中国博士后科学基金(20090461260)
- 作品数：1 被引量：7H指数：1
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- 发文基金：中国博士后科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 可可全基因组SSR标记的开发及分析被引量：7
- 2013年
- SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术,在可可基因组的研究中发挥了重要的作用。本研究运用生物信息学的方法,对可可全基因组进行了扫描,共得到10,4653个SSR区段。对这些SSR区段进行分析,发现含有碱基数目不同的重复单元之间具有较大的差异:含有七核苷酸的重复单元最多,为70,414个,占所有重复单元总数的67.3%;其次为二核苷酸重复单元,为23,272个,占总数的22.2%。在各类SSR单元中,不同核苷酸重复单元出现的频率有明显的差异,其中富含A/T重复单元的SSR单元数目最多,占总数的67%;而C/G重复单元的SSR单元数目较少,约占总数的0.02%。利用SSR单元的位点信息,设计出了65,861对引物,并在可可基因组中进行了电子PCR扩增验证,结果显示100%的引物均能扩增出产物条带。在可可基因组中大规模开发的SSR标记,将为可可的进化、分类和遗传多样性研究提供参考。
- 曹恒春王毅黄莉莎王玉军于元杰杨龙
- 关键词：基因组SSR标记
