国家自然科学基金(10775157)
- 作品数：3 被引量：3H指数：1
- 相关作者：杨孔庆闫雪松齐新林平杨磊更多>>
- 相关机构：中国科学院近代物理研究所中国科学院研究生院兰州大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院“百人计划”国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：理学一般工业技术金属学及工艺生物学更多>>
- 数据来源对蛋白质相互作用网络度分布的影响被引量：1
- 2010年
- 蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)是生命体结构和生命活动的基础和特征,控制着生命活动的各个过程.PPI网络是研究蛋白质相互作用的有效手段.随着高通量实验技术的发展,越来越多的PPI数据得以使用,收录蛋白质相互作用的数据库数据每年都有变化.本文对DIP数据库从2003年到2008年的PPI网络数据分别计算度分布.为提高可信度,对注释蛋白质数据库交集进行抽样,分别探讨对不同年份的数据和注释数据库抽样对PPI网络度分布的影响.结果表明,从2003年到2008年的数据增长对PPI网络度分布没有明显影响,而且拟合度分布最优的函数并不是以往所认为的幂率分布(power-law),而是广延指数(stretched exponential)函数,数据库交集抽样同样得到广延指数(stretched exponential)函数分布最优且可信度的高低并不影响PPI网络的度分布.
- 齐记邴志桐杨孔庆
- 关键词：蛋白质-蛋白质相互作用度分布
- 分子动力学模拟Au-Pd和Ag-Pt合金的热学和力学性质被引量：2
- 2011年
- 利用Finnis-Sinclair势,对金属Au、Pd、Ag、Pt和合金Au3Pd、AuPd3、Ag3Pt、AgPt3的热学和力学性质进行了分子动力学模拟。首次计算了不同温度下合金的晶格常数、结合能和弹性常数,并预测了它们的熔点。通过比较发现,Au3Pd、AuPd3和Ag3Pt这3种合金的晶格常数、结合能和弹性常数介于其组分金属之间,而AgPt3的剪切模量和熔点高于其组分Ag和Pt。
- 闫雪松齐新林平杨磊
- 关键词：分子动力学热学性质力学性质
- 嵌入晶格的地理网络的逾渗
- 2008年
- 研究了地理结构对复杂网络逾渗阈值的影响,提出了一个空化网络模型,并做了相应的数值计算。发现当地理约束很弱时,地理网络一般是空间上很稀疏地连接,此时,即使网络拥有抽象的拓扑结构(度分布),网络的逾渗也比网络被密集连接时容易,也就是说,稀疏连接的地理网络的鲁棒性更高。基于这些研究结果,对一些真实网络中的基本现象给出了解释。此外,基于真实网络建设的最小消耗原则,提出了一些建设性的建议。嵌入晶格的网络模型虽然在大多数情况下并不是网络产生的真实模型(比如BA模型),但当网络结构随时间的变化可以忽略时,它也可以很好地研究复杂网络上的动力学问题。
- 侯世中龚白桦黄亮杨孔庆
- 关键词：复杂网络逾渗阈值
