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离散增量结合二次判别分析预测人类DNA甲基化位点: 2012年; DNA甲基化作为直接作用于DNA序列的一种表观遗传修饰,能够在不改变DNA分子一级结构的情况下影响基因表达,在生命活动中扮演着重要的角色.在哺乳动物中,DNA甲基化主要发生在C_pG二核苷酸的胞嘧啶上,并且在基因组中呈现不均匀分布.准确预测DNA甲基化位点有助于阐明DNA甲基化对基因表达的调控作用,并为肿瘤的早期诊断及治疗提供新的依据.本文应用离散增量结合二次判别分析的方法,对人类的C_pG二核苷酸甲基化状态进行了识别.5折交叉检验的整体准确率超过了80%,受试者操作特性曲线面积也达到了0.86.与现有方法相比,预测成功率显著提高.这说明离散增量结合二次判别分析方法适用于甲基化位点的预测;基因组序列中甲基化位点具有序列依赖性.; 刘佳赵秀娟裴智勇秦笙蔡禄; 关键词：DNA甲基化二次判别分析

基于结构信息的蛋白质相互作用规律的研究被引量：2: 2009年; 蛋白质-蛋白质相互作用是蛋白质发挥其功能的重要途径之一。作者基于相互作用蛋白质数据库、基因本体数据库和蛋白质结构分类数据库(structural classification of proteins,SCOP),结合SWISS-PROT等相关数据库中蛋白质功能注释信息,定义描述蛋白质相互作用倾向性的参数,对酿酒酵母定位于不同细胞器蛋白、部分膜蛋白,以及酿酒酵母、线虫和大肠杆菌按SCOP分类的不同结构类蛋白质之间相互作用规律进行研究。结果表明各种细胞器、膜和结构类蛋白质之间相互作用确实存在明显的偏向性。; 蔡禄裴智勇陈斯云; 关键词：蛋白质相互作用细胞器结构类

蛋白质相互作用及其网络预测方法研究进展被引量：5: 2007年; 依据蛋白质序列、蛋白质空间结构、基因本体（GeneOntology）注释、文献挖掘、网络比对及基因组信息将蛋白质相互作用预测方法分为六类，阐述并评价了各种方法的研究进展．从网络建模与挖掘两个角度探讨了相互作用网络预测方法．还概述了与之密切相关的问题：位点预测、转录因子间相互作用预测及数据库评价，指出了研究中存在的问题和发展方向．; 于建涛郭茂祖蔡禄; 关键词：蛋白质相互作用蛋白质相互作用网络相互作用位点

转录因子结合位点识别算法的研究被引量：2: 2007年; 转录因子结合位点的识别是生物信息学中的一个重要领域．本文从计算机等信息科学的角度，对转录因子结合位点的识别方法进行了综合分析，包括该问题的生物学意义、主要算法思想以及每种算法的优缺点．使用TRANSFAC数据库中几组样例对具有代表性的6种主要软件进行测试，对其结果进行了详细地比较分析．最后，在总结分析现有算法的基础上探讨了该领域进一步的研究方向．; 王峻郭茂祖; 关键词：转录因子结合位点

IDQD算法预测人类蛋白质相互作用: 2010年; 蛋白质是一切生命活动的物质基础,研究蛋白质的相互作用有助于理解生物过程的分子机制,阐明疾病的分子机理。本文依据蛋白质序列组分特征,应用基于多样性增量的二次判别分析方法,对人类的1 963对蛋白质相互作用进行了预测。自洽检验的各项预测指标均在79%以上,且交叉检验的总精度也大于60%,表明本算法可以用于蛋白质相互作用预测。; 刘佳蔡禄邢永强; 关键词：蛋白质相互作用二次判别分析

核小体定位研究进展被引量：10: 2009年; 核小体定位在诸如转录调控、DNA复制和修复等多种细胞过程中起着重要作用。基因组上核小体位置的确定涉及DNA、转录因子、组蛋白修饰酶和染色质重塑复合体之间的相互作用。核小体定位、组蛋白修饰、染色质重塑等问题已成为目前遗传学研究的热点——表观遗传学——的重要研究内容。文章从核小体定位基本概念、核小体定位与基因表达调控的关系、核小体定位实验研究和理论预测工作等几个方面总结了核小体定位的最新研究进展。; 蔡禄赵秀娟; 关键词：核小体定位基因表达

酵母蛋白质相互作用网络中Hub蛋白分类及作用规律的研究: 2010年; 在蛋白质相互作用网络层面研究蛋白质的生物学功能已成为系统生物学的一项重要工作。Hub蛋白是指蛋白质相互作用网络中连接数较高的蛋白,在生命活动中行使着极为重要的功能。然而仅仅依靠连接数并不能准确反映出蛋白质在生物学网络中的真实地位,连接数相近的Hub蛋白在生物网络中发挥的作用未必同等重要。依据Gene ontology数据库中的生物学注释信息,使用X均值聚类法将Hub蛋白分为系统、组分和过程Hub三类;对这三类Hub蛋白构成的子网络进行研究,发现系统Hub和非Hub蛋白子网络分布均匀,而组分Hub和过程Hub的子网络有明显的模块性;进一步引进描述各类Hub蛋白之间相互作用倾向性的参数并对其进行分析,结果表明:三类Hub蛋白之间(包括同一类Hub蛋白间)、非Hub蛋白与Hub蛋白间相互作用的倾向性强烈,而反过来,三类Hub蛋白与非Hub蛋白之间、非Hub蛋白内部相互作用的倾向性很弱。; 秦笙蔡禄; 关键词：蛋白质相互作用网络 GENE

基于GO的酵母膜系统蛋白相互作用规律研究: 2010年; 引进描述蛋白质相互作用倾向性参数(PIRB),基于GO(Gene Ontology)和相关的数据库中蛋白质功能注释,对酿酒酵母部分膜蛋白相互作用规律进行了研究,构建了基于PIRB的蛋白质相互作用网络图.结果表明各类膜蛋白质之间的相互作用具有明显的偏向性.对这种偏向性的生物学含义作了简要探讨.; 蔡禄裴智勇季风江威; 关键词：蛋白质相互作用基因本体膜蛋白

MSAP技术在植物抗逆性方面的应用被引量：13: 2010年; DNA甲基化在植物的生长发育中起着重要的作用。近年来,随着对DNA甲基化研究的重视,基于PCR方法检测DNA甲基化水平的甲基化敏感扩增多态性技术(MSAP)得到广泛的应用。综述了MSAP技术在植物的生物与非生物胁迫研究方面的应用。; 韩雅楠赵秀娟蔡禄; 关键词：DNA甲基化甲基化敏感扩增多态性抗逆性

基于蛋白序列的IDQD算法预测蛋白质相互作用被引量：2: 2010年; 基于蛋白质序列组分信息,提出一个离散增量结合二次判别分析法(IDQD)预测蛋白质相互作用的模型,对人类蛋白质相互作用进行预测.自洽检验的识别精度达到75.89%,3-fold交叉检验的敏感性和特异性分别为64.22%和64.68%.结果表明IDQD算法可以用于蛋白质相互作用的预测.; 刘佳裴智勇邢永强蔡禄; 关键词：蛋白质相互作用二次判别分析

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