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上海大学生命科学学院上海市能源作物育种及应用重点实验室: 作品数：29 被引量：75H指数：5; 相关作者：郑亚洁高贝蒋盼谢菲王飞更多>>; 相关机构：上海交通大学农业与生物学院上海交通大学医学院上海市免疫学研究所上海交通大学医学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金上海大学创新基金国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学农业科学轻工技术与工程医药卫生更多>>

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重组人肿瘤坏死因子蛋白TNF-α的纯化与功能鉴定被引量：3: 2017年; 串联亲和纯化系统(TAP)是近年来广泛使用的一种可在接近于生理条件下探究蛋白间相互作用的生化纯化方法。目前许多关于TAP的研究报道均使用细胞内转录因子为目标蛋白,探索细胞内与其相互作用的蛋白分子。本文尝试建立一种细胞外配体-受体刺激介导的信号转导初始复合体的纯化体系,为此选择了一种多功能的免疫分子配体蛋白——肿瘤坏死因子蛋白超家族(TNFSF)中的核心成员TNF-α。TNF-α是一个强效促炎因子,可介导炎症反应、细胞凋亡和激活等生理效应,是至今研究最多的TNFSF成员。利用原核表达系统纯化出了一种带有多个标签的重组人源TNF-α蛋白,通过检测其受体下游信号通路鉴定该蛋白与天然TNF-α蛋白的生理活性相似,从而证明该蛋白可以用于胞外TAP系统探究TNFR下游信号通路,为配体-受体刺激介导的信号转导初始复合体的胞外串联亲和纯化系统的建立奠定了基础。; 孔超李丹袁晓君李斌; 关键词：串联亲和纯化肿瘤坏死因子蛋白纯化

水蜜桃E3泛素连接酶PpARI1基因的克隆及表达载体构建: 2019年; 以新鲜水蜜桃为材料,根据NCBI中预测的桃E3泛素连接酶ARI1基因序列设计引物,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)克隆该序列.利用双酶切定向连接的方法将PpARI1基因开放阅读框(open reading frame,ORF)正向重组到表达载体pCAMBIAy1300的XbaⅠ和BamHⅠ酶切位点之间,并用热激法转化到农杆菌感受态细胞中.成功克隆出的长度为1 764 bp的PpARI1基因CDS序列,与预测基因序列的一致性高达99.83%.对重组子测序结果表明,PpARI1基因ORF准确插入pCAMBIAy1300载体的启动子和终止子之间,表明载体构建成功.PCR检测结果也表明,该重组载体已成功转入农杆菌中.这为下一步更深入地研究水蜜桃PpARI1基因的功能奠定了实验基础.; 苑婕马方玮李梦云曹庆郑伟尉万嗣宝; 关键词：水蜜桃 E3泛素连接酶克隆表达载体构建

基于科学实验探索的土壤学教学改革及实践被引量：2: 2016年; 本文从土壤学的学科发展特征出发,针对教学过程中存在的问题,提出基于科学实验探索的土壤学教学改革思路及实践方法,将理论和实验实践相结合,加深学生对理论知识的理解,同时培养严谨的科学态度和独立实验能力。; 胡佳俊高旻天; 关键词：土壤学教学改革

拟南芥雄性不育相关基因LDAD1&2的遗传定位(英文)被引量：1: 2011年; 利用EMS诱变筛选手段分离到一株拟南芥类似花药不开裂雄性不育突变体(like-defective in anther de-hiscence,ldad),其果荚干瘪,花药不能开裂且花粉败育。遗传分析表明,突变体的表型受2个隐性基因控制;细胞学观察发现,在花药发育过程中伴随着小孢子的降解;通过图位克隆初步对ldad的2个突变位点分别定位,一个定位在1号染色体上SSLP标记F22L4与端粒之间171 kb的区间,另一个定位在5号染色体上SSLP标记T10O8与端粒间150 kb的区间内;生物信息学分析显示此区间内未见育性相关的已知基因。该研究的结果对进一步克隆LDAD1&2基因及探讨其在花药发育中的功能具有重要意义。; 周树敏袁晓君韦嘉励张卫; 关键词：图位克隆拟南芥雄性不育小孢子花药

转录因子TDF1对拟南芥雄性不育突变体atms1的温敏调控机制研究: 2014年; TDF1作为MYB家族的转录因子,参与了胼胝质的降解过程,并控制绒毡层的分化从而影响着花粉粒的正常发育.以一株通过甲基磺酸乙酯(EMS)诱变Col-0野生型拟南芥获得的温敏雄性不育突变体atms1(ambient temperature-sensory male sterility1)对温度敏感机制进行了研究.通过构建TDF1反义RNA表达载体,在atms1突变体背景下抑制TDF1的表达来观察突变体花粉育性的变化,发现在27℃时的atms1突变体花粉的育性得以恢复.这一结果表明在花粉发育的过程中TDF1对ATMS1m具有一定的调控作用.; 郑亚洁高贝夏群芳周树敏张卫; 关键词：温敏雄性不育

玉米转录因子ZmbHLH5的分离、序列分析及原核表达: 2013年; 以玉米籽粒发育特异cDNA文库的表达序列标签（expressedsequencetag，EST）为基础，成功克隆了1条全长碱性螺旋．环一螺旋（basichelix—loop—helix，bHLH）转录因子ZmbHLH5，并对其DNA结构、编码的蛋白质序列和表达进行了分析．结构分析表明，ZmbHLH5的cDNA全长1398bp，具有编码211个氨基酸的开放阅读框（openreadingframe，ORF）区、329bp的3／非翻译区（untranslatedregions，UTR）及433bp的51非翻译区．蛋白序列分析结果表明，ZmbHLH5包含典型的60个氨基酸的bHLH结构域，与其他植物的bHLH转录因子具有很高的同源性（68％-87％）．表达分析结果表明，ZmbHLH5在雌穗和发育早期的籽粒中高丰度表达，并且在籽粒中通过选择性剪接编码至少3种完整蛋白．在原核表达系统中成功诱导表达了融合蛋白GST—ZmbHLH5，其分子量大小为58kD，与预测的蛋白分子量大小一致．; 王芳钟鸣宇宋任涛许政暟王桂凤; 关键词：玉米选择性剪接蛋白表达籽粒

产甲烷古菌被引量：7: 2009年; 产甲烷古菌可将无机或有机化合物厌氧转化成甲烷和二氧化碳,在沼气发酵、有机废弃物处理和全球大气中的甲烷释放等过程中起着重要作用。目前已有19种产甲烷古菌的基因组完成了测序,其基因组学和蛋白质组学研究以及未培养产甲烷古菌的多样性研究正蓬勃开展。已知的甲烷生物合成途径分别以乙酸、氢/二氧化碳、甲基化合物为底物,通过不同途径,最后在甲基辅酶M还原酶的催化下释放出甲烷。产甲烷古菌的资源多样性和组学水平的代谢调控机制研究将为持续开发可再生能源、开展环境监测和治理提供坚实的理论基础。; 朱晨光许政暟宋任涛; 关键词：甲烷基因组可再生能源

利用与su1紧密连锁的Ac转座子构建玉米插入突变体库被引量：1: 2012年; 以位于玉米第4号染色体短臂与su1紧密连锁的Ac转座子作为Ac供体,结合w22报道系,创建1 507个Ac远距离转座事件。利用基于Southern Blot的IPCR和基于酶切连接的Genome-Walking PCR方法,分离到其中56个独立的可遗传Ac/Ds(transposed Ac/Ds,tr-Ac/Ds)侧翼序列标签,补充了Ac/Ds转座插入突变体的数量。利用玉米B73的基因组序列,通过BLAST比对分析将trAc/Ds定位到了玉米基因组上,并分析了Ac/Ds插入位点附近DNA序列,其中51个tr-Ac/Ds插入序列为单拷贝序列,鉴定到39个trAc/Ds插入到了基因内部,12个Ac/Ds插入到基因间区域,进一步证明了Ac/Ds倾向于插入基因内部和低拷贝的基因组富集区。; 樊军李鹏飞宋任涛王飞; 关键词：玉米转座子标签插入突变

Cupriavidus necator JMP134细菌人工染色体基因组文库的构建与鉴定被引量：1: 2011年; Cupriavidus necator JMP134(C.necator JMP134)可以降解60多种芳香族化合物,在环境污染治理方面具有良好的应用前景.该菌株基因组含有两个苯酚降解基因簇,克隆并研究其功能具有重要的理论和应用价值.以pIndigo-BAC 5为载体,构建了C.necator JMP134的细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)基因组文库.该文库约有9 600个克隆,插入频率为99%,平均插入片段大小达到65 kb,由此推测该BAC文库覆盖该菌株基因组约860倍.通过PCR筛选该文库的800个单克隆,得到11个含有C.necator JMP134菌株的苯酚羟化酶大亚基基因phlN2的阳性克隆.研究结果表明,该文库是一个高质量、高覆盖率的BAC文库,能有效用于目的基因簇的分离.; 张俊亚宋任涛许政暟朱晨光; 关键词：苯酚降解细菌人工染色体文库

Cupriavidus metallidurans CH34中2个苯酚降解基因簇的筛选与功能鉴定被引量：2: 2012年; Cupriavidus metallidurans(C.metallidurans)CH34是一种重金属耐受性细菌,能在以苯酚、甲苯酚、苯甲酸、苯胺等芳香族化合物为唯一碳源和能源的培养基中生长,其基因组中含有2个苯酚降解基因簇.以载体pIndigo-BAC 5构建C.metallidurans CH34的细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库,获得约3万个克隆,平均插入片段大小为30 kb,插入频率为98%,推测该文库覆盖CH34基因组约1 240倍.用PCR筛选文库中的3 000个单克隆,共获得9个阳性克隆,其中5个克隆含有长基因簇,4个含有短基因簇,并从中得到含有全长苯酚降解基因簇的克隆.利用以苯酚为唯一碳源的无机盐培养基,研究2个基因簇在大肠杆菌中的表达情况.结果显示,两个基因簇均表现出了苯酚降解能力,短簇的降酚能力要优于长簇.; 李莉张俊亚唐远平宋任涛朱晨光; 关键词：CH34 基因组细菌人工染色体文库苯酚基因簇

上海大学生命科学学院上海市能源作物育种及应用重点实验室

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