络的生物学鲁棒性和动力学稳定性,给出了人工基因网络的生成过程和计算模拟方法。计算实验表明,GN-Simulator能高效地模拟出与真实基因调控网络高度相似的大规模人工网络,并可为不同算法提供无偏验证的多样化人工模拟数据。
- 张律文谢江陈建娇张武
- 关键词：复杂网络动力学稳定性基因调控网络
- 人工基因调控网络的模拟方法
- 本发明公开了一种人工基因调控网络的模拟方法，该方法步骤如下：A、根据真实基因调控网络的拓扑特性，构建具有全局稳定不动点的骨架网络；B、将骨架网络中的节点和边进行随机拆分；C、在骨架网络上增加新的节点：D、在新的节点的上产...
- 张武张律文张轶雯宋安平谢江封卫兵
