国家自然科学基金(81071391)
- 作品数：4 被引量：9H指数：2
- 相关作者：张驰宇李佩璐徐庆刚陈倩倩姚能更多>>
- 相关机构：江苏大学中国科学院上海巴斯德研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 罗氏HIV-1定量检测引物SK145和SKCC1B的评估及优化
- 2014年
- 目的:评估罗氏HIV-1检测系统中引物SK145和SKCC1B对不同亚型HIV-1病毒定量检测的广谱性及准确性,并在此基础上对该引物进行优化。方法:下载并分析5个主要HIV-1流行亚型(B、C、A、01_AE、D)在引物SK145和SKCC1B扩增区段的对应序列,从各亚型筛选出所占比例最高的5条序列构建定量标准品。用梯度稀释的HIV-1各亚型标准品来评估引物SK145和SKCC1B的扩增效率。为改善引物SK145和SKCC1B对HIV-1不同亚型扩增的准确性和广谱性,我们重新设计了一对简并引物并分析其对不同亚型病毒的扩增效果。结果:引物SK145、SKCC1B对于B亚型病毒的扩增效果最好,而对非B亚型病毒的扩增效果并不理想,简并引物能显著改善对各亚型HIV-1病毒扩增的效果。结论:罗氏引物SK145和SKCC1B不适用于非B亚型HIV-1病毒载量的定量检测,而优化设计的简并引物能改善对各亚型HIV-1病毒的扩增效率,因而可用于中国等HIV-1多亚型共流行国家的HIV-1病毒载量检测。
- 樊路娟张春霞徐庆刚张驰宇
- 关键词：人类免疫缺陷病毒1型实时荧光定量PCR
- 亚洲主要流行HIV-1 Gp120及其5个高变区多态性分析被引量：3
- 2013年
- HIV-1 Gp120及其5个高变区的多态性是HIV-1能够逃逸宿主免疫反应和耐药性的主要原因。下载了现有数据库中记载的包括B'、C、CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC 5种亚洲主要流行亚型和重组型的所有Gp120及其5个高变区序列,分析了HIV-1 Gp120及其5个高变区序列的长度多态性,糖基化位点数以及序列特征。结果显示,绝大部分的HIV-1 Gp120序列长度为496～515个氨基酸之间,这提示Gp120长度为496～515个氨基酸的HIV-1毒株可能是疫苗研究的理想毒株。比较5个高变区,V3区表现出了最低的长度多态性,几乎没有糖基化位点,表明受到较强的功能限制。不同亚型和重组型的V3区一致序列比较发现,所有的HIV-1亚型均表现为R5型。这提示阻断HIV-1病毒结合CCR5受体是治疗艾滋病的有效途径,R5型毒株可以作为艾滋病疫苗研究的理想毒株。另外,V1和V4区展现了很高的长度多态性,糖基化位点也较多;而V2和V5区的长度多态性和糖基化位点都较低。这些结果表明降低这4个高变区的多态性和糖基化位点数目可能解决HIV-1病毒对疫苗的逃逸,从而研究出真正有效的疫苗。
- 董万强姚能徐庆刚
- 关键词：HIV-1GP120高变区长度多态性
- HIV-1重组机制被引量：2
- 2013年
- 人类免疫缺陷病毒(HIV)属于逆转录病毒,包含2个正链的RNA基因组。其复制过程需要逆转录酶发生模板转换,这样极容易导致重组。重组是导致HIV多样性的重要原因,给病毒的诊断、治疗以及疫苗研发带来巨大困难。本文综述了HIV-1重组的条件、机制、特性以及重组对于HIV-1防控和疫苗研究的影响。
- 姚瑾李佩璐张驰宇
- 关键词：逆转录病毒HIV-1
- 髓系单核细胞来源的HIV-1限制性因子——SAMHD1被引量：4
- 2012年
- 天然抗病毒限制因子是HIV-1研究最热点的领域。继APOBEC3G、Trim5α、Tetherin被发现之后,SAMHD1于2011年被发现为新的抗HIV-1限制因子。它主要在髓系来源的单核细胞中表达,如巨噬细胞和树突状细胞。该文对SAMHD1的结构、抗病毒机制、与Vpx的相互作用以及进化等方面的研究进行了综述。SAMHD1的发现为深入研究SAMHD1在慢病毒致病机理中作用打开了一扇门。
- 李佩璐陈倩倩张驰宇
- 关键词：HIV-1VPX
