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博士科研启动基金(XNBS1268)
作品数:
2
被引量:1
H指数:1
相关作者:
张庆刚
时术华
张少龙
陈建中
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抑制剂PMI与MDM2结合模式的分子动力学研究
2013年
p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标。采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了肽类抑制剂PMI与MDM2的绝对结合自由能,通过基于残基的自由能分解方法计算了MDM2的各残基与PMI的相互作用。结果表明:CH-π、CH-CH和π-π相互作用驱动了PMI在MDM2疏水性裂缝中的结合;相关矩阵的计算表明PMI在一定程度上诱导了MDM2内部的相关运动。
时术华
陈建中
张庆刚
张少龙
关键词:
物理化学
分子动力学模拟
相关矩阵
PMI
分子动力学研究抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制
被引量:1
2015年
采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制.研究结果表明范德瓦尔斯作用主控了APV与HIV-1蛋白酶的结合.采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果表明9个残基Gly27、Ile32、Val47、Ile50、Ile84、Ala28'、Gly49'、Ile50'和Arg87'与APV产生了大于1.0 kcal/mol的强相互作用,而且证明CH-π,CH-O相互作用和极性作用是其结合的主要形式.期待该结果可以为以HIV-1蛋白酶为靶标的抗艾滋病药物设计提供理论上的指导.
时术华
张少龙
张庆刚
关键词:
分子动力学
MM-PBSA
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