国家重点基础研究发展计划(2005CB522903) 作品数:30 被引量:90 H指数:5 相关作者: 邢辉 曾毅 杨贵波 全宇 陈国敏 更多>> 相关机构: 中国疾病预防控制中心 南开大学 安徽省疾病预防控制中心 更多>> 发文基金: 国家重点基础研究发展计划 国家自然科学基金 国家高技术研究发展计划 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 更多>>
湖北省采供血HIV-1感染者分子流行病学分析 被引量:5 2007年 目的分析湖北省经采供血感染人类免疫缺陷病毒(HIV-1)流行株的亚型特点和流行规律。方法2005年采集湖北省HIV-1感染者抗凝外周血22份,分离外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBM-Cs),提取前病毒DNA,用巢式PCR方法(nested polymerase chain reaction,nested-PCR)扩增HIV-1病毒gag至pol约3kb的核酸序列,并进行序列测定。应用BioEdit软件对序列排列、比对后,使用Clustal X系统进化树分析,确定亚型,并应用Simplot软件进行重组分析。结果通过巢式PCR扩增以序列测定得到17份样品的序列,根据gag-pol基因序列,与HIV-1亚型国际参考株比较,通过系统进行分析,确定湖北省的17个HIV-1毒株与邻近省份河南省的流行株B′亚型十分接近,均属于泰国B′亚型,并且未发现重组株的存在。结论湖北省经采供血感染的HIV-1流行株属于B′亚型,与河南省有偿献血员流行的HIV-1 B′亚型密切相关。 刘萍萍 张伟 汤恒 张险峰 陈慧萍 童骁 杨荣阁关键词:人类免疫缺陷病毒 分子流行病学 干血斑用于HIV-1耐药基因型检测的研究 被引量:9 2010年 目的通过干血斑样本与血浆、全血的HIV-1基因型耐药性检测结果比较,探讨十血斑样本应用于我国患者HIV—1耐药性检测及监测的可行性。方法选择来自安徽(10例)、云南(13例)、湖南(6例)和新疆维吾尔自治区(10例)4省(自治区)共39例AIDS患者,这些患者感染的HIV-1流行株覆盖中国主要的流行亚型(B、CRF01_AE、CRF07_BC),同时对同一患者的血浆、全血及干血斑3种类型的样本应用实验室自建的套式PCR方法扩增HIV的pol基因区,通过美国斯坦福大学的HIV耐药数据库进行耐药程度判别并比较三者的耐药性结果。结果干血斑、全血与血浆样本相比总扩增成功率分别为95%(37/39)、92%(36/39)及100%(39/39),各亚型样本基因序列的3种样本的一致性均高于99%,同时干血斑样本的耐药性检测结果与血浆相比一致性为86%(31/36),突变位点不一致的主要原因为混合碱基导致。结论综合PCR扩增效果及序列分析差异等因素,十血斑样本可以反映出耐药的整体流行趋势,用于我国HIV-1患者的耐药检测及监测值得推广。 马鹏飞 邢辉 廖玲洁 陈彬 赵全壁 全宇 孙峰 杨绍敏 苏斌 陈曦 邵一鸣关键词:HIV-1 干血斑 聚合酶链反应 湖北省抗病毒治疗和未治疗的HIV-1感染者耐药基因变异研究 被引量:5 2007年 目的研究湖北省流行的HIV-1毒株在经过高效抗逆转录病毒治疗(HAART)及未治疗人群中耐药基因变异情况。方法采集HIV-1感染者抗凝外周血,提取前病毒DNA,用巢式PCR方法扩增HIV-1 pol基因约2 kb的核酸序列,进行序列测定并通过斯坦福耐药基因数据库进行耐药基因型分析。结果抗病毒治疗组19例,未治疗组25例。在所有的HIV-1感染者样本序列中,发现针对蛋白酶抑制剂(PIs)的耐药突变:D30N(2.27%)。D30G(2.27%),M46I(4.55%),M46N(2.27%),147V(4.55%),184V(4.55%)。184L(2.27%),N88S(2.27%),L90S(2.27%),以及针对PIs的次要耐药基因突变;A71T(29.55%)。在治疗组中出现针对逆转录酶抑制剂(NRTIs及NNRTIs)的主要耐药基因突变的样本5例,突变主要有M41L(5.26%),A62V(5.26%),D67N(5.26%),L210W (5.26%),T215Y(15.79%):K103E(5.26%),K103N(10.53%),Y181C(5.26%),G190A(5.26%),K238N(5.26%)。在未治疗组中出现针对逆转录酶抑制剂(NRTIs及NNRTIs)的主要耐药基因突变的样本5例,突变主要有M184V(4%)。K65N(4%),Y115M(4%),F116L(4%),M184I(4%);V179D (4%),G190R(4%)。在逆转录酶(RT)基因中耐药意义不明的突变F214L,与药物的使用有统计学上的相关性(P=0.03)。结论湖北省HIV-1感染者RT基因的耐药突变,在治疗和未治疗人群样本中差异有统计学意义,说明药物治疗已经对HIV耐药基因突变的产生有了一定影响。同时。耐药意义尚未明确的突变位点F214L也可能与治疗或是某些药物的使用有一定的相关性。 王晓琼 童骁 汤恒 刘萍萍 张伟 杨荣阁关键词:艾滋病病毒 耐药变异 高效抗逆转录病毒治疗 河南地区HIV-1毒株Gag基因抗原表位变异特征及准种特点研究 被引量:2 2009年 目的探讨中国河南地区人免疫缺陷病毒I型(HIV-1)毒株GAG蛋白抗原表位变异特征,并对其准种特点加以分析。方法套式聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增确认HIV阳性样本gagp17-p24基因区段并测序,PCR产物纯化后克隆,挑选克隆株鉴定为阳性后测序,以MEGA(version3.0)等软件进行分析。结果河南HIV毒株为B′亚型;gag基因p17区段抗原表位突变有E62G(55.80%),Y79F(48.90%),T84V(48.90%),144V(44.20%),gag基因p24区段抗原表位未见明显变异。结论HIV—1 B′亚型毒株gag基因p17区段的4个抗原表位,存在较大变异,p24区段较为保守,适合抗原表位疫苗的研制。 杜鹏 陈国敏 李泽琳 曾毅关键词:HIV-1 抗原表位 准种 不同黏膜上皮细胞中巨噬细胞炎性蛋白-3α转录水平的荧光定量RT—PCR比较分析 被引量:2 2008年 目的定量比较分析不同黏膜上皮细胞中人巨噬细胞炎性蛋白-3α(MIP-3α)的转录水平。方法体外转录制备MIP-3α RNA标准品,人工合成MIP-3α mRNA序列特异的引物及TaqMan探针。利用TaqMan EZ RT-PCR试剂盒的反应体系和ABI实时荧光定量PCR仪进行实时荧光定量RT—PCR。通过对RT—PCR产物测序、使用标准品和质控品进行多次独立测试等评估实时荧光定量RT—PCR方法的特异性、灵敏度和可重复性。随后对不同黏膜上皮细胞系Caco-2、T-84、HeLa和淋巴细胞系PM1中MIP-3α mRNA水平进行了定量检测。结果建立了可用于MIP-3α mRNA水平定量检测的实时荧光定量RT—PCR方法,该方法特异性好(扩增片段测序结果与参考序列完全一致)、灵敏度高(25斗l反应体系中有5个拷贝就可以检出)、检测样品浓度范围广(10^3~10^10拷贝/m1)。对Caco-2、T-84、HeLa和PM1细胞中MIP-3αmRNA水平的定量分析表明,肠黏膜上皮细胞Caco-2和T-84的MIP-3α mRNA水平比HeLa和PM1细胞高。结论黏膜上皮细胞能表达丰富的MIP-3α,不同黏膜上皮细胞MIP-3α的表达水平可能不同。 高彤 邱趁丽 赵辉 刘强 邵一鸣 杨贵波关键词:黏膜上皮细胞 实时荧光定量RT-PCR 类泛素修饰蛋白bISG15抗血清在体外修饰系统中的应用(英文) 被引量:2 2008年 ISG15由干扰素刺激基因15编码,是最早被发现的类泛素修饰分子.病毒感染以及干扰素刺激可以强烈诱导其表达.与泛素类似,ISG15可以共价连接到其他蛋白分子上进行修饰,但ISG15及其连接修饰的功能作用还有很多尚未知.最近的研究表明,ISG15及其修饰作用在先天免疫中起着重要的作用.将牛类ISG15基因克隆进入pET28a( +)原核表达载体,并且表达了可溶的融合有His-tag标签的bISG15融合蛋白.使用Ni-NTA葡聚糖进行纯化浓缩.纯化蛋白免疫Balb/c小鼠并获得抗血清.Western印迹实验显示,抗血清可以特异地识别在真核细胞中表达的bISG15 .浓缩的bISG15以及制备的抗血清用于建立bISG15的体外修饰系统.实验证明,使用该系统bISG15可以连接到细胞蛋白上进行修饰. 刘畅 史颖姣 宣成昊 耿运琪 乔文涛HIV-1B′亚型逆转录酶基因的药物相关突变的多样性 在湖北省内收集205份 HIV-1阳性血液样本,包括76例已治疗患者和129例未治疗患者,并测定了其逆转录酶基因序列。在治疗人群样本中出现耐药突变的样本达到39%,未治疗人群中出现耐药突变的比例为4%。在逆转录酶基因中有 童骁 王晓琼 汤恒 刘萍萍 张伟 杨荣阁关键词:HIV-1 耐药 突变 文献传递 中国HIV-1主要流行重组株B/CTat基因第一外显子序列特征分析 被引量:2 2006年 目的研究我国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)流行重组株B/CTat基因第一外显子变异特点,探讨这些变化对其功能的影响。方法从确诊的HIV-1感染者全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增和测序。使用GCG和Bioedit软件中的程序进行系统进化树和氨基酸变异分析,同时进行网上三级结构预测。结果总计154份样品中CRF07-BC为120份,CRF08-BC为34份,两种亚型有较广泛的分布,CRF07-BC与标准株的平均基因离散率为(5.748±1.352),CRF08-BC与标准株的平均基因离散率为(1.259±1.931)。结论我国流行重组株CRF07-BC比CRF08-BC有较长的流行时间,CRF07-BC与CRF08-BC基因第一外显子氨基酸相比,主要为半胱氨酸富含区和核心区的变化。在这两个区位点变化可能影响Tat与细胞因子如cyclinT1的结合能力,而成为CRF07-BC在我国流行中获得传播优势的原因。 黄海龙 邢辉 马鹏飞 关琪 魏民 洪坤学 陈建平 梁浩 司雪峰 全宇 谢必峰 邵一鸣关键词:HIV-1 不同亚型HIV-1毒株的耐药突变特征 被引量:4 2011年 人类免疫缺陷病毒(HIV)由于其具有逆转录病毒基因高度变异的特点,导致该病毒在传播过程中产生了许多亚型.而HIV-1的pol基因区虽然变化较其他基因区小,但不同亚型间也存在着差异.pol基因区包含的蛋白酶(protease,PR)和逆转录酶(reverse transcriptase,RT)的编码区,正是目前广泛使用的抗逆转录病毒药物作用的主要区域,针对HIV-1 PR的药物为蛋白酶抑制剂(PIs),针对RT的药物可以分为核苷类逆转录酶抑制剂(NRTIs)和非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)两类.在药物的选择压力下,亚型间的基因差异可能会导致不同的遗传障碍,进而引起不同亚型毒株的耐药突变谱产生差异, 苏俊琪 邢辉关键词:HIV-1毒株 亚型毒株 非核苷类逆转录酶抑制剂 突变特征 耐药 蛋白酶抑制剂 实时荧光定量RT—PCR监测恒河猴体内人/猴免疫缺陷病毒载量在传代过程中的变化 被引量:2 2007年 目的为分析中国SHIV/猕猴AIDS模型的病毒载量变化趋势,建立一种实时、灵敏、特异的针对人/猴免疫缺陷病毒的定量检测方法。方法体外转录制备RNA标准品,利用TaqMan EZ RT-PCR试剂盒的反应体系和针对SHIV gag保守区91个碱基的TaqMan探针和引物,建立一步法实时荧光定量RT-PCR。提取126份来自SHIV-CN97001感染恒河猴血浆病毒RNA并定量检测。结果利.用梯度稀释的RNA标准品对反应体系进行优化,标准曲线下限达到2×10^2拷贝/ml,相关性(r〉0.99)及重复性(CV=4.14%)均能达到测定要求。病毒载量的检测结果表明SHIV—CN97001在猴体内传代过程中病毒载量有先升后降的趋势,病毒载量通常在接种病毒或感染猴的全血后第14天达到高峰。血浆载量可达到10^5—10^6拷贝/ml。结论成功地建立了一步法定量SHIVRNA的实时荧光定量RT-PCR,为SHIV/恒河猴AIDS模型的建立与应用提供了灵敏的病毒载量检测方法。SHIV—CN97001的体内繁殖能力在猴体内传代过程中有所增强。 刘强 李菊 杨贵波 邢辉 代解杰 邵一鸣关键词:逆转录聚合酶链反应 SIV 病毒载量