国家自然科学基金(30500376)
- 作品数：2 被引量：10H指数：2
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- 相关机构：中国水产科学研究院南海水产研究所更多>>
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- 相关领域：生物学更多>>
- 黄鳍鲷基因组微卫星的分离被引量：5
- 2007年
- 采用磁珠富集法构建黄鳍鲷（Acnnthopagrus latus Houttuyn）基因组微卫星富集文库。共挑选60个克隆进行测序，分析发现58个克隆分别含（GA）n或（CA）n两碱基重复单元。进一步通过序列比对，最终获得41个具有特异微卫星序列的阳性克隆。其中，23个克隆含有（GA）n或（CT）n两碱基重复序列，17个克隆含有（GT）。或（CA）n重复序列，另1个含有以上两种重复类型。获得的微卫星序列中，单一型及间断型序列各有20条，另有1条属于复合型序列。序列长度为117～512bp,平均259bp。微卫星核心序列两碱基重复5到38次，绝大多数序列重复次数大于10。基于微卫星两端的侧翼序列设计并获得了3对能够在黄鳍鲷基因组有效扩增的微卫星引物。本研究旨为进一步开展黄鳍鲷分子育种及资源评价分析提供基础资料。
- 夏军红朱彩艳苏天凤江世贵
- 关键词：黄鳍鲷基因组微卫星
- 应用细胞色素b序列对鲷科鱼类进行种类鉴定的可行性研究被引量：5
- 2007年
- 从NCBI分子生物学数据库下载鲷科鱼类10属12种共24条Cytb序列,通过序列比对最终获得1070bp的共有序列。其中,共检测到675个单态位点,393个变异位点,2个未知位点,没有检测到插入缺失。每个种具有的种特征性位点数为4到24个不等,平均约为12.42个。种间遗传距离分布范围为0.105±0.010(SE)到0.220±0.017(SE),均值为0.180±0.0231(SD),而种内遗传距离要小于或等于0.018±0.004(SE),均值为0.007±0.006(SD),因此,种间遗传距离要远远大于种内遗传距离。系统发育分析发现,来源于同一种内的2条序列都被聚为一个类群。以上分析显示不同鲷科种类能够通过Cytb序列较好的进行区分,据此提出,当2个鲷科鱼类个体基于以上Cytb序列计算得到的遗传距离如小于0.018时可以初步判断属于同一种,大于0.105则为不同种。研究为鲷科鱼类的分子种类鉴定提供了部分基础资料。
- 夏军红
- 关键词：鲷科细胞色素B
