浙江大学生命科学学院生物信息学研究所
- 作品数：19 被引量：151H指数：6
- 相关作者：汪旭升程君奇陆燕陈国波张中华更多>>
- 相关机构：浙江林学院林业与生物技术学院华南农业大学农学院广东海洋大学农学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划云南省烟草专卖局(公司)科技项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 基因表达数量性状定位的研究进展被引量：5
- 2009年
- 近年来,随着人类和一系列模式生物全基因组测序工作的完成,阐明基因互作、调控网络及代谢途径的生物学功能,成为后基因组时代生物学研究的重点及热点。最近将数量性状定位(quantitative trait loci,QTL)和基因表达分析联合运用,产生了遗传基因组学或基因表达数量性状定位(expression QTL;eQTL)。本文简要地回顾了基因表达遗传变异的本质及eQTL分析的基本原理。在此基础上,结合我们当前的研究工作,重点介绍了eQTL分析方法在候选基因挖掘和基因调控网络构建中的运用,并结合单核苷酸多态性(SNP)对基因表达的影响等问题,讨论eQTL在实际研究分析中面临的困难,并探讨该领域的挑战和发展方向。
- 陈颖汪旭升许玲莉沈勤王晓冬陆璐
- 关键词：基因表达数量性状基因调控网络
- 分析基因表达谱数据的新方法(英文)
- 2004年
- 潘海燕朱军韩丹夫
- 关键词：基因表达谱基因功能分子标记生物化学技术
- 鸭的类似鸡白细胞介素2基因的克隆及遗传进化分析被引量：13
- 2003年
- 通过 RT- PCR和 DNA测序技术 ,克隆和测定了绍兴麻鸭的一种类似鸡白细胞介素 2 ( IL- 2 )基因的核苷酸序列 ,并构建了该基因编码蛋白的三维结构分子模型。结果显示 ,绍兴麻鸭的类似于鸡 IL - 2基因的核苷酸长度由 74 8个碱基组成 ,编码产物为由 14 0个氨基酸残基组成的多肽 ,编码产物中含有 2 1个氨基酸残基组成的信号肽。绍兴麻鸭的类似于鸡 IL- 2基因的核苷酸及编码产物 ,与鸡和火鸡 IL- 2的一致性分别为 71.4 %～ 72 .1%和 5 5 .0 %～ 5 7.9% ,与哺乳类等动物 IL- 2的一致性分别为 2 2 .1%～ 2 8.8%和 14 .3%～ 17.1%。对绍兴麻鸭的类似于鸡 IL- 2基因蛋白编码产物的系统进化树分析表明 ,其编码产物与鸡和火鸡 IL- 2具有较远的亲缘关系。绍兴麻鸭的类似于鸡 IL- 2基因编码产物的三维结构 ,预测由 4个α-螺旋结构和 2个β折叠组成。这些研究结果预示 ,鸭的类似于鸡 IL - 2基因编码产物 ,在生物学功能上与哺乳动物和其他禽类具有很大的差异。
- 王金勇周继勇陈吉刚张中华腾巧泱
- 关键词：基因克隆遗传进化RT-PCR免疫调节因子
- QTL×环境互作对标记辅助选择响应的影响(英文)被引量：1
- 2006年
- 基因型×环境互作是植物数量性状的普通属性和遗传育种改良的关注重点。采用Monte Carlo模拟方法研究了基 因型×环境互作对标记辅助选择(Marker-assisted selection,简称MAS)响应的影响,揭示了育种上利用QTL(Quantitative trait locus,简称QTL)应当同时考虑其环境互作效应。存在基因型×环境互作下,MAS比普通表型选择更有效。特别以选育广 适应性的品种为目标,MAS的优越性更明显。基于单个环境QTLs的MAS,QTL×环境互作效应通常降低了一般选择响应, 一般选择响应累积量的降低程度与改良性状的QTL×环境互作效应大小相关。基于多个环境QTLs的MAS,不但产生较高 的一般选择响应,而且获得的一般选择响应不受其QTL×环境互作效应大小的影响。但在某一特定环境下获得的总体选择 响应仅与改良性状的总遗传率大小有关,普通遗传率和基因型与环境互作遗传率的相对变化对其影响很小。还比较研究了 单地和穿梭选择对MAS遗传响应的影响。植物育种者应谨慎将某一环境的QTL信息用于实施另一环境的育种研究。
- 刘鹏渊朱军陆燕
- 关键词：标记辅助选择
- 利用DH群体构建烤烟分子标记遗传连锁图被引量：40
- 2006年
- 以烤烟品种SpeightG-28和NC2326杂交得到的137个DH系为作图群体材料,通过ISSR和RAPD标记的遗传连锁分析,构建了包括27个连锁群、由10个ISSR标记和147个RAPD标记组成的烤烟分子标记遗传连锁图。该图谱覆盖长度1838.2cM,平均图距14.1cM。连锁群上有22个分子标记表现偏分离,其中10个集中在连锁群LG9上,其余分散在不同连锁群。这是国内外构建的第一张烤烟分子标记遗传连锁图,为烤烟性状的基因定位及分子标记辅助选择奠定了良好基础。
- 肖炳光徐照丽陈学军申爱荣李永平朱军
- 关键词：烤烟ISSRRAPD遗传连锁图
- 粳稻MYB蛋白家族的生物信息学分析被引量：5
- 2009年
- 运用隐马尔柯夫模型（Hidden Markov model,HMM）,对粳稻Oryza sativaL.ssp.japonica的蛋白质数据库进行搜索,共找到192个MYB蛋白同源序列,其中有126个R2R3-MYB蛋白,6个R1R2R3-MYB蛋白以及60个MYB相关蛋白（MYB-related protein）.进一步分析所有粳稻的MYB蛋白基因在染色体上的分布,结果发现,MYB基因基本上是成簇分布的,在染色体1-8号特别明显.运用基于EM（Expectation maximization）算法的MEME程序,对MYB蛋白的功能域进行多序列比对分析,确定了R1、R2与R3结构域在每个位置上最大可能氨基酸的频率.此外,还对水稻中的MYB蛋白家族作了初步的进化分析.
- 吴家胜赵彦宏汪旭升
- 关键词：粳稻基因家族功能域进化分析
- 数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法被引量：3
- 2008年
- 几乎所有的农作物都开展了QTL(quantitative trait loci)定位研究,定位的方法也很多,如区间作图、复合区间作图、基于混合线性模型的复合区间作图和贝叶斯作图等,但这些研究方法均有它们自身的缺陷,定位的QTL在基因组上区间仍然很大,精度不高。为了更好地理解QTLs的分子生物学基础。文章简要地介绍了利用生物信息学方法分析QTL区间内候选基因的方法,并着重从遗传、基因组结构、表达和功能等方面来剖析QTL内的候选基因,为将来更好地利用QTL提供了借鉴。
- 吴家胜汪旭升
- 关键词：遗传学数量性状位点候选基因生物信息学
- 复杂疾病/性状的基因定位被引量：6
- 2004年
- 徐海明朱军
- 关键词：性状疾病基因定位分子标记
- 水稻单穗重和千粒重的QTL定位被引量：11
- 2008年
- 用基于混合线性模型的统计方法对一套来源于亲本IR64/Azucena的加倍单倍体群体在两个生产季节的水稻单穗重和千粒重进行了分析,各检测到15个QTL分别控制这两个性状,其中有6个QTL同时与这两个性状有关。所有QTL分布在除第11、12染色体以外的其余10条染色体的相应标记区间内。在控制千粒重的QTL中,12个QTL有加性效应,6对QTL带有加加上位性效应,它们不受环境条件的影响。在控制单穗重的QTL中,7个QTL具有加性效应,但其中4个QTL的表达随环境而异;6对QTL具有加加上位性,但其中1对对环境敏感。qTGW2的加性效应对千粒重的贡献率超过10%;3个QTL(qGW1、qGW7和qGW8-1)在早季环境的加性效应对单穗重的贡献率亦都大于10%,但对环境敏感。
- 吴家胜周鸿凯陈国波刘桂富
- 关键词：单穗重千粒重数量性状座位上位性水稻
- 基于水稻基因组序列SSR的多态性分析被引量：15
- 2005年
- 根据Monsanto公司所发布的6655个序列[由简单重复序列(SSR)及其两翼各100个碱基组成],通过生物信息学的方法,找到了在籼稻(Oryzasativasubsp.indica)品种93-11与粳稻(Oryzasativasubsp.japonica)品种日本晴的基因组序列中匹配最好的1453个同源位点。在这些位点中,93-11和日本晴中分别搜索到了1449个和1451个SSR。通过对SSR的分类比较,发现在93-11和日本晴的相同位点存在1175个具有相同基序的SSR,其中371个具有相同的基序和重复个数,804个具有相同的基序但重复次数有差异。具有相同基序但重复次数有差异的SSR类型中,频率最高的是2个核苷酸的重复子,占62.94%,基序为5个和6个核苷酸的SSR则较少。对水稻这两个品种相应区域SSR的多态性比较分析,揭示了用这些特定类型的SSR可以在这两个品种的特定区域发展新的SSR标记,并为研究这两个品种之间遗传变异、基因组功能之间的差异等提供依据。
- 陈仲中汪旭升朱军
- 关键词：简单重复序列水稻多态性
