国家重点基础研究发展计划(无)
- 作品数：1 被引量：11H指数：1
- 相关作者：丛郁苏彦华郝东利宋志忠杨顺瑛更多>>
- 相关机构：中国科学院更多>>
- 发文基金：中国博士后科学基金国家重点基础研究发展计划国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 葡萄AMT基因家族生物信息学分析被引量：11
- 2011年
- 运用隐马尔柯夫模型,对葡萄的蛋白质数据库进行搜索,共找到12个AMT蛋白同源序列。利用生物信息学方法对葡萄12个AMT基因进行染色体定位,进而预测它们的氨基酸组成成分、理化性质以及二级结构,并分析葡萄与拟南芥、水稻和杨树AMT基因家族之间的联系。基因组定位结果发现12个AMT基因分布在6条染色体上,较拟南芥AMT基因在染色体上的分布更为集中。12个葡萄AMT蛋白序列可分成2个亚族,AMT1亚族有3个成员,其余为AMT2亚族成员。研究中发现不同成员间氨基酸数目、氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异;二级结构预测结果显示,12个AMT氨基酸序列以α-螺旋和无规则卷曲为主要组成部分。基因结构分析表明,仅有2个葡萄AMT基因家族成员不含内含子,其余10个AMT基因含有1～4个内含子。对葡萄AMT蛋白的亚细胞定位分析表明:12个VvAMT均定位于膜结构上。对获得的12个葡萄AMT基因进行EST分析,只有5个有对应的EST序列,而仅有2个有相应的电子表达谱。
- 丛郁杨顺瑛宋志忠郝东利苏彦华
- 关键词：葡萄AMT基因家族生物信息学分析
