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李坏死环斑病毒检测方法的比较研究被引量：1: 2008年; 针对感染李坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)植株病毒的特异性检测,将DAS- ELISA、RT-PCR方法综合改进、优化,建立了免疫捕获反转录PCR(IC-RT-PCR)检测PNRSV的方法.该方法采用PNRSV抗体特异性免疫捕获病毒,并根据GenBank中PNRSV序列设计的特异性引物对PN5/PN3进行PCR扩增,得到约760 bp大小的特异性基因片段.扩增产物经克隆测序后,结果表明:产物序列与PNRSV的外壳蛋白编码基因存在94%～98%的同源性.检测广泛性以及灵敏度比较研究显示.IC-RT-PCR方法能从含量很低的受病样品中检出PNRSV,检测灵敏度与RT-PCR相近,但所检测样品的范围更广,适用于从植物各部位检测低含量的病毒.IC-RT-PCR检测灵敏度比DAS-ELISA方法高出1000倍.; 郭俊陈精兰李凡黄扬尹朝先陈海如; 关键词：月季李坏死环斑病毒

TBTV卫星RNA不同分离物的序列测定及系统进化分析被引量：2: 2010年; 利用RT-PCR方法对烟草丛顶病毒(tobacco bushy top virus,TBTV)卫星RNA不同分离物进行扩增和克隆测序,同时运用DNAMAN,MEGA,ClustalX等生物软件对TBTV和其它幽影病毒的卫星RNA核苷酸序列进行同源性比较,构建了幽影病毒属成员卫星RNA的系统进化树。E结果显示:TBTV不同分离物卫星RNA的核苷酸同源性为79.2%～99.0%。它们与幽影病毒属其它成员卫星RNA的核苷酸同源性为32.5%～44.1%。通过构建幽影病毒属成员卫星RNA的系统进化树可以看出:TBTV的卫星RNA与GRV的卫星RNA亲缘关系最近,与CMoMV的亲缘关系最远。; 尹朝先包娜冉志伟陈海如李凡; 关键词：卫星RNA 系统进化

烟草丛顶病毒云南不同分离物全基因组序列测定与分析: 2017年; 【目的】探明烟草丛顶病毒(Tobacco bushy top virus,TBTV)云南不同分离物之间的遗传差异并完成系统进化分析。【方法】采用RT-PCR方法扩增获得云南不同地区10个TBTV分离物的全基因组序列。【结果】10个TBTV云南分离物的全基因组序列均为4 152 bp,基因组结构由4个开放阅读框(ORFs)构成,ORF2通过与ORF1发生-1位的移码(frameshift)表达融合蛋白,推测ORF1末端的GGAUUUU特征序列是确定ORF1与ORF2是否发生移码翻译的依据。各TBTV云南分离物全基因组序列的核苷酸序列同源性为84.9%~99.1%,其中来自德宏的分离物(TBTV-YDHo)变异最大。TBTV不同分离物间存在重组现象,且分离物之间亲缘关系与重组的发生有关,重组主要发生在变异较大的ORF1~ORF2区段。TBTV分离物的各区段中,ORF1和ORF1~ORF2变异最大,而ORF4和3'UTR较为保守。系统进化分析结果表明:TBTV作为幽影病毒属(Umbravirus)的成员之一,其与同属中的罂粟花叶病毒(Opium poppy mosaic virus,OPMV)亲缘关系最近,核苷酸序列同源性为61.1%~61.6%;与CMo V和CMo MV亲缘关系较远,同源性为54%~55.1%。除幽影病毒属外,TBTV与番茄丛矮病毒科(Tombusviridae)其他属的病毒核苷酸序列同源性为25.1%~49.8%;Tombusviridae中Umbravirus与香石竹环斑病毒属(Dianthovirus)的RNA2亲缘关系最远,与其他病毒属成员的亲缘关系都相对较近。【结论】TBTV云南各分离物之间存在一定的分子变异,有的存在重组现象;TBTV与OPMV亲缘关系最近。; 吕婧刘芳谭冠林魏薇尹朝先马龑陈小姣和理淮陈海如李凡

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尹朝先

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