上海市科学技术委员会资助项目(11510500300)
- 作品数:4 被引量:10H指数:2
- 相关作者:张武谢江沈小龙李芝龙戴佳筑更多>>
- 相关机构:上海大学更多>>
- 发文基金:上海市科学技术委员会资助项目上海市教育委员会重点学科基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域:自动化与计算机技术更多>>
- 用于生物分子网络比对的自适应匈牙利贪心混合算法的并行化被引量:2
- 2013年
- 生物分子网络比对是生物信息学中一个重要领域,是研究生物现象和生命机理的有效手段,而自适应匈牙利贪心混合算法(AHGA)是其中一个有效的生物分子网络比对算法。但是生物分子网络数据的规模都比较大,而且由于其拥有生物背景,生物分子网络数据具有一些特殊性。为了能够在可以接受的时间范围内获得大规模生物分子网络的比对结果,使用MPI和统一计算架构(CUDA)对自适应混合算法进行了并行化,在比对中充分考虑生物分子网络的生物学意义,对两种方式进行了对比分析,以寻找更合适生物分子网络的比对方法。
- 马进谢江戴东波谭军张武
- 关键词:自适应混合算法并行化
- CPSE-Bio:基于云计算的生物问题求解环境被引量:2
- 2013年
- 生物信息学是结合计算机技术解决生物问题,利用计算机能力加速生物研究的交叉性学科.问题求解环境(problem solving environment,PSE)是一类面向科学问题求解的计算平台,研究人员通过使用PSE可以高效地参与和开展科学研究.由于生物数据规模通常很大,而这些数据随着生物技术的发展仍在不断地增加,因此,传统的单机单系统PSE已无法满足生物计算需求.介绍上海大学计算机工程与科学学院高性能计算研究所生物信息学研究团队将云计算技术与PSE相结合,实现基于云环境的问题求解环境CPSE-Bio,并对其中2个代表性模块,即PPI(protein-protein interaction)多数据库网络查询(multi-database retrieval technology,MDRT)模块和蛋白质挖掘(protein mining,PM)模块,进行性能分析和比较.
- 谢江王旻超易荣贵夏上云张武
- 关键词:生物信息学问题求解环境云计算
- 基于动态用户融合的云计算架构被引量:2
- 2013年
- 云计算是IT产业的第三次变革,已成为互联网信息服务研究的热点,并且各种云计算的产品相继出现.云计算大多采用强数据中心和弱终端的架构模式,建设这种架构的云计算中心,需要大量的资金投入,并配置高速的网络访问环境.目前中国的网络带宽还难以满足这种云计算框架下服务的需求;同时,众多云计算中心的建立也可能在一定程度上造成已有PC设备资源的浪费.提出了一种基于动态用户融合的云计算服务架构,该架构通过将有一定存储能力和计算能力的用户终端动态地融合到数据中心,使得云计算中心的规模能够动态地扩展或收缩,让用户能够为云服务中的其他用户提供服务.基于该框架,设计和实现一个云服务视频点播系统.实验表明,该框架能够在保持云服务质量的同时允许动态扩充云的规模.
- 胡冠男卢志国詹华清陆铭朱文浩刘炜王晓伟张武
- 关键词:云计算系统架构
- 基于云计算平台的医疗健康监视系统被引量:4
- 2013年
- 在医学领域,通常认为多数突发性疾病导致死亡的原因是由于延误了时间而没有给予病人及时的帮助.因此,如何为病人提供快速而有效的治疗一直是医学领域的一个重要研究方向.介绍构建的基于云计算平台,能够准确及时获取心脏病人相关信息(如生理情况、历史病历、地理位置等)的健康监控系统.基于该系统,医生能够及时为病人提供可靠的医疗建议与救助,并与病人家属及时沟通.
- 张惠然戴佳筑李芝龙沈小龙
- 关键词:云计算卫星定位