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深圳大学生命与海洋科学学院深圳市海洋生物资源与生态环境重点实验室: 作品数：36 被引量：79H指数：6; 相关作者：蔡慧周靖更多>>; 相关机构：吉林大学白求恩医学部临床医学院吉林大学白求恩医学部中国地质大学(武汉)环境学院生物科学与技术系更多>>; 发文基金：国家自然科学基金深圳市科技计划项目广东省自然科学基金更多>>; 相关领域：生物学医药卫生理学农业科学更多>>

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城市建成区河流生态功能评价及修复策略——以深圳市大沙河为例被引量：7: 2020年; 随着城市化和国民经济的高速发展,河流生态功能受到严重威胁.为评价城市建成区河流的生态功能现状,为后续生态修复与海绵城市规划提供理论依据,以深圳市大沙河为例,采用以水生生物为核心的指标评价法对水文、水质、生境和生物多样性维持4项功能的10个指标、14个指数进行具体评价,并通过层次分析法计算权重,构建河段尺度下的河流生态功能评价指标体系,对大沙河生态功能进行评价.结果表明,大沙河中游受人类活动干扰较小,具有较健全的生态功能,为Ⅱ级河段;上游和中上游区域为Ⅲ级,部分生态功能受到威胁;下游河口段为Ⅳ级河段,受人为影响严重.结合生态功能评价结果,对各河段提出了针对性的生态修复策略,并从污染物、生物物种管理、生态系统的调控及市民的科普教育等多个维度提出了河流生态系统管理措施.研究结果可为城市建成区河流的生态功能评价与生态修复及海绵城市建设提供依据与参考.; 付贵萍赵林武金发胡章立胡凯董芸; 关键词：城市河流河流生态系统生态调查

莱茵衣藻APC/C复合物基因家族及CrCDC 20表达谱分析被引量：1: 2018年; 为揭示莱茵衣藻细胞周期调控机制,提高微藻生物量,通过生物信息学方法,对莱茵衣藻参与细胞周期控制的末期促进复合物(anaphase-promoting complex/cyclosome,APC/C)基因家族的性质进行系统分析,包括基因结构、蛋白质特性和进化树分析等.结果显示,莱茵衣藻包含13个APC/C复合物编码基因,在13号染色体存在一个基因簇.除了激活因子细胞分裂周期蛋白20(cell division cycle 20,CDC20)和CDC20同系蛋白1(CDC20 homolog 1,CDH1)相对保守外,莱茵衣藻APC/C复合物的其他亚基与高等植物来源的蛋白质保守性很低.此外,利用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,rt-RT-q PCR)分析了莱茵衣藻Cr CDC20基因在缺氮或缺硫下表达谱,发现Cr CDC20基因在缺硫下上调表达,在缺氮下下调表达,说明Cr CDC20参与莱茵衣藻的营养缺乏胁迫应答反应.; 罗秋兰罗秋兰胡章立; 关键词：E3泛素连接酶

莱茵衣藻CrDRBs基因的克隆和生物信息学分析被引量：1: 2018年; 双链核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)结合蛋白(double-stranded RNA-binding protein,DRB)是一类含有双链RNA结合结构域(dsRBD)的蛋白,在小核糖核酸(micro ribonucleic acid,microRNA或miRNA)的生物合成和作用方式选择方面起着重要作用.为获得莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii,C. reinhardtii)中所有CrDRBs的全长序列并进行生物信息学分析,从蛋白质功能结构域Pfam数据库中下载了dsRBD结构域模块,使用HMMER软件基于dsRBD检索C. reinhardtii全基因组序列,获得C. reinhardtii中4个含dsRBD结构域的CrDRB蛋白相关信息.抽提C. reinhardtii总RNA,反转录获得其cDNA,设计相应引物克隆获得其完整的基因ORF序列.设计实时荧光定量PCR引物,以actin基因为内参,分析C. reinhardtii各CrDRBs基因的相对表达.同源比对分析C. reinhardtii各CrDRBs蛋白的dsRBD序列.通过Phyre2软件在线预测其dsRBD的高级结构.将莱茵衣藻CrDRBs的dsRBD与拟南芥的5个DRB成员构建系统进化树分析,初步探讨分析莱茵衣藻CrDRBs各成员的的进化保守性.本研究共获得了4个莱茵衣藻双链RNA结合蛋白,均具有典型的dsRBD结构域,含有3个保守氨基酸.相比已报道的DUS16,其他3个CrDRBs的CDS序列较长,基因表达较高(除CrDRB2外).本研究为下一步揭示莱茵衣藻CrDRB在miRNA调控途径的功能奠定基础.; 娄素琳林鑫黄思敏李辉胡章立; 关键词：分子生物学水生生物学莱茵衣藻微小RNA 蛋白结构

纳升液相色谱-高分辨串联质谱分析尿液多肽组及其翻译后修饰被引量：7: 2016年; 多肽组是指生物体表达的所有多肽,尿液等体液的多肽组是生物标记物的重要来源。本研究采用氧化石墨烯-磷酸镧纳米磁性复合材料分离富集尿液多肽,进行纳升液相色谱-高分辨串联质谱分析,从单一样本中鉴定了归属于123个蛋白质的790条肽段。研究表明,这些肽段在蛋白质水平上不是平均分布的。此外,本研究检测到了肽段的氧化、磷酸化和脱氨化等翻译后修饰现象,观察到了尿液多肽的阶梯序列性,从蛋白水平上对尿液多肽组进行了生物信息学分析,结果表明,这些多肽所归属的大部分蛋白质之间存在相互作用。本方法可为在尿液中寻找疾病的标志物提供方法学支持。; 洪晓愉李水明王勇; 关键词：尿液翻译后修饰

阿尔兹海默症血清多肽组生物标志物研究被引量：5: 2017年; 采用个体样品单独分析的方式分析,比较9个健康对照者、10个阿尔兹海默症(Alzheimer's disease,AD)患者和12个认知功能障碍(Mild cognitive impairment,MCI)患者的血清多肽组分析结果,以寻找潜在的AD病生物标志物。结果表明,高强度的α-2-巨球蛋白肽段VGFYESDVMGR与AD病晚期阶段密切相关,而载脂蛋白C-Ⅲ、组蛋白H1.2和组蛋白H1.4的大量降解,则与中早期AD和认知功能障碍相关联;载脂蛋白C-Ⅲ和组蛋白H1的降解肽段具有明显的阶梯序列特征,但在不同样本中的分布具有一定偶然性。AD病发展的晚期与中早期的血清多肽组特征不同,这4种蛋白质的降解有可能成为AD病潜在的生物标志物。研究结果也证明了,归属于纤维蛋白原α链、胸腺素β-4和斑联蛋白等蛋白质的肽段是所有血清样本中的优势肽段。本研究提出了利用血清多肽组学方法辅助诊断AD病的方法,为临床大规模验证提供了依据和参考。; 孔祥怡杜建时马明徐金玲李水明王勇赵晴; 关键词：生物标志物血清阿尔兹海默症认知功能障碍

两种不同分离方法的唾液多肽组分析结果比较被引量：4: 2019年; 唾液多肽经Zip-Tip C 18固相萃取和氧化石墨烯-磷酸镧纳米复合材料(LaGM)两种方法分离后,利用高分辨串联飞行时间质谱进行多肽鉴定,将重复两次的结果合并,比较两种方法的异同。利用Zip-Tip C 18方法共检测到归属于38种蛋白质的545条序列特异肽段,而LaGM方法检测到了来源于44种蛋白质的359条序列特异肽段,其中二者重合的有116条肽段,归属于21种蛋白质。两种方法所得的肽段分布特征和优势肽段构成存在明显差异,Zip-Tip C 18更多富集Submaxillary gland androgen-regulated protein 3B、Statherin和Salivary acidic proline-rich phosphoprotein 1/2等蛋白质的肽段,而利用LaGM方法可检测更多的来源于Histatin-1、Histatin-3和Protein S100-A8的肽段,考虑翻译后修饰,结论一致。以上结果表明,这两种方法对多肽的富集有一定偏好性,即多肽分离过程有可能导致肽段的特异性丢失。进一步分析发现,丢失肽段可能是检测到肽段的序列相关肽段、修饰相关肽段、所归属蛋白质的其它肽段或其它蛋白质的肽段,但序列相关肽段的几率更大。本研究表明,不宜用单一分离方法的结果代表整个多肽组,LaGM方法虽然检出肽段数目较少,但可以获取更多的降解蛋白质的信息。; 孔祥怡杜建时徐金玲李水明王勇赵晴; 关键词：唾液

叶龄对海桑属红树及本地红树叶片建成成本及其它叶片特征的影响: 叶片建成成本(construction cost,CC)是植物叶片能量分配的一个重要方面,研究不同叶龄CC 及其它叶片特征可以了解植物的能量分配策略及其营养状况。本研究以外来海桑属红树(海桑和无瓣海桑)和本地红树(秋茄和...; 李凤兰雷安平周海超宋欣张肇坚谭凤仪

石磺海牛共附生细菌的分离和活性菌株筛选被引量：2: 2021年; 【目的】研究深圳大鹏半岛海域石磺海牛中可培养的共附生细菌的数量和种类,并对分离获得菌株的代谢产物进行活性筛选。【方法】通过R2A平板培养、分离纯化和16S rRNA测序,分析鉴定石磺海牛中5个部位可培养细菌;使用分离菌株的菌液及发酵液上清,测定对群体感应信号分子降解的活性和抗生物膜活性。【结果】从石磺海牛中共分离到215株细菌,归属于87个种,54个属,有16株菌疑似为新菌。分离获得的菌株分布于变形菌门(Proteobacteria,126株),拟杆菌门(Bacteroidetes,44株),厚壁菌门(Firmicutes,34株),放线菌门(Actinobacteria,10株)和浮霉菌门(Planctomycetes,1株)。石磺海牛卵中的细菌数量和种类最为多样。从分离的菌株中筛选出28株菌能够降解群体感应信号分子,8株菌具有抗生物膜活性。【结论】首次报道了海洋无脊椎动物石磺海牛中具有丰富多样的可培养细菌,包含潜在的新微生物和天然产物资源,为今后研究石磺海牛共附生微生物提供了研究基础和参考。; 梁锦有张骏梁郑晓丽陈烁钿杨鹏廖孟滨徐颖; 关键词：多样性活性代谢产物

斑节对虾carcininPm3的表达及其无标签多肽的获得: 2020年; crustin是对虾中重要的抗菌肽,本研究获得的carcinin Pm3属于斑节对虾crustin家族,是一种新型抗菌肽,成熟肽含有92个氨基酸,与其他对虾抗菌肽的同源性小于45%.根据其氨基酸序列和大肠杆菌(Escherichia coli,E.coli)的密码子偏好性设计carcinin Pm3的基因序列,将carcinin Pm3连接到原核表达载体pSmartI-SUMO上,构建重组表达载体p SmartI-SUMO-carcinin Pm3,再转化至原核表达菌株E.coli BL21(DE3)中,通过异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(isopropylβ-D-thiogalactopyranoside,IPTG)诱导SUMOcarcinin Pm3的融合表达,进一步优化其表达条件,获得表达量大、可溶性高的重组蛋白.通过亲和层析纯化得到重组蛋白,蛋白的质量浓度达到195μg/m L.利用SUMO酶去除SUMO融合标签,获得没有外源标签的carcinin Pm3抗菌肽,可用于蛋白功能分析、抗体制备等研究.研究结果为carcinin Pm3功能的分析及应用提供参考.; 李国强周亮李安国王潮岗; 关键词：基因工程斑节对虾抗菌肽原核表达重组蛋白

中国涡虫新纪录科微口涡虫属一新种(大口虫目,微口虫科)及其分子系统学分析被引量：1: 2017年; 本文报道中国涡虫新纪录科,中国微口涡虫,新种Microstomum sinensis n.sp.。标本采自中国广东省深圳市南山区蛇口码头海边。该新种具有横裂殖和有性生殖个体。所有个体均具雄性生殖器官,其交配刺骨质,整体呈钩状,全长60~75μm,基部呈漏斗状,从基部到末端刺管直径逐渐缩小。交配刺后1/3弯曲位于基部所在平面之外,弯曲程度接近半圆,末端开口呈尖叶状。另对其16S r DNA和28S r DNA进行了分子系统学分析,确定了其分类地位。; 林逸涛庄洁怡陈龙钟林宏汪安泰; 关键词：形态学分子系统发生

深圳大学生命与海洋科学学院深圳市海洋生物资源与生态环境重点实验室

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