孙海龙
- 作品数：3 被引量：8H指数：2
- 供职机构：南京农业大学园艺学院更多>>
- 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金更多>>
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- 果梅PmKNAT2基因全长cDNA克隆及表达分析被引量：4
- 2014年
- 【目的】从‘大嵌蒂’果梅中克隆PmKNAT2,并对其结构特征及表达模式进行分析,为研究果梅雌蕊败育的分子机理和分子育种奠定基础。【方法】在NCBI中查找与果梅相似性很高的桃KNOPE2(KNAT2的同源基因)序列(EF093491),根据桃的KNOPE2序列设计特异引物;采用改良CTAB法提取‘大嵌蒂’果梅花芽总RNA;通过RT-PCR和RACE技术获得基因cDNA序列全长;使用DNAMAN软件进行序列拼接;利用NCBI数据库中的BLASTn和BLASTp程序进行相似性分析;通过生物信息学方法分析结构特征;用DNAMAN软件分析基因的ORF和氨基酸序列;MEGA4.0软件进行系统进化树的构建;利用Bioxm2.6推测分析蛋白分子量和等电点;根据NCBI中Conserved Domains程序进行蛋白质保守域结构预测;用ExPaSy提供的在线SOPMA程序进行蛋白质二级结构预测;构建PJIT166-PmKNAT2-GFP的融合亚细胞定位表达载体,采用基因枪法转化洋葱表皮细胞,经暗培养后在激光共聚焦显微镜下观察;利用实时荧光定量RT-PCR研究其表达模式,分析其在‘大嵌蒂’花芽发育不同时期、不同器官中的表达特性。【结果】在‘大嵌蒂’果梅中获得一个KNAT2的同源基因,命名为PmKNAT2,其cDNA全长为1 402 bp,5'UTR47 bp,3'UTR 293 bp,编码区全长为1 062 bp,编码353个氨基酸,预测蛋白质分子量为40.41 kD,理论等电点为4.85。蛋白结构分析表明该基因编码的氨基酸具有2个结构域,MEINOX结构域(KNOXⅠ和KNOXⅡ2个亚结构域)和HD(homomeodomain)结构域,属于KNOX蛋白;相似性分析发现该基因与GenBank中其它来源的KNOX蛋白序列的相似性为50%—100%;系统进化树分析显示果梅PmKNAT2与桃KNOX聚为一类,表明与其亲缘关系最近。二级结构预测结果表明PmKNAT2所编码蛋白由47.14%的α-螺旋(Alpha helix)、3.43%的β-转角(Beta turn)、3.14的β-折叠(Extended strand)和46.29%的随机卷曲(Random coil)组成。亚细胞定位结果显示该基因编码的蛋白定位于细�
- 孙海龙宋娟高志红倪照君章镇
- 关键词：果梅雌蕊败育基因克隆
- KNOX Ⅰ类基因在雌蕊发育中的作用被引量：2
- 2012年
- 雌蕊由心皮和花柱组成并最终发育成果实,其发育对作物的产量、质量都有决定性的影响。因此,对雌蕊败育相关基因的研究是植物生物学研究领域的热点,KNOX家族是植物中的5个同源异型盒基因家族之一,分为Ⅰ类和Ⅱ类KNOX亚家族,主要在植物茎顶端分生组织中特异表达,是分生组织发生与维持所必需的关键基因,调控与器官发生相关的细胞分化,最终影响侧生器官的形态建成、该文综述了与雌蕊发育相关的KNOX家族基因功能,重点对KNOX家族中的KNOX Ⅰ类基因进行了阐述。
- 孙海龙侍婷章镇高志红
- 关键词：雌蕊发育相关基因KNOX
- 葡萄VvGW2基因的克隆及表达被引量：2
- 2015年
- 为了从葡萄品种美人指中克隆Vv GW2基因,并对其结构特征及表达模式进行分析。在NCBI中查找与水稻粒形基因Os GW2同源性最高的葡萄序列,根据葡萄的GW2基因序列设计特异引物。采用改良CTAB法提取美人指花序中总RNA,运用RT-PCR技术进行克隆。利用NCBI数据库中的BLASTn和BLASTp程序进行相似性分析;利用Bioxm2.6推测分析蛋白质分子量和等电点;根据NCBI中Conserved Domains程序进行蛋白质保守域结构预测;用Ex Pa Sy提供的在线SOPMA程序进行蛋白质二级结构预测;利用实时荧光定量RT-PCR研究该基因表达模式。结果显示,从美人指中克隆得到1个GW2基因同源序列,命名为Vv GW2基因。Vv GW2基因开放阅读框长度为1 272 bp,共编码423个氨基酸,预测蛋白质分子量为46 960,理论等电点为4.68。该基因编码的氨基酸具有GW2蛋白质保守的环指结构域,该环指蛋白质为C5HC2类型。与Gen Bank中登录的其他植物GW2蛋白质序列相似性为47%～53%。根据Vv GW2基因所编码的氨基酸序列构建系统进化树,结果显示,葡萄与可可聚为一类。实时荧光定量RT-PCR分析结果显示,Vv GW2基因在美人指花或果实的各时期均有表达,其中在开花期基因表达量最高。不同葡萄品种中,Vv GW2基因的表达量存在差异,在指形葡萄品种美人指的表达量最高,在圆形葡萄品种中的表达量很低。表明Vv GW2基因在不同时期和不同品种中的表达量差异可能与葡萄果实形状相关。
- 宋新新袁月孙海龙余晓娟陶建敏
- 关键词：葡萄VV基因克隆
