广州市重大科技攻关项目(01-Z-005-01)
- 作品数：7 被引量：20H指数：3
- 相关作者：马文丽孙朝晖郑文岭张宝危敏更多>>
- 相关机构：南方医科大学广州军区广州总医院华南基因组研究中心更多>>
- 发文基金：广州市重大科技攻关项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 人乳头瘤病毒芯片寡核苷酸探针的研究
- 2006年
- 高危型人乳头瘤病毒(Humanpapillomavirus,HPV)是宫颈癌的主要致病因子。利用Arraydesigner2·0和BLAST等生物学软件对10种型别的人乳头瘤病毒全基因组序列进行分析,设计高特异性、熔解温度(Tm)和GC含量相近的60merHPV型特异性寡核苷酸探针,用于HPV检测芯片的制备,并对其中四型最常见HPV病毒(HPV6,11,16,18探针的有效性进行初步验证,结果表明设计所得的探针型特异性好,可以应用于HPV的检测与分型。
- 危敏马文丽李凌张宝郑文岭
- 关键词：人乳头瘤病毒寡核苷酸芯片
- 人乳头瘤病毒分型长链寡核苷酸芯片的制备被引量：4
- 2006年
- 目的制备用于人乳头瘤病毒(HPV)初步检测和分型的长链寡核苷酸基因芯片。方法对4型HPV(6,11,16,18)全基因组序列进行分析,设计特异性高、熔解温度(Tm)和GC含量相近的HPV型特异性长链寡核苷酸探针,点样制备成寡核苷酸基因芯片,利用限制性显示技术对HPV样品进行荧光标记,并将标记好的样品与芯片杂交,以了解寡核苷酸基因芯片在HPV病毒检测和分型中的作用。结果荧光标记的HPV样品与多个型特异性HPV探针杂交有明显的荧光信号,可以根据杂交结果进行初步的分型检测。结论采用设计合理的60mer寡核苷酸基因芯片可以从基因水平实现对HPV的检测和分型。
- 危敏马文丽张宝李凌孙朝晖郑文岭
- 关键词：寡核苷酸序列分析
- DNA芯片技术检测乙型肝炎病毒及丁型肝炎病毒的初步研究被引量：11
- 2004年
- 现分别针对乙型肝炎病毒(HBV)、丁型肝炎病毒(HDV)基因保守区域设计多对聚合酶链反应(PCR)引物,打印制备成芯片,并用限制性显示(RD)技术标记样品,探索此方法制备基因芯片的可行性.
- 孙朝晖郑文岭张宝石嵘马文丽
- 关键词：丁型肝炎病毒乙型肝炎病毒DNA芯片技术HBV基因芯片
- cDNA文库法在HCV-1b检测芯片研制中的应用性研究
- 制备丙型肝炎病毒（HCV）1b亚型诊断芯片并进行初步验证评价。采用cDNA文库法制各探针,用限制性内切酶Sau3A Ⅰ消化HCV-1b全长cDNA,所得的酶切片段72℃补平加A,AT克隆,PCR初步鉴定,并测序。将筛选出...
- 孙朝晖郑文岭张卫云徐德兴
- 关键词：丙型肝炎病毒分子克隆基因芯片
- 文献传递
- 应用cDNA文库法制备HCV-1诊断芯片探针被引量：1
- 2004年
- 目的 探讨利用cDNA文库法制备丙型肝炎 (HCV -1)诊断基因芯片探针的可行性。方法 用限制性内切酶Sau3AⅠ消化HCV 1a及 1b全长cDNA ,所得的酶切片段 72℃补平加A ,AT克隆 ,PCR初步鉴定 ,并测序。结果 HCV两个亚型 1a、1b的全长cDNA得到 5 7个大小相对一致 ( 2 0 0 -10 0 0bp)的片段 ,平均每个亚型约 2 8个 ,PCR及序列分析表明 ,所扩增的片段均属于HCV -1的特异基因 ,可做为HCV -1诊断基因芯片探针。结论 利用cDNA文库法收集片段是一种快速。
- 孙朝晖郑文岭彭翼飞张宝马文丽
- 关键词：丙型肝炎分子克隆
- HCV基因分型检测Oligo芯片的制备
- 2007年
- 目的研制丙型肝炎病毒(HCV)基因分型寡核苷酸(Oligo)芯片并进行杂交验证。方法分别对BLAST检索所得的HCV 4个亚型型特异序列逐一进行分析,设计长度均一的60mer Oligo探针,用芯片点样仪将设计好的探针打印到玻片上制备成基因芯片。结果杂交结果显示,Oligo芯片检测HCV各基因亚型的效果较佳。结论制备的长链Oligo分型芯片检测敏感性、特异性均为满意,为下一步集合更多种肝炎病毒的联合检测与分型打下基础。
- 孙朝晖马文丽王蜀燕石玉玲李林海张卫云
- 关键词：寡核苷酸基因芯片杂交
- 肝炎诊断芯片60-mer长链寡核苷酸探针的设计研究
- 2007年
- 目的:通过生物信息学软件对易引起慢性肝炎的三种肝炎病毒基因组结构进行分析,设计肝炎病毒诊断分型芯片的寡核苷酸(O ligo)探针。方法:利用BLAST软件对乙型肝炎病毒(HBV)、丁型肝炎病毒(HDV)、丙型肝炎病毒(HCV)6个亚型的DNA及cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物信息学软件Array designer 3.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果:获得156条60-m er探针,用于打印成DNA芯片,进行HBV、HDV的联合检测和HCV的基因分型。结论:利用BLAST检索系统和生物学软件Array desig-ner 3.0设计肝炎病毒诊断分型芯片的探针,是一种简便可行、有效的方法。
- 孙朝晖马文丽危敏王蜀燕郑文岭
- 关键词：肝炎病毒肝炎病毒丁型肝炎病毒丙型寡核苷酸探针计算生物学
- siRNA抑制HPV18E6基因及其对HeLa细胞凋亡的影响被引量：4
- 2006年
- 目的研究特异小干扰RNA(sm all interfering RNA,siRNA)对宫颈癌HeLa细胞中人乳头瘤病毒(hum an pap-illom avirus,HPV)18型E6基因的抑制及其对细胞凋亡的影响。方法针对HPV18E6基因设计siRNA序列,经PCR方法体外扩增,得到含有U6启动子以及siRNA序列的PCR产物,利用L ipofectam ineTM2000脂质体转染HeLa细胞,在U6启动子的作用下于细胞内转录siRNA。针对转染后不同时间点采用四唑盐(MTT)比色法测定细胞活力,流式细胞仪PI染色法检测细胞凋亡率,RT-PCR测定HPV18E6 mRNA变化。结果转染siRNA后细胞活力受到显著抑制(P<0.05),光镜下出现明显的凋亡形态,72 h的凋亡率达到55.8%。RT-PCR结果显示,细胞转染24、48和72 h后HPV18E6 mRNA分别减少了57%、78%和40%,而siRNA阴性对照与未转染细胞相比差异不显著。结论siRNA可特异有效的干扰宫颈癌HeLa细胞内HPV18E6基因的表达,从而可诱导肿瘤细胞凋亡。
- 危敏马文丽张宝孙朝晖郑文岭
- 关键词：SIRNAHELA细胞HPV18E6基因凋亡
