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一种新的氨基酸序列进化距离及其应用被引量：1: 2012年; 在选择的思想下,建立了蛋白质氨基酸序列的进化动力学方程,提出了一个新的蛋白质氨基酸序列的进化距离———选择进化距离,该距离统一了前人提出的各种氨基酸序列的进化距离;将该动力学方程转换为线性模型后,利用最小二乘法可实现模型中参数b的估计;最后,通过17个物种的细胞色素b的氨基酸序列说明了该选择进化距离的计算方法,并根据自展法比较了不同进化距离得到的物种进化树。结果表明,利用选择进化距离构建的进化树与其他几种进化距离得到的进化树的拓扑结构一致。选择进化距离为估计蛋白质氨基酸序列的进化距离提供了新方法。; 解小莉梁丽萍杜俊莉袁志发; 关键词：氨基酸序列进化距离动力学方程

一种新的DNA序列进化距离及其应用被引量：3: 2011年; 为了研究核苷酸变异,通过DNA序列的同源率,建立了DNA序列进化的动力学方程,进而得到了一种新的物种间进化距离dy(选择进化距离).由于核苷酸替代模型有很多,选用其中的4种模型,计算出其相应的选择进化距离dy,该进化距离包含了4种模型下的p距离、替代率为常数的距离d和替代率服从Г分布的Г距离dG.进一步根据动力学方程的特点,将模型转化为一元线性回归问题,用最小二乘法求得选择模型中的动力学参数b和各核苷酸位点每年的平均替代速率r.以16个物种的线粒体基因序列为例,说明这种新的进化距离并通过构建不同进化距离下的基因进化树来对各进化距离进行比较.结果表明:选择进化距离dy是一种有效的构建进化距离的方法.; 梁丽萍解小莉程健王振凤郭满才袁志发; 关键词：DNA序列进化距离进化树

奶牛产奶性状与乳房炎相关基因CpG含量及分布特征的比较分析被引量：8: 2012年; DNA甲基化是表观遗传学的重要组成部分,基因启动子区及第一外显子区的CpG甲基化通常抑制该基因的表达,而去甲基化则促进基因表达。已有的研究发现荷斯坦牛的乳房炎指标SCC(Somatic cell count)与产奶量呈较强负相关。文章分析并比较了这两类性状的相关基因的启动子区、第一外显子、下游2 000 bp序列中CpG含量及分布特征。结果表明,乳房炎相关基因的启动子、第一外显子中CpG含量显著低于产奶性状相关基因,而两类性状基因下游2 000 bp序列中CpG含量无显著性差异。另外,文中提出了两个量化基因序列中CpG特征的指标,一个是CpG平均距离,用来衡量序列中的CpG分布;另一个是条件概率p(G|C),用以量化序列中二核苷酸CpG随碱基C出现的可能性,并对两类基因的启动子和第一外显子区域的这两个指标做了统计检验。研究结果对产奶性状与乳房炎相关基因的DNA甲基化调控研究奠定了基础。; 解小莉俞英袁志发杨洁马裴裴李迪超尉守科安峰封晓静张沅; 关键词：DNA甲基化

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教育部留学回国人员科研启动基金(Z111020834)