山东省自然科学基金(Z2007A05)
- 作品数：15 被引量：25H指数：3
- 相关作者：张庆刚刘新国扈国栋陈建中张少龙更多>>
- 相关机构：山东师范大学山东交通学院山东建筑大学更多>>
- 发文基金：山东省自然科学基金国家自然科学基金教育部科学技术研究重点项目更多>>
- 相关领域：理学医药卫生生物学更多>>
- He+H_2^+及其同位素取代反应的立体动力学研究被引量：2
- 2009年
- 运用准经典轨线方法,基于AQUILANTI势能面,在碰撞能为145kJ/mol时,对He+H2+及其同位素取代反应的立体动力学性质进行了理论研究.对k-j′两矢量相关和k-k′-j′三矢量相关的分布函数,以及产物转动取向参数进行了详细的讨论.结果表明,He+HH+→HeH++H,He+HD+→HeH++D和He+HT+→HeH++T反应的立体动力学性质对反应体系的质量因子和双原子分子的排斥能非常敏感.
- 孔浩刘新国许文武梁景娟张庆刚
- 关键词：矢量相关立体动力学准经典轨线方法
- O（^3P）＋HCl→OH＋Cl反应的矢量性质研究
- 2010年
- 采用准经典（quasi—classical trajectory）方法；对反应O（^3P）＋HCl→OH＋Cl在^3A″和^3A′两个电子态势能面上的矢量相关性质进行了研究．结果表明，产物OH的转动角动量极化分布强烈的依赖势能面的过滤态性质．
- 朱通扈国栋张庆刚
- 关键词：矢量相关准经典轨线方法势能面
- 氯与氘代甲烷反应的量子动力学计算研究被引量：1
- 2009年
- 采用含时波包法,在新改进的势能面上,对Cl+CD4→DCl+CD3反应进行了量子动力学计算.结果表明,反应物CD4的振动激发能显著地提高反应儿率并且降低反应阈能.转动激发的不同立体构型也能明显地影响反应几率,但对反应阔能影响较小.最后我们给出了基态的总积分散射截面,并和实验结果进行了比较.
- 杨茂友陈建中张庆刚
- 关键词：势能面含时波包法
- 两种雌激素受体与抑制剂作用的机制
- 2011年
- 对雌激素受体ERα和ERβ与抑制剂244结合的体系进行了12 ns的分子动力学模拟,用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,抑制剂与ERα的结合自由能是-30.11 kJ/mol,与ERβ的是-33.32 kJ/mo。lERα中Met421侧链原子与抑制剂间的静电排斥作用使活性口袋周围的残基构象发生变化,导致活性区域中结合空穴变大,从而使ERα与抑制剂的亲和性降低。自由能分解计算进一步说明了各个残基对自由能的贡献。
- 李龙飞孙德福张少龙张庆刚
- 分子动力学研究V82A和L90M变异对HIV PR-IDV复合物的影响被引量：2
- 2010年
- 为了说明V82A和L90M变异对蛋白酶(PR)和茚地那韦(IDV)复合物的影响,进行了5.5ns的MD模拟.用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,计算和实验结果一致.分解自由能为不同能量项说明,这两个变异引起熵的贡献变化大于焓的贡献变化.分解自由能到每个残基说明Wild,V82A和L90M具有相似的结合模式,结合能的贡献主要来源于A28/A28',I50/I50'和I84/I84'这六个残基组,详细分析了Wild和IDV的结合模式,对比分析了V82A和L90M变异引起结合模式的细小变化.V82A变异引起结合模式的变化是由于变异后位阻减小导致的.L90M变异引起D25和L90间的作用增强并引起结合模式的细小变化.研究结果有助于更好地理解变异对抑制剂和HIV-1PR结合模式的影响,并可以用来帮助设计更高效的PR抑制剂.
- 扈国栋陈建中时术华伊长虹张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学模拟
- 分子动力学模拟研究质子化态在HIV-1 Protease-Indinavir复合物中的作用被引量：3
- 2009年
- I型人体免疫缺陷病毒(HIV-1)蛋白酶中Asp25/Asp25'的质子化对于理论研究HIV-1蛋白酶和抑制剂的作用机制以及氨基酸变异对抗药性的影响有重要意义.分别对Protease-Indinavir(PR-IDV)复合物的六种可能的质子化态进行了5ns的分子动力学模拟,分析了不同状态对动力学特征和结构的影响,用molecular mechanics/Possion-Boltzman surfacearea(MM-PBSA)方法计算了PR和IDV在各种状态下的结合自由能.计算结果说明A链Asp25的OD2的质子化是最为可能的状态.对PR-IDV复合物中起到媒介作用的水分子与PR-IDV复合物形成的氢键进行了分析,分析结果说明不同的质子化态对水分子在PR-IDV复合物中所起的媒介作用没有影响,这一结果与我们先前对PR-BEA369复合物的研究不同.我们的研究结果为更高效的PR抑制剂的设计以及PR氨基酸变异对药物抗药性的研究提供了理论上的指导.
- 时术华扈国栋陈建中张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学MM-PBSA
- HIV-1蛋白酶与TMC114结合口袋内水分子作用的研究被引量：1
- 2010年
- 水分子在生物分子的稳定、动力学和功能方面发挥着重要作用。采用3ns分子动力学模拟,从不同侧面系统地研究了H IV-1蛋白酶与其抑制剂TMC114结合口袋内的五个水分子的功能作用。结果表明:水分子可以保持PR-TMC114的动力学和结构以及绑定特性的稳定;复合体的晶体结构和平均结构的比较表明W at301、W at2和W at5在分子动力学模拟过程中是守恒的;对氢键的分析证实W at301可以稳定PR与TMC114抑制剂柔性区域的结构,并且W at2和W at5能增强活动位点的稳定性。
- 时术华张庆刚
- 关键词：物理化学分子动力学
- 副本交换分子动力学模拟方法计算Trp-cage熔解温度
- 2009年
- 副本交换分子动力学模拟方法用来计算Trp-cage小蛋白的熔解温度.此模拟采用的是AMBER03的分子力场,但是它的电荷用最近发展的极化的蛋白质专一性电荷来代替.隐式溶剂模型用来模拟溶剂影响,温度变化范围从247.7 K到645.6 K.计算的熔解温度是312 K,这一结果和实验值吻合的很好(315 K).
- 段莉莉扈国栋张庆刚
- 关键词：TRP-CAGE
- 反应物振动激发对反应O^++DH(v=0,1,2,3,j=0)→OD^++H影响的准经典轨线研究被引量：1
- 2011年
- 运用准经典轨线方法,基于RODRIGO势能面,对碰撞能为192.97 kJ/mol时,O++DH反应的立体动力学性质进行了理论研究,对k-j',k-k'两矢量相关和k-k'-j'三矢量相关的分布函数、反应几率、反应截面,以及产物转动取向参数进行了详细的讨论.结果表明,反应物的振动量子数对O++DH(v=0,1,2,3,j=0)→OD++H反应产生了较大的影响.
- 孙海竹刘新国刘会荣
- 关键词：准经典轨线方法矢量相关反应截面
- O^+ + H_2及其同位素取代反应的立体动力学研究被引量：1
- 2010年
- 运用准经典轨线方法,基于RODRIGO势能面,对碰撞能为20kcal/mol时,O++H2及其同位素取代反应的立体动力学性质进行了理论研究,对k-j′两矢量相关和k-k′-j′三矢量相关的分布函数、极化微分反应截面,以及产物转动取向参数进行了详细的讨论.结果表明,O++H2→OH++H,O++DH→OD++H和O++TH→OT++H反应的立体动力学性质对体系的质量因数非常敏感.
- 刘新国孙海竹刘会荣张庆刚
- 关键词：立体动力学准经典轨线方法矢量相关
