国家自然科学基金(60372040)
- 作品数：4 被引量：29H指数：3
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- 曙光4000H生物信息处理专用计算机的高性能算法研究被引量：5
- 2005年
- 曙光4000H生物信息处理专用计算机基于现代计算机体系结构和可重构计算器件,分别通过IO延迟隐藏、细粒度并行以及并行流水等技巧优化设计了BLAST、动态规划、RNA二级结构预测等有代表性的3类算法,并开发C模拟器进行了性能评价,结果表明,上述算法大幅度提高了计算机处理能力.
- 冯圣中谭光明徐琳孙凝晖徐志伟
- 关键词：可重构计算生物信息学
- 基于曙光4000A的BLAST并行算法被引量：4
- 2006年
- 对BLAST启发式算法的实现做了优化:引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表,实现了I/O延迟掩藏,提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存消耗。优化的算法有利于并行化的实现:在并行系统中,将库文件广播到各个计算节点,由节点在局部分别建立哈希表。然后将查询文件分割发送到各个计算节点并行比对,计算结果可以在节点直接输出,不需要主结点收集,减少了通信开销。
- 谭光明徐琳周幼英冯圣中孙凝晖
- 关键词：BLAST批处理集群曙光4000A
- 基于SSE2的Smith-Waterman算法被引量：3
- 2006年
- Smith-Waterman动态规划算法是生物信息学使用最广泛的序列匹配算法,由于存在严重的数据依赖关系,该算法的细粒度数据并行性开发受到了很大限制。文章从简化数据依赖关系出发,采用前驱计算思想,提出了基于X86处理器多媒体指令集SSE2的Smith-Waterman细粒度并行算法SWSSE2,在相似性显著的情况下比普通的SW算法性能提高5倍,且与测试集无关。一般相似性不显著的情形下,同目前最好的动态规划细粒度并行算法SWMMX相比可以获得1.5倍的加速比。
- 戴正华张庆丹徐琳谭光明冯圣中
- 关键词：SIMDSSE2
- 基于GPU的串匹配算法研究被引量：18
- 2006年
- BF算法是串匹配算法中最基础的算法,但它是串行算法,不适合图形处理器(GraphicProcessing Unit,GPU)的体系结构。结合GPU的特殊体系结构,通过数据存取方式和计算策略的改进,充分利用了GPU的并行处理能力,从而基于GPU实现了BF算法。实验结果表明基于GPU的并行算法能够取得较好的加速比,同时也给出了在现有GPU架构上有效实现通用计算的瓶颈。
- 张庆丹戴正华冯圣中孙凝晖
- 关键词：图形处理器串匹配
