重庆市自然科学基金(2009BB1311)
- 作品数：1 被引量：1H指数：1
- 相关作者：韩学智洪棋斌彭祝春马喜军龚桂芝更多>>
- 相关机构：中国农业科学院柑桔研究所西南大学更多>>
- 发文基金：重庆市自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 柑桔BES-SSR标记开发及连锁图延伸和加密被引量：1
- 2012年
- 为了系统性地开发和拓展柑桔SSR标记,通过对公布的柑桔BAC文库末端序列(BAC-End sequence,BES)进行SSR分析,选择1500个SSR位点设计合成并检测323对引物。结果表明:(1)从总长度为28.1 Mb的46 339条序列中共检测出22 403个SSR位点,约每2条序列就会出现一个SSR位点,发生频率为48%,相当于平均1.25kb的序列中就会出现1个SSR,频率约为柑桔EST的2倍,且不同核心重复序列的SSR发生特点与EST也不同。(2)所合成的323对引物中,有效扩增316对,扩增率约98%,173对表现多态性,总多态性比率约55%,多态性引物中单核苷酸重复类型15对,双核苷酸重复类型100对,三核苷酸及以上重复类型58对,表明柑桔BES中具有较为丰富的多态性SSR标记。(3)结合已发表的遗传作图数据,对总计349个多态性位点进行遗传连锁分析,获得的新遗传连锁图谱共含有9个连锁群、334个SSR标记、总长844.2cM、平均图距2.53cM,延长和加密了先前的图谱。该研究开发的新SSR标记为开展柑桔遗传鉴定分析和遗传图谱构建提供了新的标记来源,加密的遗传图谱为柑桔的基因定位、图位克隆和标记辅助育种等奠定了基础,SSR分析结果也为其他物种SSR标记的开发提供了参考。
- 马喜军龚桂芝彭祝春韩学智洪棋斌
- 关键词：柑桔分子标记SSR
