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清华大学周培源应用数学研究中心: 作品数：65 被引量：101H指数：5; 相关作者：雷锦志章梅荣黄俊涛雷锦誌王昌逸更多>>; 相关机构：北京航空航天大学数学与系统科学学院中国石油天然气集团公司中国石油勘探开发研究院北京大学工学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家科技重大专项更多>>; 相关领域：理学天文地球生物学医药卫生更多>>

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基于氨基酸接触势能的蛋白质结构动力学模态分析方法: 蛋白质生物功能与结构动力学特征关系密切，从飞秒尺度的共价键局部振动到整个结构的扩散运动，蛋白质结构运动具有十分宽广的振动谱。模态分析方法是目前蛋白质结构动力学研究中最重要的方法之一，该方法利用调和函数逼近平衡态附近的结构...; 孙卫涛; 关键词：蛋白质结构动力学生物功能氨基酸模态分析方法; 文献传递

生化反应系统的建模与分析被引量：6: 2015年; 很多细胞行为受细胞内基因表达和蛋白质相互作用等生物化学反应的调控.这些细胞内的生化反应表现出明显的随机性,它成为描述细胞行为的可计算建模中不可忽略的因素.该文是关于计算系统生物学中随机模拟的基本理论和新进展的自洽综述.本综述从生化反应系统的基本假设出发,介绍关于生化反应内部噪声、外部随机扰动和包含时间滞后的反应过程的各种数学描述,包括化学主方程、化学福克尔-普朗克方程、化学速率方程、化学郎之万方程等;还介绍了相关的数值模拟方法,包括随机模拟算法和τ跳跃算法.; 雷锦誌; 关键词：系统生物学生物化学反应随机微分方程

基于三维孔隙网络模型的纵波频散衰减特征分析被引量：1: 2021年; 波场在含流体的孔隙介质中传播时会产生频散和衰减现象.波场的频散和衰减与孔隙介质的岩石物理属性有关,包括孔隙度、渗透率、流体属性等.现有的三维裂缝/软孔隙网络模型利用椭圆截面纵横比的变化模拟从扁裂缝、软孔隙到硬孔隙的多种情况,而未考虑同时包含孔隙和裂缝的全局性网络空间.为了更好地描述裂缝-孔隙空间,本文提出同时包含裂缝和孔隙的三维裂缝孔隙网络模型,并给出渗透率的计算方法.通过体积平均法推导了三维裂缝/软孔隙网络模型和三维裂缝-孔隙网络模型的波动方程,利用平面波分析方法得到纵波频散/衰减曲线的表达式,同时应用数值模拟研究了总孔隙度、裂缝孔隙度、裂缝纵横比、裂缝数密度、孔隙流体黏度对纵波衰减和速度频散特征的影响.结果表明,在三维裂缝-孔隙网络模型下,总孔隙度、裂缝参数等对纵波频散衰减特征的影响与三维裂缝/软孔隙网络模型相似.具体表现为:纵波在高频段内出现频散和衰减现象.孔隙度的变化主要影响逆品质因子曲线峰值的大小;裂缝数密度主要控制速度显著变化的范围;裂缝纵横比对纵波速度和特征频率有显著影响.; 魏乐乐甘利灯熊繁升孙卫涛丁骞杨昊

基于黏弹性骨架和动态渗透率模型的孔隙介质波传播问题研究: 本文同时探讨了地震波在孔隙介质传播过程中的两种重要机制:固体骨架黏弹松弛机制和Biot流动中渗透率随频率的动态变化机制.; 熊繁升孙卫涛刘嘉玮

基于蛋白质晶体结构的残基相互作用势能函数研究进展被引量：1: 2011年; 阐述了基于蛋白质晶体结构的残基势能函数的研究进展,从平均作用力场势能函数的基本物理假设、势能函数性质和影响势能函数准确性的因素3个方面出发,分析了导出残基相互作用势能的方法,给出了残基对之间和3个残基之间的平均作用力势能函数计算过程,并介绍了残基势能函数在蛋白质结构研究领域的应用.基于蛋白质晶体结构的残基相互作用势能研究表明,蛋白质结构稳定是多种作用力相互竞争、相互协调进而达到平衡状态的结果.未来对于残基团簇及其相互作用网络能量分布的研究,能够建立介于原子尺度和蛋白质整体结构尺度之间的作用力物理模型,为蛋白质结构宏观尺度研究提供重要的微观力学机理.; 孙卫涛; 关键词：蛋白质结构

基于黏弹性骨架和动态渗透率模型的孔隙介质波传播问题研究: <正>本文同时探讨了地震波在孔隙介质传播过程中的两种重要机制:固体骨架黏弹松弛机制和Biot流动中渗透率随频率的动态变化机制。; 熊繁升；孙卫涛；刘嘉玮；; 文献传递

基于斑块饱和模型的孔隙介质P波频散与衰减特征: <正>利用White,Johnson和Biot-Rayleigh模型研究探讨含不相容两相斑块流体岩石中的地震波传播与相应规律。我们考虑流体斑块为周期分布的孔隙介质,且集中研究由岩石和流体性质引起的波速衰减耗散。重点比较分...; 刘嘉玮；孙卫涛；; 文献传递

一个血细胞生成时滞微分方程模型的分岔分析: 本文研究一个血细胞生成的时滞微分方程模型dQ/dt=-(β(Q)+K(N)+K)Q+Aβ(Q)Q,dN/dt=-γN+AK(K)Q,(1.1); 马苏奇雷锦誌; 关键词：时滞微分方程双稳态

PDCD5调控细胞凋亡的非线性动力学研究: DNA 损伤后细胞必须在DNA 修复和启动凋亡之间做出选择.这个选择受细胞内复杂的基因调控网络的控制.PDCD5 是一种调控细胞凋亡的蛋白质，与细胞中的DNA 损伤响应的信号转导通路中的多个节点都有相互作用，对细胞的命运...; 雷锦誌; 关键词：基因调控网络细胞凋亡蛋白质相互作用