国家自然科学基金(30600281)
- 作品数：2 被引量：5H指数：1
- 相关作者：虞朝辉李非伯晓晨李鹏彭宇行更多>>
- 相关机构：浙江大学医学院附属第一医院军事医学科学院国防科学技术大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 幽门螺杆菌感染激活人蛋白相互作用子网的构建
- 2012年
- 目的从整体水平探索幽门螺杆菌(Hp)感染后宿主的蛋白相互作用网络,挖掘其感染宿主细胞和导致宿主细胞病变的关键基因,为Hp感染的机制提供新的线索,可以为细菌-宿主联合靶向治疗提供基础。方法利用Hp感染的宿主细胞表达谱,基于激活子网算法构建了Hp感染激活子网,并对子网中的基因进行基因本体(GeneOntology,GO)分类。结果通过GO分类发现,子网中主要涉及宿主免疫反应的基因、细胞骨架相关基因和细胞增殖相关基因。结论幽门螺杆菌侵染宿主主要引发宿主的免疫反应、细菌进入宿主细胞的反应和宿主增殖与病变的反应。
- 黎宏章徐燕君陈娇娥张洪生李非伯晓晨虞朝辉
- 关键词：幽门螺杆菌基因表达谱
- 一种融合表达谱相关性信息的激活子网辨识算法被引量：5
- 2010年
- 传统表达谱数据分析方法集中于寻找差异表达基因和共表达基因集合,没有考虑基因表达产物之间已知的相互作用.近年来在系统生物学的研究中发展了将基因表达谱与蛋白质相互作用网络进行整合分析的方法.现有方法未能综合考虑基因表达差异性和相关性信息,容易导致辨识结果中重要功能分子缺失且生物学功能相关度不高.提出一种融合表达谱差异性和相关性信息的激活子网辨识算法,能够在蛋白质相互作用网络中辨识高功能相关度的激活子网.应用到人免疫缺陷病毒HIV-1感染过程的研究,结果表明,该算法可以有效避免仅考虑基因表达差异性所引入的偏差,揭示了高相关性低表达差异基因在相关通路中的关键性作用.
- 李非伯晓晨李鹏虞朝辉彭宇行王升启
- 关键词：表达谱模拟退火算法
