中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所
- 作品数：19 被引量：55H指数：1
- 相关作者：张桂莲杨劲徐书华秦鹏飞刘金华更多>>
- 相关机构：华东师范大学资源与环境科学学院华东师范大学资源与环境科学学院上海市城市化生态过程与生态恢复重点实验室华东师范大学软件学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市卫生系统百名跨世纪优秀学科带头人培养计划国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生农业科学自动化与计算机技术更多>>
- 上海城市森林群落结构对固碳能力的影响被引量：52
- 2010年
- 基于上海市区航片数字化、代表性样地群落调查、优势树种生理参数测定和CITYgreen模型软件,对上海城市森林固碳能力进行评估,并探讨群落结构对固碳能力的影响。结果表明:上海城市森林总碳贮量为478472t,年碳固定量为6256t.a-1,平均碳密度为47.80t.hm-2,平均固碳率为0.625t.hm-2.a-1;城市森林的固碳率与郁闭度及群落密度均呈极显著正相关,而与平均胸径负相关;碳密度与郁闭度及平均胸径均呈极显著正相关,而与群落密度无显著相关;低密度高胸径群落比中、高密度群落具有更高的碳密度;混交林碳密度高于纯林,复层林碳密度和固碳率都高于单层林,且固碳能力的差异在一定程度上受平均胸径、群落密度等因子影响。
- 徐飞刘为华任文玲仲启铖张桂莲王开运
- 关键词：群落结构碳密度
- 利用公共数据库构建中国混合人群的基因定位图谱
- 徐书华靳文菲秦鹏飞
- 建立了针对全基因组群体数据的分析流程，并发布了相关计算机程序；系统研究了亚洲人群遗传多样特征，并重建了亚洲人群遗传多样性图谱；汉族的精细遗传结构及其对复杂疾病基因定位分析的影响；藏族人群高原适应基因的全基因组学研究；构建...
- 关键词：
- 1线虫模型的化学品毒性研究及其在食品毒理学中的中的初步应用
- 美国EPA、NIEHS和FDA多部门联合协作运行的Tox21项目，其第三阶段的工作明确提出未来10年的研究方向，包括采用人源性细胞、低等生物(如线虫、斑马鱼)实验模型，以及高内涵、高通量的转录组学平台技术来评价化学品的潜...
- 李国君高珊宁钧宇敬海明张楠张文静鲜波何立伟张鹏谭壮生齐丽娟张维巩政刘冰冰罗婧韩敬东王旗
- 关键词：秀丽隐杆线虫食品毒理学
- 中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所
- 2006年
- 提高作物光能利用效率的途径
- 在目前收获指数、光能截获效率都几近于理论最高值的情况下,大幅度提高光能利用效率是进一步提高作物产量的重要可行途径.目前,国际上在同时开展多种提高光能利用效率的途径的研究.这些途径包括传统的株型改良、降低光呼吸、改良RUB...
- 朱新广
- C4水稻,我们的新挑战(英文)被引量：1
- 2011年
- 自从上个世纪60年代末C4光合途径发现以来,人们对工程改造现有C3粮食作物使之具有C4光合能力进行了大量努力。目前,大量分子、生理和基因组水平研究的进展和证据表明,该目标将可能在10～15年之内实现。本综述结合目前国际C4研究的现状,详述了该领域目前所涉各项研究内容的理论依据。我们首先总结过去的经典杂交实验,然后论证新一代测序技术与C4光合研究模式系统狐尾草(Setaria viridis)的发展极大的促进了我们对C4光合特征遗传发育相关基因的发现与鉴定。最后,我们强调虽然C4光合工程改造的研究目前已在世界各国大规模展开,但其最终成功仍有赖于不同国家研究基金及私立慈善基金的大力和长期共同资助。
- 李圆圆张慧朱新广
- 基于基因组注释和MELK技术数据的生物分子网络及其功能模块的构建和识别比对的计算研究
- 分子网络及其识别和比对的研究是新兴研究热点。它表现了整个生物细胞的分子活动的主要结构。分子网络及其子模块的构建、识别和比对在预测基因组结构、蛋白功能和相互作用方面有重要作用。新兴技术MELK可以提取蛋白质等分子团在特定时...
- 关键词：
- 关键词：蛋白质拓扑结构药物筛选
- 哺乳动物生物节律中的基因调控网络的建立与分析
- 该项目以小鼠为代表的模式生物的生物节律这一特定的生物体系入手，通过整合大规模芯片数据和启动子分析建立了生物节律的基因调控网络并对其结构进行了系统分析。在该基础上，采用相似的方法进一步研究了睡眠-这一与生物节律既紧密相关又...
- 关键词：
- 关键词：哺乳动物冬眠生物网络结构动物实验
- 一种基于图论的计算蛋白质数据库代表序列的算法被引量：1
- 2008年
- 许多生物序列数据库中都含有大量的冗余序列,这些冗余序列通常不利于对数据库的统计分析和处理,而且它们要占用更多的计算机存储和处理资源。针对这个问题,本文中我们设计了一种去除蛋白质冗余序列的算法。该算法基于图论最大独立集的概念来生成非冗余序列集合,对目前存在的不少蛋白质去冗余程序所采用的由Hobohm和Sander最早设计的一种首先将序列分成若干簇然后取出代表序列的算法进行了改进,使得生成了更多的非冗余代表序列集合,避免了一些非冗余的序列也被去除。我们开发出了实现该算法的程序FastCluster,可以用来去除蛋白质数据库中的冗余序列。
- 刘鹏飞曾振柄蔡煜东
- 关键词：生物信息学最大独立集
- 一种用于儿童急性淋巴细胞白血病基因分型的试剂盒
- 本发明公开了一种基于GeXP多重基因表达遗传分析系统用于儿童急性淋巴细胞白血病基因分型的引物对组。所述引物对组由特异于57个分型基因的共58个引物对组成，58个引物对分为三组，每组对应一个GeXP扩增反应。实验证明，本发...
- 郑胡镛韩敬东吴勇鲍时来张寒程浩张瑞东南丽王晴晴曾县平陈燕芬
- 文献传递
