国家自然科学基金(30800087)
- 作品数：1 被引量：21H指数：1
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- 马蹄香表达序列标签资源的SSR信息分析被引量：21
- 2010年
- 目的分析马蹄香EST资源的SSR信息,为开发EST-SSR标记奠定基础。方法从GenBank中获得马蹄香EST序列,用Sequencher4.8软件进行序列拼接得到Uni-EST序列,用SciRoKo3.4软件对Uni-EST序列进行SSR扫描,分析EST-SSR的分布频率和重复基元的类型特征。结果共获得10274条马蹄香EST序列,通过预处理共得到全长为5.11×106bp的无冗余Uni-EST6643条。在这些序列中共搜索出1408个SSR位点,分布在1232条Uni-EST序列中,发生频率为18.55%,EST-SSR的平均长度为22.30bp,平均每3.63kb含1个SSR位点。单核苷酸重复在马蹄香EST-SSR中占主导地位,发生频率为12.24%,其次为二核苷酸重复,发生频率为5.01%。在所有重复基元中,A/T基元出现频率最高,其次为AG/CT。结论马蹄香EST中SSR出现的频率较高,并且类型较为丰富。
- 李珊周天华赵桂仿朱云国杨晓伶程舟
- 关键词：表达序列标签EST-SSR
