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选择和变异算子的作用分析被引量：18: 2000年; 文中在连续空间统一的随机过程框架下 ,分析了遗传算法群体的概率密度序列的演化过程 ,给出并证明了群体概率密度的递归公式 .分析了标准遗传算法中选择算子和变异算子的基本性质 .导出了选择和变异条件下平均适应度单调递增并收敛到全局最优解的条件 .这些结论在一定程度上为实现自适应调节变异算子的概率。; 霍红卫许进保铮; 关键词：遗传算法选择算子变异算子

(l,d)-模体识别问题的遗传优化算法被引量：6: 2012年; 转录因子结合位点识别在基因表达调控过程中起着重要的作用.文中提出了一种贝叶斯模型驱动的模体识别的遗传优化算法GOBMD(Genetic Optimization with Bayesian Model for Motif Discovery).GOBMD首先使用一个基于位置加权散列的投影过程,将输入序列中的l-mers投影到k维(k; 霍红卫郭丹丹于强张懿璞牛伟; 关键词：模体识别遗传算法贝叶斯模型散列

DNA序列中基于适应性后缀树的重复体识别算法被引量：4: 2010年; 现有的在DNA序列中识别重复体的算法多数是基于比对的,对识别速度和吞吐量有很大的限制.针对这个问题文中根据一个平衡重复体的长度和频率的定义,提出了一种基于Ukkonen后缀树的快速识别重复体的RepSeeker算法.算法采用最低限制频率,最大程度地扩展了重复体的长度,同时为了进一步地提高RepSeeker算法的效率,对Ukkonen的后缀树构造算法进行了适应性改进,在构造时加入RepSeeker算法所需的结点信息并将叶子结点和分支结点加以区分,从而使得RepSeeker算法能通过直接读取结点信息来求得子串频率和子串位置.这种改进较大地提高了RepSeeker算法的性能,而且空间开销不大.实验中使用了NCBI中的9条典型DNA序列作为测试数据,并对后缀树改进前后的重复体识别算法做了比较分析.结果表明,RepSeeker在没有损失精度的情况下缩短了算法的运行时间.实验结果与理论上的分析一致.; 霍红卫王小武

一种具有精确边界的重复体识别算法被引量：1: 2008年; 当前大部分重复体识别算法不是依靠于已经标识的重复体数据库就是定义重复体为两个最大长度的相似序列,而没有一个严格的定义来平衡重复体的长度和频率.针对这些问题文中提出了一种基于局部序列比对算法BLAST变型且支持空位的快速识别重复体的RepeatSearcher算法.算法通过定义重复体的精确边界运用逐步扩展调和序列来识别重复体.算法使用C.briggsae基因组序列作为测试对象,并与当前通用的重复体识别算法RECON以及新近的识别算法RepeatScout做了比较分析.结果表明RepeatSearcher使每一条重复体序列具有了精确的边界,而且相对其它算法在没有损失精度的情况下,缩短了算法的运行时间.; 霍红卫白帆; 关键词：BLAST

解Job-Scheduling调度问题的一种遗传算法被引量：3: 2000年; 带有截止期的作业调度问题是企业管理、操作系统中重要而又基本的问题之一。利用遗传算法解决了操作系统中单机、无资源约束 ,且每个作业可在等量时间内完成的作业调度问题。在系统地讨论了带有截止期的作业调度有关理论的基础上 ,设计并实现了该问题的一种新型算法———基因型算法。最后给出了算法的一些运行结果。实验仿真结果表明 ,该算法具有很强的鲁棒性。; 霍红卫许进保铮; 关键词：遗传算法作业调度操作系统

一组提高存储效率的深度包检测算法被引量：14: 2011年; 随着深度包检测规则数目的剧烈增长,为了适应网络处理的需求,必须对表示正则表达式的DFA(deterministic finite automata,确定的有限自动机)进行高效的存储.一方面,对DFA的状态点数目进行压缩,提出了一种复合的FSM(有限自动机)的构造方法,通过对正则表达转化成DFA的状态点数目复杂度的分析,将不同复杂度的正则表达式采用不同的方式构建DFA,使得所有平方级和指数级复杂度的状态点数目降低到了线性级.另一方面,对DFA的状态转移数目进行压缩,给出了一种高效的压缩算法,即WD2FA(weighted delayed input DFA,带权延迟DFA)算法,对于任意复杂度的正则表达式都可以将状态转移数目压缩为原来的5%左右,相对于D2FA(delayed input DFA,延迟的DFA)有更好的压缩能力,并且使得D2FA是WD2FA在权值为0情况下的特例.实验结果表明,有限自动机的状态点数目能够控制在线性级,并且在状态点压缩的基础上将状态转移数目压缩为原来的7%.; 于强霍红卫; 关键词：深度包检测正则表达式多模式匹配 INPUT DELAYED

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国家自然科学基金(69601003)