国家自然科学基金(30771664)
- 作品数：2 被引量：14H指数：2
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- 相关机构：中国科学院中国科学院研究生院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国科学院知识创新工程重要方向项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 草鱼Ⅰ型微卫星标记的发掘及其多态性检测被引量：11
- 2011年
- 表达序列标签(EST)是发掘Ⅰ型微卫星标记的重要资源。研究运用生物信息学方法,从草鱼头肾组织3027条EST序列中搜索到322个微卫星位点,占整个EST数据库的10.6%。其中,二核苷酸重复位点151个(46.9%),三核苷酸重复位点137个(42.5%),四、五、六核苷酸重复位点较少;在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的50.3%,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的40.4%,AT和GC重复较少。10个微卫星位点的多态性检测结果显示,4个位点在草鱼测试群体中呈多态性,多态性位点的平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合度(H)分别为0.5236和0.5441,其中,2个多态性位点的PIC值大于0.5,呈现高度多态性特征。Ⅰ型微卫星标记将为草鱼遗传连锁图谱构建和QTL分析提供有效的基因分子标记。
- 李偲刘航黄容李华英石米娟廖兰杰朱作言汪亚平
- 关键词：草鱼微卫星标记多态信息含量
- 草鱼(AG)微卫星标记克隆及特征分析被引量：3
- 2012年
- 报道了一种简便高效克隆微卫星序列的方法。这一方法的实施步骤包括小片段基因组文库构建、三螺旋捕获、磁珠分离和PCR扫描。草鱼AG重复文库的冗余率为7.2%,富集效率为60.25倍,PCR扫描的准确率达100%,采用这一方法克隆到的AG重复序列中完美型、非完美型和混合型的比例分别为66.87%、17.17%和15.96%,不间断重复序列长度大于30 bp的微卫星座位占51%。34个微卫星座位中有25个表现出多态性,PIC值0.50—0.91,进一步分析表明AG重复序列的多态信息含量(PIC)与不间断重复序列长度相关,不间断重复序列长度大于30 bp的座位表现出丰富的多态性。较高的富集率和有效引物获得率证明此方法在分离草鱼微卫星中的成功应用,并将为草鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。
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- 关键词：微卫星
