国家重点基础研究发展计划(2011CB200902)
- 作品数：4 被引量：13H指数：2
- 相关作者：李林王钦宏王武杨海麟秦松更多>>
- 相关机构：中国科学院天津工业生物技术研究所江南大学天津农学院更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家教育部博士点基金山东省博士后创新项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 微藻(Chlorella sorokiniana)的转录组分析:油脂生物合成相关的途径解析和基因挖掘被引量：8
- 2014年
- 【目的】为了构建和改造产油微藻(Chloralla sorokiniana),需要从基因组水平解析脂肪酸、三酰甘油、淀粉等生物大分子的合成和降解途径,并分析和确定其中的重要基因。【方法】本研究选取了初始氮浓度分别为KNO3∶8g/L和KNO3∶2 g/L的培养条件培养微藻C.sorokiniana,培养至84h收集藻细胞进行Illumina Hiseq2000双端测序,利用Trinity进行de novo拼接,得到的转录本通过Nr数据库、UniProtKB/Swiss-Prot数据库、COG数据库进行功能注释及分类,通过KEGG数据库进行相关代谢途径注释。最后利用RSEM计算每个转录本的RPKM值,并对相关代谢途径中的转录本的表达差异进行了初步分析。【结果】Illumina Hiseq2000双端测序共获得49M 100 bp的raw reads,de novo拼接得到49885个转录本,其长度范围在300bp到14100bp之间,N50为1941 bp。其中26479个转录本成功注释到功能,2357个转录本注释到了EC编号,利用这些转录本注释到207条代谢途径。在此基础上构建了C.sorokiniana的脂肪酸、三酰甘油、淀粉等生物大分子的合成及降解途径。并初步确定了代谢途径中基因的上调及下调水平。【结论】通过RNA-seq分析实现了对非模式藻株C.sorokiniana的基因组解析,在此基础上构建了脂肪酸、三酰甘油、淀粉的生物合成和降解途径及重要基因,所构建的代谢途径与模式藻株莱氏衣藻是一致的,并比较了相关途径中的基因的表达差异,这些信息有助于将来对微藻进行遗传改造提高其产油能力。
- 李林王钦宏杨海麟王武
- 关键词：微藻CHLORELLA三酰甘油RNA-SEQ
- 发酵条件对蛋白核小球藻脂肪含量的影响被引量：2
- 2012年
- 利用单因素和正交试验法研究了蛋白核小球藻(Chlorella pyrenoidosa FACHB-29)培养基中的碳源、氮源、碳氮比、pH、温度等对其生物量和脂肪含量的影响。首先用单因素方法对5个相关影响因素的效应进行了评价,并筛选出了对生物量生长和脂肪含量有显著影响的3个因素:葡萄糖浓度、硝酸铵浓度和pH;再用正交试验法确定了生物量生长的最佳条件为:葡萄糖浓度为2%,pH'值为7.5,硝酸铵浓度为0.016%。最终,发酵液中的藻体含量可达到5.6 g/L,脂肪含量可达到1.46g/L。
- 王步江樊秀花周娜
- 关键词：小球藻发酵条件脂肪生物柴油
- 三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum)通用转化载体的构建被引量：2
- 2012年
- 三角褐指藻(Phaeodactylum tricornutum)是开展微藻生物柴油研究的理想材料。克隆了内源fcp基因簇的多个调控序列(启动子、终止子),构建了包括fcpB启动子-bar基因-fcpA终止子、以及fcpA启动子-多克隆位点(MCS)-fcpA终止子两个表达盒的通用转化载体pfcpA-MCS/fcpB-Bar,其特征是以bar基因作为选择标记,MCS区方便插入一至多个目的基因。新载体可用于三角褐指藻的重组蛋白表达、或油脂代谢相关基因的功能验证和代谢调控研究。
- 郑国庭姜鹏秦松严小军
- 关键词：BAR基因三角褐指藻
- 系统代谢工程在微生物定向进化中的应用被引量：1
- 2015年
- 系统生物学的迅速发展使人们能够从整体水平上理解细胞的生理生化特性并调控其代谢.系统代谢工程的主要应用之一是以系统生物学为基础对微生物进行定向进化,以期增强细胞对环境胁迫的耐受性,提高目标产品的产量.前者多采用全局转录机制工程和逆代谢工程的方法;后者主要通过设计并导入最优化路径,重构代谢网络及基因的模拟敲除和湿法验证等策略实现.本文综述了利用系统代谢工程解决细胞生物工程几个主要问题的技术及其应用进展.
- 王献举吕静傅鹏程
- 关键词：代谢网络
