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教育部科学技术研究重点项目(109084)

作品数:6 被引量:58H指数:4
相关作者:宋长年章镇房经贵王化坤王晨更多>>
相关机构:南京农业大学江苏省太湖常绿果树技术推广中心聊城大学更多>>
发文基金:教育部科学技术研究重点项目江苏省普通高校研究生科研创新计划项目更多>>
相关领域:农业科学生物学更多>>

文献类型

  • 6篇中文期刊文章

领域

  • 5篇农业科学
  • 3篇生物学

主题

  • 4篇亚细胞
  • 4篇亚细胞定位
  • 4篇细胞定位
  • 4篇克隆
  • 4篇基因
  • 3篇基因克隆
  • 3篇CDNA全长
  • 2篇EST
  • 1篇荧光
  • 1篇荧光定量
  • 1篇荧光定量RT...
  • 1篇生物信息
  • 1篇生物信息学
  • 1篇生物信息学预...
  • 1篇全长CDNA...
  • 1篇花器官
  • 1篇花器官发育
  • 1篇果树
  • 1篇柑橘
  • 1篇NA

机构

  • 6篇南京农业大学
  • 3篇江苏省太湖常...
  • 1篇聊城大学

作者

  • 6篇宋长年
  • 3篇房经贵
  • 3篇章镇
  • 3篇王化坤
  • 2篇王晨
  • 1篇郭磊
  • 1篇王西成
  • 1篇李阿英
  • 1篇李飞
  • 1篇李晓颖
  • 1篇贾启东
  • 1篇钱剑林
  • 1篇张晓莹
  • 1篇孙欣
  • 1篇上官凌飞
  • 1篇刘洪
  • 1篇邱学林
  • 1篇张演义
  • 1篇韩键
  • 1篇上官林飞

传媒

  • 2篇园艺学报
  • 1篇华北农学报
  • 1篇中国农业科学
  • 1篇江西农业学报
  • 1篇基因组学与应...

年份

  • 3篇2012
  • 2篇2010
  • 1篇2009
6 条 记 录,以下是 1-6
排序方式:
枳2个F-box基因cDNA全长的克隆及其亚细胞定位分析被引量:2
2012年
利用生物信息学方法,以拟南芥TIR1和F-box cDNA序列为模板,对柑橘EST数据库进行同源检索,筛选出柑橘TIR1和F-box基因的cDNA序列,并以枳花cDNA为模板,根据以上cDNA序列设计5'末端和3'末端扩增的特异引物,利用5'RACE和3'RACE技术,分别获得该基因的5'和3'末端,序列拼接后获得枳的TIR1和F-box cDNA全长。分别命名Pt-TIR1和Pt-F-box,大小分别是2 048,1 695 bp,在GenBank的登录号分别是FJ502240和FJ502241,其分别编码569和468个氨基酸全长。生物信息学分析表明,Pt-TIR1和Pt-F-box的cDNA序列中分别有microRNA393和microRNA394的识别位点,其与其他植物的F-box一样有着高度保守的序列即F-box结构域。构建Pt-TIR1和Pt-F-box亚细胞定位载体35S-GW-GFP-FJ502237/FJ502238,基因枪转化洋葱表皮细胞,暗培养24 h后激光共聚焦显微镜下观察。亚细胞定位结果表明Pt-TIR1和Pt-F-box均定位于细胞核中。转录因子Pt-TIR1和Pt-F-box均具有核定位功能。
张演义王化坤宋长年孙欣王西成
关键词:基因克隆亚细胞定位
枳两个GRAS基因cDNA全长的克隆及其亚细胞定位分析被引量:7
2012年
利用生物信息学方法以拟南芥SCL6和杨树GRAScDNA序列作为模板,对柑橘EST数据库进行同源检索筛选出柑橘SCL6和GRAS基因的cDNA序列,并以枳[Poncirus trifoliata(L.)Raf.]花cDNA为模板,根据以上cDNA序列设计5'末端和3'末端扩增的特异引物,利用5'RACE和3'RACE技术,分别获得该基因的5'和3'末端,序列拼接后获得枳的SCL6和GRAScDNA全长。分别命名Pt-SCL6和Pt-GRAS,大小分别是2668bp和1911bp,在GenBank的登录号分别是GQ505957和GU072592,其分别编码706个和636个氨基酸全长。生物信息学分析表明Pt-SCL6和Pt-GRAS的cDNA序列中分别有microRNA171(miR171)和miR1446的识别位点,其与其它植物的GRAS一样有着高度保守的序列即GRAS结构域。构建Pt-SCL6和Pt-GRAS亚细胞定位载体35S-GW-GFP-GQ505957/GU072592,基因枪转化洋葱表皮细胞,暗培养24h后激光共聚焦显微镜下观察。亚细胞定位结果表明Pt-SCL6和Pt-GRAS均定位于细胞膜中。转录因子Pt-SCL6和Pt-GRAS表现出在细胞膜区域定位的现象。
李阿英刘洪李晓颖郭磊宋长年
关键词:基因克隆亚细胞定位
基于EST库的枳APETALA2基因cDNA克隆及其表达分析被引量:14
2009年
根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学方法以拟南芥APETALA2 cDNA序列作为模板,对柑橘EST数据库进行同源检索筛选,克隆了柑橘APETALA2基因的cDNA序列,并以枳[Ponci-rustri foliata(L.)Raf.]花cDNA为模板,根据以上cDNA序列设计特异引物,利用RACE技术分别获得该基因的5′和3′末端,序列拼接后获得枳的APETALA2 cDNA全长。该cDNA全长为1980bp,命名为Pt-AP2。Pt-AP2核苷酸序列有一个1539bp完整的开放读码框(ORF),5′末端起始密码子ATG其始于290bp,3′末端非翻译区为152bp,其中含有27bp的Ploy+(A)。该基因已在GenBank基因数据库注册,注册号为EU883665。推导该cDNA编码512个氨基酸,与苹果、矮牵牛和拟南芥中相应序列同源性分别为59.1%、59.7%和63.8%。序列分析表明,Pt-AP2除了具备完全保守的核定位信号序列(KKSR)外,还具有两个高度保守的重复序列即AP2结构域。分别采用半定量RT-PCR和SYBR GreenI实时定量RT-PCR方法分析Pt-AP2在枳叶、茎、根、花和果等不同器官中的表达水平,结果一致表明Pt-AP2在各个器官中的表达水平不同,花中的表达量最高,果实中的表达量最低。
宋长年房经贵王晨上官凌飞章镇
关键词:柑橘花器官发育基因
枳SPL9和SPL13全长cDNA克隆、亚细胞定位和表达分析被引量:19
2010年
【目的】从枳[Poncirus trifoliata(L.)Raf.]中克隆SBP类[SQUAMOSA(SQUA)promoter-binding-like]转录因子基因SPL9和SPL13全长,构建SPL9和SPL13亚细胞定位表达载体验证其是否具有核定位功能,利用荧光定量PCR研究其在枳不同组织的表达特性,初步确定SPL9和SPL13在枳生长发育过程中的作用。【方法】利用生物信息学结合RACE技术以枳花器官的cDNA为模板,克隆出SPL9和SPL13基因全长,分别命名Pt-SPL9和Pt-SPL13,大小分别是1519bp和1824bp,在GenBank的登录号分别是FJ502237和FJ502238;构建Pt-SPL9和Pt-SPL13亚细胞定位载体35S-GW-FJ502237/FJ502238-GFP,基因枪转化洋葱表皮细胞,暗培养24h后激光共聚焦显微镜下观察;利用SYBR Green I实时定量RT-PCR方法检测Pt-SPL9和Pt-SPL13在根、茎、叶、花序、花和果等不同组织中的表达。【结果】生物信息学分析表明,Pt-SPL9和Pt-SPL13的cDNA序列中都有microRNA156的识别位点,Pt-SPL9与金鱼草、拟南芥和玉米SPL9的同源性分别为48.9%、42.5%和41.7%;Pt-SPL13与拟南芥SPL13、水稻的SPL16和玉米的TGA1同源性分别为40.8%、38.1%和35.8%。Pt-SPL9和Pt-SPL13与其它植物的SBP一样有着高度保守的序列,即SBP结构域和一个双向核定位信号KRXXXRRRK。亚细胞定位结果表明,Pt-SPL9和Pt-SPL13均定位于细胞核中。SYBR Green I实时定量RT-PCR结果表明,Pt-SPL9和Pt-SPL13在各个器官均有表达,但表达量不同,Pt-SPL9在茎中的表达量最高,在花和叶中的表达量次之,在根、花芽和幼果中的表达量最低;Pt-SPL13在幼果中的表达量最高,在茎和花芽中的表达量相当,其次为叶,在花和根中的表达量很低。【结论】转录因子Pt-SPL9和Pt-SPL13均具有核定位功能,Pt-SPL9和Pt-SPL13对枳的茎和果实的发育可能有着重要作用。
宋长年钱剑林房经贵王化坤邱学林章镇张晓莹
关键词:亚细胞定位荧光定量RT-PCR
一个新的枳NAC基因cDNA全长的克隆及其亚细胞定位分析被引量:1
2012年
以拟南芥的NAC1 cDNA序列作为模板,对柑橘EST数据库进行同源检索筛选,利用生物信息学方法克隆了柑橘NAC1基因的cDNA序列。以枳(Poncirus trifoliata)花的cDNA为模板,根据以上cDNA序列设计特异性引物,利用5'RACE和3'RACE技术,分别获得了NAC1基因的5'和3'末端,序列拼接后获得枳的NAC1 cDNA全长,命名为Pt-NAC1。Pt-NAC1全长为1351 bp,含有1个1047 bp完整的开放读码框(ORF),5'末端起始密码子ATG起始于25 bp,3'末端非翻译区为280 bp。该cDNA推导编码348个氨基酸,与苹果、拟南芥、杨树中相应序列的同源性分别为64.8%、57.0%、61.3%。生物信息学分析结果表明:Pt-NAC1 cDNA序列中有miRNA164的识别位点,还有高度保守的NAC结构域。构建Pt-NAC1亚细胞定位载体35S-GW-GFP-FJ619349,用基因枪转化洋葱表皮细胞,亚细胞定位结果表明:Pt-NAC1均定位于细胞膜中。
韩键王化坤宋长年上官林飞冷翔朋
关键词:基因克隆亚细胞定位
32种果树microRNA的生物信息学预测与分析被引量:15
2010年
通过生物信息学预测miRNA的方法,采用基于生物信息学的基因搜索和同源搜索的方法成功地从NCBI数据库中登录的32种果树的EST中寻找miRNAs。从32种果树的774400条ESTs中找到了110条miRNA前体序列,编码116条成熟体序列。利用miRbase数据库进一步分析,结果表明116个miRNAs属于45个miRNA家族,其中有7个保守的miRNA家族中的miRNA个数在5以上,20个miRNA家族的miRNA个数在2~4,有18个miRNA家族的miRNA数量为1个。在柑橘、苹果、香蕉、猕猴桃和桃等果树中分别发现28、16、13、11和10个miRNAs。果树中miRNA的序列比较发现,相同家族的miRNA的序列存在一定水平的差异,其中碱基的变化包括相似频率的颠换与转换。
宋长年贾启东王晨李飞章镇房经贵
关键词:MICRORNA生物信息学预测果树EST
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