为丰富普通荞麦（Fagopyrum esculentum Moench）的序列信息，挖掘有效的 SSR 标记，基于Hiseq 2000测序平台对普通荞麦的种子转录谱进行测序、分析，利用 Misa 软件进行 SSR 位点扫描，采用Primer 5．0引物设计程序对其中的300个 SSR 位点设计引物，随机挑选40对引物对19个普通荞麦品系进行遗传多样性分析。结果表明：测序共产生20508824条高质量的短序列（read），总长度为1889111004 bp，通过拼接最终获得54947条转录本（transcript）和36133个独立基因（unigene）。在2226个独立基因中发现了2666个 SSR 位点。有20对引物（占50％）能扩增出目标产物，其中，12对有多态性，多态性信息量（PIC）范围为0．10～0．93，平均为0．57，多态性程度高。
