任清华
- 作品数：3 被引量：16H指数：1
- 供职机构：武汉大学数学与统计学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学自动化与计算机技术更多>>
- RNA二级结构的表示与预测
- 核糖核酸RNA是一类重要的生物大分子,其许多功能的实现需要借助于一定的二级结构、甚至三级结构.但是,鉴于RNA分子具有降解快、晶体难于获得等特点,用实验方法测定其结构比较困难.因此,发展RNA二级结构的计算机预测是一个行...
- 任清华
- 关键词：RNA二级结构遗传模拟退火算法茎区自由能
- 文献传递
- 基因组重排问题的一个近似算法被引量：1
- 2003年
- 分子生物学中基因无方向的反向基因组重排问题在数学上已被证明是一个NP困难问题.基于断点图的概念,给出一个时间复杂性为O(max{b3(π),nb(π)}),空间复杂性为O(n)的求其近似最优解的算法.其中n为基因组中基因个数,π=(π1,π2,…,πn)表示n个基因的一种排列,b(π)表示排列π中的断点数.数据实验的结果表明,该近似算法可以求得较好的结果.
- 陶玉敏莫忠息刘扬任清华李素贞
- 关键词：分子生物学最优解分枝定界算法
- 预测RNA二级结构的一种遗传模拟退火算法被引量：15
- 2004年
- 讨论了RNA二级结构的预测问题,首先提出一种用树表示RNA二级结构的方法,然后给出一种用于预测RNA二级结构的混合遗传算法———遗传模拟退火算法.在该算法中,个体(RNA二级结构)直接用茎序列编码,与个体用二进制串编码的同类型算法相比,在很大程度上缩短了个体的编码长度.计算结果表明该预测算法具有较高的精度.
- 任清华莫忠息陶玉敏
- 关键词：RNA二级结构遗传算法模拟退火算法
