国家科技支撑计划(2006BAE03B01)
- 作品数：5 被引量：21H指数：3
- 相关作者：郑清川张红星楚慧郢赵勇山孙家钟更多>>
- 相关机构：吉林大学新加坡国立大学华东理工大学更多>>
- 发文基金：国家科技支撑计划国家教育部博士点基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学生物学医药卫生环境科学与工程更多>>
- 人类胞外信号调节激酶1的同源模建及其抑制剂的对接与结构改造被引量：3
- 2010年
- 通过同源模建和分子动力学模拟构建了人类胞外信号调节激酶1(hERK1)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的合理性.对所得的结构使用分子对接程序Affinity和CDOCKER进行了两种抑制剂的对接.结果显示这两种抑制剂与酶的结合方式相似,它们均与残基K36,Q87之间存在氢键作用,二者取代基的不同导致了抑制能力的差别.基于对接结果分析,对已知抑制剂进行结构改造,得到了一个理论上结合能力更强的抑制剂.它在保持与K36和Q87之间氢键的同时,又与残基D93,K96,S135形成了四条氢键,显著提高了与酶的相互作用.对接相互作用能显著下降,MM-PBSA结合自由能降为负值,这些均体现了抑制能力的提高.本工作对于针对该酶的抑制剂设计和相关疾病的新药开发具有理论指导价值.
- 张继龙侯瑞哲李卓郑清川张红星
- 关键词：同源模建分子动力学对接抑制剂
- 基质金属蛋白酶的新型抑制剂效能的理论研究被引量：2
- 2009年
- 采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮对MMP-7有更好的效能,这与实验测得的活性顺序相符.另外,密度泛函理论的计算结果表明,此类抑制剂能够通过ZBG以单配位的形式与MMPs的Zn2+相互作用.理论计算的结果可能有助于抑制剂的设计及其效能的改善.
- 李岱霖郑清川张红星姬海涛杨金刚房学迅
- 关键词：基质金属蛋白酶分子对接密度泛函理论焦性没食子酸
- 有机/无机复合材料吸附分离CO2的模拟研究被引量：3
- 2008年
- 从烟道气中分离二氧化碳对于降低大气温室效应具有极其重要的意义。构造了由聚合物6FDA-1,5-NDA和多孔性二氧化硅组成的有机/无机复合材料吸附剂模型,并用GCMC方法模拟了烟道气[n(CO2):n(N2)=15:85]在该材料中的吸附行为。结果表明,这种复合材料吸附剂对CO2的吸附量和选择性随着聚合物含量的增加而增加。在相对较低的温度下,复合材料吸附剂对CO2的选择性随压力的升高而缓慢下降,并趋向于一个平衡值;在高温下,吸附剂对CO2的选择性基本不随压力变化。在一定的吸附压力下,CO2和N2的吸附量均随温度的升高而快速下降,但CO2吸附量下降幅度比N2快,导致吸附剂对CO2的吸附选择性随温度的升高而下降。
- 卓胜池黄永民胡军姜建文刘洪来
- 关键词：化学分离工程
- 人类丝氨酸消旋酶的同源模建及其与多肽类抑制剂的分子对接被引量：7
- 2009年
- 利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类丝氨酸消旋酶(hSR)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的可靠性.在此基础上用分子对接程序(affinity)将多肽类抑制剂A和B分别与hSR进行对接,获得了其复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了此类抑制剂与hSR的具体结合方式,明确了hSR与此类抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基,为基于人类丝氨酸消旋酶三维结构的药物设计提供重要的参考信息.
- 赵勇山郑清川张红星楚慧郢孙家钟
- 关键词：分子动力学模拟分子对接同源模建
- 人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(ACMSD)与底物及抑制剂作用模型的理论研究被引量：6
- 2008年
- 利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)和抑制剂喹啉酸(QA)分别与hACMSD进行对接,获得了复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了底物和抑制剂的具体结合方式,明确了hACMSD与底物和抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基.
- 楚慧郢郑清川赵勇山张红星
- 关键词：分子动力学模拟分子对接同源模建
