国家重点实验室开放基金(AML-0404)
- 作品数：2 被引量：14H指数：2
- 相关作者：陈守文须文波丁德武刘丽蔡宇杰更多>>
- 相关机构：华中农业大学江南大学池州学院更多>>
- 发文基金：国家重点实验室开放基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- Pathway Hunter Tool在代谢途径分析中的应用被引量：2
- 2008年
- 随着重建的基因组规模代谢网络越来越多,自动化的生物化学途径分析方法显得越来越重要,已经有多种基于此的途径分析工具开发出来了。其中,Pathway Hunter Tool(PHT)是主要用于分析代谢网络的最短路径、代谢物和酶负载点和瓶颈.以及计算相关统计学数据(如平均路径长度、平均节点连接度等)的工具。本文首先简介PHT,随后用它分析E.coli K-12 MG1655代谢网络中a-D-葡萄糖和丙酮酸之间的最短路径及其代谢网络的瓶颈,最后计算4种典型生物的平均路径长度、平均节点连接度以及它们代谢网络中节点连接度最高的10种代谢物。结果表明它的分析与计算快速、准确,加之其用户界面友好、便于操作,因此可以作为代谢途径分析的强有力工具。
- 丁德武丁彦蕊蔡宇杰陈守文须文波
- 关键词：代谢途径最短路径平均路径长度
- 苏云金芽胞杆菌代谢网络的重构与结构分析被引量：13
- 2008年
- 代谢网络的研究是当前的一个新热点,越来越多的证据表明对代谢网络的拓扑结构进行分析有助于理解细胞的行为和生命现象。本研究首先从KEGG数据库中获取了苏云金芽胞杆菌的基因组与所有代谢途径信息,构建了基因-酶以及酶-反应的列表,并参照Ma和Zeng所建立的数据库对所得的列表进行必要的修正。然后,用节点表示代谢物,连线表示代谢物之间的反应,即用代谢物图来表示所得的代谢网络,该网络包含了830个节点,1132条连线。随后,基于代谢网络的蝴蝶结结构对该网络进行模块划分并提取了网络的最重要组成部分:巨强连通体。最后,分析了巨强连通体及其10个关键节点的生物学功能意义。
- 丁德武刘丽陈守文须文波
- 关键词：代谢网络蝴蝶结
