重庆市教育委员会科学技术研究项目(KJ100801)
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
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- 发文基金：重庆市自然科学基金重庆市教育委员会科学技术研究项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术化学工程更多>>
- 应用QSAR预测人双载蛋白Ⅰ型SH3结构域及其配体多肽的亲和力
- 2011年
- 蛋白质间的相互作用在信号转导和其他许多生物进程有着至关重要的作用。从20种天然氨基酸的554个物化性质中,单变量建模方法挑选出疏水、静电、立体、氢键4个描述子表征能与人类双载蛋白SH3结构域结合的多肽,预测SH3结构域-肽亲和力。所得描述子并未对变量进行主成分分析(PCA)压缩,且只对氨基酸侧链性质进行结构表征,因此应用这4个描述子并结合多元线性回归(MLR)建模方法对SH3结构域,肽体系进行定量构效关系(QSAR)研究分析域,肽亲和力。测试集的多肽用于模型的验证,内部验证复相关系数(R^2)和外部留一法交互验证相关系数(Q^2)分别为:0.682,0.650,预测均方根误差(RMSE)为0.528,从模型统计数据可知,QSAR模型预测模型稳定性高,预测能力强。说明这4个描述子物具有更为确切的物化意义,表征过程更加简洁有效且研究效率高的多重优点,并可以拓展预测不同的域,肽体系。
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- 关键词：多肽定量构效关系多元线性回归
- 基于氨基酸结构信息的MHCⅠ类抗原表位的定量构效关系建模被引量：3
- 2011年
- 目的主要组织相容复合物(MHC)在细胞免疫中具有重要作用,MHC与表位亲和力的大小直接影响T细胞免疫响应的强弱,因此准确预测MHC-表位的结合亲和力可以提高表位的筛选效率并且降低实验成本。方法筛选89种天然氨基酸的理化性质用于15个MHCⅠ类分子亚型表位的结构表征,然后使用逐步线性回归(STR)方法优选对亲和力具有重要贡献结构参数建立预测模型,最终用多元线形回归法(MLR)方法建立了15个MHC亚型的QSAR模型。结果建立的QSAR模型具有稳定性高、预测能力强等优点,能确定表位中各氨基酸及其相应理化性质队对亲和力的贡献,并可很好解释MHC与表位的相互作用机理。结论 STR-MLR建模方法具有计算简便、易于解释、性能优异、物化意义明确等优势。
- 王远强丁元徐东海刘跃辉张娅韩英子罗兴燕林治华
- 关键词：表位定量构效关系
- 梨形四膜虫细胞毒性苯酚类似物的三维定量结构毒性相关研究
- 2012年
- 目的使用比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对梨形四膜虫细胞毒性苯酚类似物进行三维定量结构毒性相关(3D-QSTR)研究。方法系统分析了立体场、静电场、疏水场对三维结构毒性模型的影响,并建立相应的3D-QSTR预测模型。结果使用静电场与疏水场协同作用建立了具有良好可靠性和预测能力的3D-QSTR模型(Q2=0.767,r2=0.933)。结论模型具有良好的预测能力,对苯酚类似物的结构修饰具有指导作用。
- 王远强刘跃辉丁元张娅林治华
