您的位置: 专家智库 > >

国家重点基础研究发展计划(2012CB316501)

作品数:8 被引量:17H指数:3
相关作者:孙啸刘宏德张峰侯越聂玉敏更多>>
相关机构:东南大学复旦大学附属肿瘤医院上海生物信息技术研究中心更多>>
发文基金:国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
相关领域:生物学医药卫生理学更多>>

文献类型

  • 8篇中文期刊文章

领域

  • 6篇生物学
  • 2篇医药卫生
  • 1篇理学

主题

  • 3篇基因
  • 2篇基因表达
  • 2篇HI
  • 2篇测序
  • 1篇蛋白
  • 1篇信息提取
  • 1篇修复基因
  • 1篇真核
  • 1篇真核基因
  • 1篇直肠
  • 1篇直肠癌
  • 1篇肾脏
  • 1篇肾脏组织
  • 1篇顺式作用元件
  • 1篇片段
  • 1篇染色
  • 1篇染色质
  • 1篇综合征
  • 1篇组蛋白
  • 1篇组蛋白修饰

机构

  • 4篇东南大学
  • 1篇复旦大学
  • 1篇复旦大学附属...
  • 1篇中国科学院上...
  • 1篇上海生物信息...

作者

  • 4篇孙啸
  • 3篇刘宏德
  • 2篇张峰
  • 1篇张倩倩
  • 1篇丁啸
  • 1篇谢建明
  • 1篇徐烨
  • 1篇刘方奇
  • 1篇南蓬
  • 1篇聂玉敏
  • 1篇曹唱唱
  • 1篇陈慧杰
  • 1篇黄凯
  • 1篇李轩
  • 1篇侯越
  • 1篇刘亚军

传媒

  • 1篇科学通报
  • 1篇复旦学报(医...
  • 1篇生物物理学报
  • 1篇Chines...
  • 1篇Scienc...
  • 1篇生物信息学
  • 1篇基因组学与应...
  • 1篇Fronti...

年份

  • 1篇2017
  • 2篇2016
  • 1篇2015
  • 1篇2014
  • 2篇2013
  • 1篇2012
8 条 记 录,以下是 1-8
排序方式:
调控真核基因表达的非编码序列被引量:4
2013年
真核基因的表达是一个涉及从DNA转录到mRNA转录后加工和翻译后蛋白质修饰的复杂过程,真核生物的复杂性必然要求更为复杂和精确的表达调控机制,这也是真核基因组中有大量非编码序列存在的主要原因。在这些非编码序列中,顺式作用元件可以与反式作用因子相互作用于转录水平调控基因的表达,重复序列主要影响染色质的结构,内含子和非翻译区主要在转录后水平上调控基因的表达,而非编码RNA则调控基因表达的各个层次。文章就这些调控基因表达的非编码序列及它们的调控机制作简要的综述。
聂玉敏刘宏德孙啸
关键词:真核基因顺式作用元件非编码RNA
Opportunity and challenge of big data in improving chronic non-communicable diseases: by health system engineering approaches被引量:4
2014年
Chronic non-communicable diseases (NCDs) is a sick- state in the complex system of human body. Healthsystems engineering approach can be used to recover health state by many different ways of system adjustments, including physical exercises, nutrition and psychological intervention, and drug therapies. To evaluate and assess the effects of these adjustments, many parameters of the system states have to be monitored (such as molecular high- throughput technologies, physiological, image, etc.), and estimated at the different levels (such as molecular, cellular, tissue, organ, and system levels) and on the different dimensions (such as metabolic, immune, neural, etc.) for human system. Huge data have been produced during the whole process, and health systems engineering approach will model health and sick state in the human system by detecting and analyzing these multi-dimension and multi- level big-data in order to find personal suitable adjustment method.
Yu MengsunLu Zuhong
Hi-C的干细胞染色质多重相互作用特征分析
2017年
染色质高级结构是基因转录调节的重要因素,染色质多重相互作用是高级结构中的一种,是多个(≥3)染色质片段在空间上相互接触而形成的紧凑结构。为了解染色质多重相互作用这类高级结构的特征及其在干细胞中分化中起到的作用,通过对Hi-C数据进行相关分析并计算基因的FPKM表达量,研究了染色质多重相互作用。分析发现:多重相互作用约占所有作用的30%,包含近70%的基因;此类作用区域的高表达基因多于低表达基因;且与组蛋白乙酰化相关性高。在分化过程中,多重作用位点数目和比例减少;位于多重作用区域的基因的表达略有降低;组蛋白乙酰化(H3K27ac和H3K23ac)在多重作用区域的减弱,而组蛋白甲基化(H3K4me3和H3K27me3)倾向于增强。结果表明,染色质多重相互作用是一种广泛存在的染色质高级结构,在干细胞分化中有重要作用,此类结构多具有H3K27ac修饰,调节基因的表达。总之,染色质多重相互作用是一种重要的基因转录调节因素,在细胞分化中具有调控作用。
张峰刘亚军谢建明孙啸刘宏德
关键词:基因表达组蛋白修饰
Comparison of the experimental methods in haplotype sequencing via next generation sequencing
2016年
Although the diploid nature has been observed for over 50 years, phasing the diploid is still a laborious task. The speed and throughput of next generation sequencing have largely increased in the past decades. However, the short read-length remains one of the biggest challenges of haplotype analysis. For instance, reads as short as 150 bp span no more than one variant in most cases. Numerous experimental technologies have been developed to overcome this challenge. Distance, complexity and accuracy of the linkages obtained are the main factors to evaluate the efficiency of whole genome haplotyping methods. Here, we review these experimental technologies, evaluating their efficiency in linkages obtaining and system complexity. The technologies are organized into four categories based on its strategy: (i) chromosomes separation, (ii) dilution pools, (iii) crosslinking and proximity ligation, (ix) long-read technologies. Within each category, several subsections are listed to classify each technology. Innovative experimental strategies are expected to have high-quality performance, low cost and be labor-saving, which will be largely desired in the future.
Jing TuNa LuMengqin DuanAn JuXiao SunZuhong Lu
关键词:HAPLOTYPING
染色质构象解析技术——Hi-C及染色质构象信息提取被引量:5
2015年
真核生物染色质在核内的空间组织形式能影响DNA的空间分布,因而对基因转录、DNA复制等生物学过程具有调节作用。目前对这种空间上高度有序的基因组结构的认识还是粗糙的、碎片式的和不完整的。近年,利用染色质构象捕获技术发展起来的衍生技术——Hi-C技术,是一种研究全基因组范围的染色质相互作用以及探明全基因组的三维结构的分析技术。利用Hi-C技术能够对染色质内部或所有染色质之间的相互作用进行精细分析,从而把基因表达调控引入到空间的、全局性的研究层面,为全面解析与DNA有关的生物学过程的机理开启新的契机。本文主要阐述染色质构象解析技术Hi-C的实验原理、数据处理以及染色质构象信息提取,包括染色质内相互作用情况分析、全基因组基因活性分类、拓扑关联结构域(TAD)和染色质环(chromatin loop),介绍染色质构象信息与基因调控研究方面的国际前沿进展。
胡文桥侯越张峰刘宏德孙啸
一种基于关联性特征的宏基因组测序片段分装方法被引量:1
2013年
20世纪末宏基因组学的概念被首次提出,从此打开了利用宏基因组学方法和技术研究微生物的大门.随着高通量测序技术的成熟,宏基因组学已经成为了一门新兴的热门学科.序列分析是宏基因组学研究的基础,而序列分析的一个重要环节就是测序片段的分装(binning).分装的准确性直接影响宏基因组学研究的精度和效率,提高分装准确性的关键在于提取出一种反映宏基因组测序片段物种分类的序列特征.目前主流分装方法利用的都是基因组序列的碱基组成性特征.本文深入研究序列的关联性特征,提出了一种基于关联性特征的分装方法,结合机器学习算法实现准确的分装,在对不同物种层次和不同复杂度的模拟宏基因组测序数据集进行分装时都能保持良好的性能.通过对比,发现此方法分装的正确率和稳定性都要优于目前国际上的无监督分装算法以及那些单纯使用三联、四联核苷酸出现频率进行分装的算法.
丁啸张倩倩曹唱唱孙啸
关键词:宏基因组
多重PCR靶向富集结合高通量测序筛查结直肠癌中MMR基因的突变被引量:3
2016年
目的探讨多重PCR靶向富集结合高通量测序技术在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中检测错配修复(mismatch repair,MMR)基因种系突变的应用。方法收集17例CRC患者和14例正常人的血液并提取基因组DNA;设计和优化寡聚核苷酸探针,使其能对5个基因MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6的73个外显子序列进行有效的PCR扩增和富集;应用多重PCR技术靶向富集样本MMR基因的外显子序列;扩增产物进行文库构建和高通量测序,检测MLHl、MSH2、PMS1、PMS2和MSH6基因的突变情况。结果 31个样本共得到2.7Gb的数据,平均reads数为287 048,测序数据中平均82.18%可与参考序列进行比对,外显子序列平均覆盖度为99.9%,平均测序深度为2 282。在MMR基因的外显子区域共发现13种非同义单核苷酸变异(single nucleotide variation,SNV)、2种同义SNV,其中MSH6的c.G3205C:p.G1069R为未见报道SNV。检测结果经Sanger法测序验证,结果一致。结论多重PCR靶向富集结合高通量测序技术是一套通量高、速度快、费用低、准确性高的MMR基因突变筛查方法。
黄凯陈慧杰刘方奇徐烨李轩南蓬
关键词:错配修复基因LYNCH综合征高通量测序
A comparative analysis of tissue gene expression data from high-throughput studies
2012年
High-throughput technologies were employed over the past decade to study the expression profiles of cells and tissues.There are large collections of accumulated data from public databases and numerous research articles were published on these data.In the current study,we performed meta-analysis on the gene expression data from human liver and kidney tissues produced from five different technologies:EST,SAGE,MPSS,microarray,and RNA-Seq.We found RNA-Seq was the most sensitive in the number of genes it detected while SAGE and MPSS were the least sensitive.For the genes detected by all the platforms,there were generally good correlations to the measured expression levels of corresponding genes.We further compared detected genes to liver/kidney proteomics data from the Human Protein Atlas,and found 960 of the 8764 genes only detected by RNA-Seq were validated by proteomics results.In conclusion,RNA-Seq is a more sensitive and consistent technology compared to the other four high-throughput platforms,though their results are in general agreement.Average coverage was determined to be the preferred measurement to represent gene expression levels by RNA-Seq data and will be used in future works.
PING JieWANG YaJunYU YaoLI YiXueLI XuanHAO Pei
关键词:基因表达数据肾脏组织SAGEMPSS
共1页<1>
聚类工具0