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上海仁东医学检验所有限公司: 作品数：34 被引量：5H指数：2; 相关机构：温州医科大学第三军医大学第二附属医院广州医科大学附属第一医院(广州呼吸中心)更多>>; 发文基金：国家自然科学基金更多>>; 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>

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用于HLA分型的核酸捕获探针的设计方法: 本发明公开了一种用于HLA分型的核酸捕获探针的设计方法，步骤包括：1）构建HLA‑A、HLA‑B、HLA‑C序列库；2）多重序列比对，查找每种基因Exon2、Exon3上的及上下游的SNP位点；3）用滑窗分隔算法，挑取覆...; 赵国栋乔宗赟

UTUC分子分型、单样本分类器及其构建方法: 本发明公开了一种上尿路尿路上皮癌分子分型方法，该方法依据上尿路尿路上皮癌患者的lncRNA特征对其进行分子分型。本发明还公开了用于鉴定上尿路尿路上皮癌分子分型的单样本分类器及其构建方法。本发明利用上尿路尿路上皮癌患者的转...; 金鸽赵婷婷徐小红曹建军

探针组合物及基于NGS方法检测肺癌和结直肠癌基因的应用: 一种探针组合物，其包括DNA序列为SEQ ID No 1～SEQ ID No 618组成的探针。本发明的提供探针组合物可以用于肺癌和结直肠癌病人精准治疗的分子诊断技术，支持液体活检，灵敏度达0.1％。; 徐小红曹建军赵国栋; 文献传递

SNP分型遗传标记组合、检测试剂盒及用途: 本发明公开了一种SNP分型遗传标记组合，该遗传标记组合包括有56个SNP位点。本发明还公开了用于检测该遗传标记组合的探针组、试剂盒及其用途，以及利用该遗传标记组合对高通量测序样本进行样本配对和样本污染分析的方法。本发明通...; 王丹丹黄丽君章扬习朝文徐小红曹建军; 文献传递

微卫星不稳定性检测方法、标志物组合、试剂盒及应用: 本发明公开了一组微卫星位点标志物、含有该微卫星位点标志物组合的试剂盒，以及所述微卫星位点标志物组合和所述试剂盒的用途。本发明还公开了所述微卫星位点标志物组合的筛选方法以及利用该微卫星位点标志物组合对待测样本进行微卫星不稳...; 金鸽孙晓濛习朝文曹建军; 文献传递

基于微生物丰度的MIBC分型及预后预测模型构建方法: 本发明公开了一种肌层浸润性膀胱癌（MIBC）分型方法，该方法依据MIBC患者的组织微生物丰度谱特征对MIBC进行分子分型。本发明还公开了基于上述分型方法的MIBC预后预测模型及其构建方法。本发明利用TCGA数据库中的肌层...; 金鸽薛银鸽林为丽徐小红赵婷婷; 文献传递

泌尿系统结石术后复发风险预测模型、评估系统及方法: 本发明公开了一种泌尿系统结石术后复发风险预测模型，该模型将患者的与泌尿系统结石术后复发风险相关的临床特征与SNP风险值相结合，来预测患者的术后复发风险。本发明还公开了上述模型的构建方法，包括术后血样采集、与术后复发风险相...; 曾国华朱玮孙寅张鑫张梦欢庄昆杨一宁徐小红; 文献传递

PRKCH的表达对CD8^(+)T细胞功能及黑色素瘤免疫治疗的影响: 2024年; 目的探讨PRKCH表达对CD8^(+)T细胞功能的影响及其在黑色素瘤免疫治疗效果预测中的作用。方法运用Kaplan-Meier法分析黑色素瘤免疫治疗队列以及肿瘤基因组图谱(TCGA)数据中PRKCH在黑色素瘤中的表达及其与总生存期(overall survival, OS)的相关性。利用单细胞RNA测序(single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq)数据分析PRKCH的细胞表达群体,利用蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)和基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)评估PRKCH诱导抗肿瘤免疫应答的机制。利用逆转录病毒过表达和敲减PRKCH,检测小鼠CD8^(+)T细胞功能。利用B16-OVA小鼠黑色素瘤模型验证PRKCH过表达的OT-1 CD8^(+)T细胞对肿瘤生长的影响。结果在黑色素瘤免疫治疗队列和TCGA数据中,高水平的PRKCH显著延长患者OS(P<0.05)。scRNA-seq分析显示PRKCH可以在T细胞表达。PPI、GSEA和scRNA-seq分析显示PRKCH的高表达与更多的细胞毒性和记忆性T细胞形成相关。过表达和敲减PRKCH分别增强和减少CD8^(+)T细胞的增殖及IFN-γ、Granzyme B的表达。过表达PRKCH增强OT-1 CD8^(+)T细胞的肿瘤抑制能力。结论 PRKCH增强CD8^(+)T细胞抑制肿瘤进展的能力,并可以用于预测黑色素瘤免疫治疗效果。; 余忍忍吕浩储涵金铮贾罄竹陈德高朱波; 关键词：黑色素瘤免疫治疗肿瘤微环境

基于NGS方法的肺癌和结直肠癌基因检测的方法: 一种基于NGS方法的肺癌和结直肠癌基因检测的方法，包括样品采集，提取样品中DNA，分子标签建库，与Panel杂交，并进行NGS测序，针对测序后的数据进行分析，判断样本的基因型。Panel包括SEQ ID No 1～SEQ...; 徐小红曹建军赵国栋; 文献传递

一种基于二代测序的单独肿瘤样本区分基因突变类型的方法: 本发明涉及一种基于二代测序的单独肿瘤样本区分基因突变类型的方法，分别使用肿瘤组织样本和正常组织样本进行建库并进行NGS测序，将肿瘤组织样本生物信息分析的中间文件BAM中保存的突变位点的链偏好性、不同类型碱基频率，碱基比对...; 赵国栋乔宗赟陈洁; 文献传递

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