国家自然科学基金(31200471) 作品数:4 被引量:59 H指数:4 相关作者: 裴男才 陈步峰 米湘成 潘勇军 肖以华 更多>> 相关机构: 中国林业科学研究院 中国科学院植物研究所 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项 国家林业公益性行业科研专项 更多>> 相关领域: 生物学 农业科学 环境科学与工程 更多>>
DNA条形码在进化生态学研究中的应用 被引量:8 2015年 DNA条形码是最近十几年发展起来的一门生物技术,具有标准、通用、快捷等优点,其主要目标是通过较短的DNA序列在物种水平上对现存生物类群和未知生物材料进行识别和鉴定(Hebert et al.,2003;裴男才和陈步峰,2013)。目前,植物DNA条形码已较成熟地应用于群落系统发育(或称谱系)与进化生态学研究,主要回答两大科学问题: 裴男才关键词:DNA序列 进化生态学 植物DNA 生物类群 生物DNA条形码:十年发展历程、研究尺度和功能 被引量:39 2013年 DNA条形码为现代生物学研究提供了丰富的分子信息、标准的数据平台和通用的技术规程。本文从动物、植物和微生物等三方面简要梳理了生物DNA条形码近十年来的兴起和发展历程。参照DNA条形码特征,将其生物学功能归纳为基本功能(如储备数据、鉴别物种)、延伸功能(如构建系统发育关系、服务特定行业、编制新一代生物图志)以及潜在功能(如物种整合)等三类。根据研究尺度,划分出类群(主要是专科专属类研究)、群落(以自然保护区和大型固定样地构成的生物群落)和区域(生物多样性热点地区)等三个水平。列出了国际生命条形码组织开展的十大类研究项目,从系统与分类学、生物多样性保护、系统发育进化生态学和数字化平台建设等四个方面分析了DNA条形码方法涉及的若干重要科学议题,并指出在各学科应用时可能遇到的问题。DNA条形码技术在生物科学领域潜力巨大,但还需在研究和论证过程中不断完善。 裴男才 陈步峰关键词:条形码技术 生物资源 生物多样性保护 现代生物学 珠江三角洲不同污染梯度下森林优势种叶片和枝条S含量比较 被引量:6 2013年 植物的吸储作用对降低环境中含硫污染物浓度有积极意义。筛选珠江三角洲地区具有不同污染程度的3处森林类型,检测了32个树种叶片和枝条中的总S含量(其中广州市白云区帽峰山次生常绿阔叶林16个树种,广州市南沙区海岸防护人工林11个树种,佛山市顺德区龙凤山人工改造恢复林5个树种)。结果显示:该32个物种的叶片和枝条中硫含量平均值分别为(0.24±0.02)%和(0.14±0.02)%,叶片硫含量显著高于枝条中的(P=0.000)。相同森林类型不同物种间叶片(和枝条)中硫含量呈现显著差异。帽峰山和南沙森林样地中优势种叶片(和枝条)中硫含量近似,分别为(0.22±0.01)%和(0.22±0.02)%(枝条:(0.13±0.01)%和(0.10±0.01)%);而龙凤山的最高,叶片和枝条中分别为(0.39±0.13)%和(0.28±0.09)%;多重检验结果显示,在龙凤山森林类型植物体吸储硫元素的量,显著大于帽峰山和南沙森林类型,这与不同森林类型所处空气环境中S污染物格局较为吻合。在近缘类群中(如豆科、樟科),叶片(和枝条)中硫含量的差异显著,暗示近缘植物类群(在科的水平上)在吸储硫元素方面受系统发育约束作用不明显。在本土树种和引进树种中,叶片(和枝条)中硫含量没有显著差异,可能与所处环境的过滤作用相关。广州和佛山地区各林型的植物体内硫含量存在的差异,基本反映出该两地区空气环境中受含硫污染物的影响程度。今后在该地区的造林过程中,应更多考虑应用S污染物吸储能力较强的树种,并注重本土树种和引进树种的组配,构建适应当地环境条件的森林群落。 裴男才 陈步峰 邹志谨 潘勇军 肖以华关键词:硫 植物修复 珠江三角洲 植物DNA条形码技术应用于大样地群落学研究 被引量:7 2014年 DNA条形码技术在生物分类学、进化生态学、分子系统学、生物多样性科学、医学检疫等学科和领域发挥着重要作用.本文梳理了近些年国内外以森林大样地为平台,利用植物DNA条形码(即叶绿体基因片段rbcL,matK和trnH-psbA)在群落水平研究获得的若干重要进展.围绕植物DNA条形码技术如何应用于大样地群落学研究这一主线,从基本原理出发,以研究案例为基础进行了相应的评述,提炼出以下4方面:(1)鉴别群落水平上的植物材料时,利用多个DNA条形码片段的组合能达到较高的物种鉴别率,而单个片段效果较好的为trnH-psbA,其次是matK和rbcL;(2)构建大样地植物群落系统发育关系时,搭配使用不同进化速率的条形码片段,以超级矩阵(Supermatrix)方法排列DNA序列,在系统发育树构建软件上可获取较好的分支精度并得到较高的节点支持率;(3)DNA条形码系统发育关系与群落生态学研究结合时,能增强对群落共存机制和群落构建方式的探索和阐释能力;(4)DNA条形码系统发育关系应用于生物多样性指数计算时,能增强多样性指数的分辨能力和评估手段.植物DNA条形码技术已在类群和群落水平上应用并得到较好的效果;建议与传统的Phylomatic等方法互补优势,在原有基础上进行适当的完善,如优化取样策略、增加具有更多信息量的核基因片段ITS等,提升DNA条形码技术的整体性能,使该技术在区域和全球水平上开展群落学研究时也能较好地应用. 裴男才 米湘成 陈步峰关键词:生物群落 森林生物多样性 监测网络