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稀杯盔形珊瑚转录组分析被引量：2: 2015年; 以高通量测序技术Illumina Hi SeqTM2000对稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)进行转录组测序分析,共获得50 360 620条短序列(reads)。利用Trinity软件对所有reads从头组装后得到81 014条单基因簇(Unigenes),60 471条(74.58%)编码蛋白框(Coding Sequences,CDs)。与Nr(Non-redundant,非冗余)、COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins,蛋白相邻类的聚簇)、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)、Swissprot四大数据库比对共获得36 545条注释基因。其中与COG数据库比对获得14 491条注释基因,分为24个功能类别,其中参与一般功能预测类的Unigene数最多,有4 642条;KEGG分析比对获得16 021条注释基因,分成241类,包括代谢通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路等,在所有通路中参与代谢途径的基因数最多,共有2 450条(15.29%);GO(Gene Ontology,基因本体)功能分类将Unigene分为47个类别。; 刘金豆刘丽黄元佳; 关键词：转录组 UNIGENE 信号通路

运用线粒体COⅠ基因分析8种石珊瑚系统发育关系被引量：4: 2012年; 通过COⅠ基因特异扩增测序,对徐闻地区的8种石珊瑚COⅠ基因片段序列进行了比较分析。结果表明,该片段的平均G+C含量为41.60%。其中,第1密码子位点的含量最高(42.26%～44.05%,平均为43.45%);转换和颠换多发生在第3密码子位点,比例高达70.30%和72.70%。采用临位连接(NJ)、最小进化(ME)和最大似然(ML)法对本研究中徐闻的8种及引自GenBank的20种石珊瑚COⅠ基因片段构建了系统发育树。结果显示,分子系统分类与传统分类略有差异,暗示珊瑚表型可塑性可能对传统分类存在影响。; 李晓娜刘丽刘楚吾; 关键词：石珊瑚

徐闻珊瑚礁的研究现状与前景展望被引量：7: 2011年; 珊瑚礁生态系统是地球上最复杂、生物种类最丰富,与陆地的热带雨林齐名的海洋生物物种资源宝库,对维持生物多样性和资源生产力具有特殊价值。全世界珊瑚虫纲物种多达6 100多种[1],我国从台湾岛开始,直到南海一带均有珊瑚分布,; 廖宝林刘丽刘楚吾; 关键词：珊瑚礁

澄黄滨珊瑚、大管孔珊瑚和丛生盔形珊瑚排卵前后小穗生长特征被引量：1: 2015年; 澄黄滨珊瑚、大管孔珊瑚和丛生盔形珊瑚排卵前后分别采集珊瑚小穗,在实验室条件下进行为期60 d的养殖,观察其生长特性,结果表明:3种珊瑚排卵前后骨骼密度变化在1.541—2.137 g/cm3之间,差异不显著。3种珊瑚小穗的生长率表现出相对一致的变化趋势,同一规格珊瑚小穗排卵前期生长率明显高于排卵后期;同一时期大规格珊瑚小穗生长率明显高于小规格珊瑚小穗,而且养殖中后期生长较快,养殖前期生长较慢,差异显著(P<0.05)。澄黄滨珊瑚小穗边缘组织延伸度排卵后期大于排卵前期,大管孔珊瑚小穗边缘组织延伸度排卵前期大于排卵后期,以上两种珊瑚的小规格珊瑚小穗与大规格珊瑚小穗组织延伸度相当。随着养殖时间的持续,丛生盔形珊瑚小穗螅体增殖速率加快,各养殖阶段螅体数差异显著(P<0.05),珊瑚小穗规格和养殖季节对其小穗螅体增殖数量没有显著影响。3种珊瑚小穗生长指标间多呈显著正相关,仅大管孔珊瑚小穗初始直径、初始重量与组织延伸度间,以及丛生盔形珊瑚小穗初始重量与初始螅体数量、生长率间相关性不明显。; 申玉春杨小东刘丽金磊; 关键词：生长率排卵期

徐闻角孔珊瑚系统发育关系被引量：2: 2011年; 本文以徐闻4种角孔珊瑚为研究对象,研究了其ITS基因各区段的长度,碱基组成及(G+C)含量,计算了4种角孔珊瑚间的遗传距离并构建了其系统发育树。结果显示,4种角孔珊瑚的ITS基因长度在592～599bp之间,4种角孔珊瑚ITS区的(G+C)平均含量在48.5%,二异角孔珊瑚的ITS基因各个区段的(G+C)的含量与其他3种珊瑚差异较大,ITS1为47.1%,ITS2为49.2%。碱基组成分析结果显示4种角孔珊瑚的ITS区在碱基使用上没有偏向性。二异角孔珊瑚与其他三种角孔珊瑚的遗传距离分别为0.235、0.242、和0.235,远远高于平均遗传距离0.123,UPGMA聚类分析也显示二异角孔珊瑚在进化树上成为单独的一支。; 刘丽李文娟刘楚吾廖宝林; 关键词：ITS基因系统发生关系

珊瑚白化及温度相关基因的研究进展被引量：2: 2018年; 近年来,由于海洋酸化、海洋污染、海洋表面温度升高以及人类活动的影响,珊瑚礁遭受到了严重的白化袭击,导致珊瑚礁处于退化状态。相关功能基因在珊瑚白化过程中可能起到增强珊瑚的抗逆性和恢复能力等作用,探讨这些基因在珊瑚白化过程中的表达变化及调控作用也已经成为了当今的研究热点,通过分析其生理调控作用,可以深入了解珊瑚白化机制与恢复机制。本综述总结了珊瑚白化与温度的关系和珊瑚温度相关基因的研究进展,并重点介绍了细胞响应机制中的细胞免疫相关基因、细胞生长调控基因、钙离子相关基因、核酸稳定与修复相关基因以及其它重要基因的研究。; 袁吉贵刘丽张艳苹; 关键词：高温胁迫

稀杯盔形珊瑚铜锌超氧化物歧化酶基因全长cDNA序列的克隆与分析被引量：1: 2015年; 利用反转录PCR和RACE法获得稀杯盔形珊瑚Galaxea astreata的铜锌超氧化物歧化酶(copper-zinc superoxide dismutase,Cu Zn SOD)基因c DNA全序列,大小为730 bp。5′非编译区(5′-UTR)为111 bp,3′-UTR为188 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)长度为471bp,编码156个氨基酸。编码的目的氨基酸序列中含有两个Cu Zn SOD蛋白家族信号,Cu2+分别与His49、His51、His66和His123配位,Zn2+则与His66、His74、His83和Asp86配位,Cys60和Cys149之间形成唯一的链内二硫键。Signal P 3.0 Server预测并未发现信号肽,TMHMM Server v.2.0预测不存在跨膜结构,PSORT II Prediction预测位于细胞质的可能性为56.5%,推测可能是胞内Cu Zn SOD。本研究结果为进一步揭示造礁石珊瑚的抗氧化分子机制奠定了基础。; 范程辉刘丽沈城郭昱嵩; 关键词：铜锌超氧化物歧化酶基因克隆

广东雷州地区3种滨珊瑚系统发生关系的研究: 2013年; 对雷州常见的3种滨珊瑚科珊瑚：澄黄滨珊瑚（Porites lutea）、灰黑滨珊瑚（Porites nigrescens）、普哥滨珊瑚（Porites pukoensis），共32个样本的12S rRNA基因序列进行了PCR扩增和测序，研究其系统发生关系。结果显示，所得的3种珊瑚的12S rRNA基因长度在728～908 bp之间，G＋C含量在34.3%～39.2%之间，遗传距离在0.004~0.019之间。利用邻接（NJ）法、最大似然（ML）法和不加权对群分析（UPGMA）法构建的系统进化树显示：3种珊瑚被分成了2个支系，澄黄滨珊瑚和灰黑滨珊瑚聚合在一个分支上，而普格滨珊瑚在另一支，这一研究结果与传统形态学分类研究的结果存在一定差异。; 刘皓骆学贤周操刘丽; 关键词：滨珊瑚 RRNA 系统进化

温度胁迫及恢复初期稀杯盔形珊瑚共生虫黄藻Hsp70、Hsp90、psaA、psbA基因表达分析被引量：5: 2016年; 以SAM(S-腺苷酰-L-甲硫氨酸)基因作为内参基因,利用实时荧光定量PCR技术对稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)共生虫黄藻(Symbiodinium spp.)Hsp70、Hsp90、psa A和psb A基因在升温至32℃持续胁迫及恢复至28℃后的表达情况进行了研究。结果表明,升温至32℃时,Hsp70、Hsp90表达量无显著变化(p>0.05),随着高温胁迫的持续,Hsp70与Hsp90的表达量显著增高(p<0.01),到32℃7d时2个基因表达量达到最大值(分别为胁迫前的10.3倍和28.2倍);在随后的降温过程中,Hsp70和Hsp90的表达量显著下降(p<0.05),当温度恢复至28 5d℃时2个基因的表达量均下降至较低水平(分别为胁迫前的0.6倍和2.0倍,p<0.01),且趋于稳定。随着温度的升高,psa A的表达量略有升高(p>0.05),在31 24h℃时表达量达到最高(为胁迫前的1.2倍),随后显著下降(p<0.01);而psb A的表达量随着温度的升高显著增加(p<0.05);在31℃24h时表达量达到最高(为胁迫前的1.9倍),继续升温至32℃持续胁迫24h后才开始显著下降(p<0.01)。当温度降至28℃时,2个基因的表达量有一定程度的增加,但是仍显著低于胁迫前的表达水平(p<0.01),28℃9d时分别为胁迫前的0.27倍和0.15倍,表明热应激可能使虫黄藻的光合功能受到损伤。; 沈城刘楚吾刘丽; 关键词：虫黄藻基因表达温度胁迫

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广东省自然科学基金(S2011010000269)

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