公共文化服务平台

共 4 条记录，以下是 1-4

全选清除导出

排序方式：

蛋白质相互作用信息的文本挖掘研究进展被引量：2: 2010年; 蛋白质相互作用是生命活动中一种极其重要的生物分子关系,对此领域的研究不仅具有理论意义,还具有较强的应用价值.近年来,随着研究的深入,各种蛋白质相互作用的生物医学文献激增,挖掘其中的蛋白质相互作用关系成为人们面临的一大挑战.当前,已提出了多种文本挖掘方法,对分散于生物医学文献中的蛋白质相互作用信息进行结构化或半结构化处理.对这些工作进行分析,总结出基于生物文本挖掘蛋白质相互作用信息的一般流程,从蛋白质命名实体的识别、蛋白质相互作用关系的提取和蛋白质相互作用注释信息的提取3个子任务进行阐述,同时介绍了生物文本挖掘领域的评测会议和一些挖掘蛋白质相互作用相关信息的工具.最后,对该领域存在的一些重要问题进行分析,并预测了未来可能的发展方向,以期对该领域相关研究提供一定的参考.; 李满生刘齐军李栋刘培磊朱云平; 关键词：蛋白质相互作用文本挖掘命名实体识别

PNmerger:一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件(英文)被引量：5: 2009年; Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件.该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来.PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计.用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmerger下载PNmerger插件.; 孙汉昌李栋王建刘中扬朱云平谢红卫贺福初; 关键词：系统生物学蛋白质-蛋白质相互作用

一种基于基因表达模型识别酵母细胞周期条件特异调控子网的方法(英文)被引量：1: 2010年; 由高通量微阵列技术产生的数据集可以用于解释生物系统基因调控的未知机制.生物过程是动态的,所以很有必要关注某些条件下特异的基因调控子网络.细胞周期是一个基本的细胞过程,识别酵母的细胞周期特异调控子网是理解细胞周期过程的基础,并且有助于揭示其他细胞条件的基因调控机理.使用一个基因表达微分方程模型(GEDEM),从静态网络中识别了动态的细胞周期相关调控关系.与已经报道的细胞周期相关调控相互作用相比,该方法识别了更多的真实存在的条件特异调控关系,取得了比当前的方法更好的性能.在大数据集上,GEDEM 识别了具有高敏感性和特异性的调控子网.组合调控的深入分析显示,条件特异调控子网的转录因子之间的相关性呈现出比静态网络中转录因子相关性更强,这说明条件特异网络比静态网络更加接近真实情况.另外,GEDEM 方法还识别更多潜在的共调控转录因子.; 刘齐军王正华刘万霖李栋贺福初朱云平; 关键词：基因调控网络细胞周期微分方程模型

肿瘤相关生物学通路的发现和建模被引量：3: 2011年; 肿瘤是一种严重影响人类健康和生命的复杂疾病。某些生物学通路在肿瘤的发生、发展和转移的过程中发挥了关键作用,如何发现和研究肿瘤相关通路是人们面临的一大挑战。随着以基因芯片数据为代表的海量实验数据的产出,很多研究小组提出了一系列算法和模型通过整合和分析实验数据,鉴定和模拟肿瘤相关的生物学通路,发现了很多重要的生物学结论。文章对这些研究工作进行了综述,给出了一些常用的算法、软件和数据库资源,并讨论了该领域存在的问题和以后的发展方向。; 郭昊朱云平李栋贺福初; 关键词：肿瘤基因芯片

全选清除导出

共1页<1>

国家自然科学基金(30800200)