云南省应用基础研究基金(2011FB082)
- 作品数：10 被引量：6H指数：1
- 相关作者：丰继华胡焕卢英单秋甫陈攀峰更多>>
- 相关机构：云南民族大学更多>>
- 发文基金：云南省应用基础研究基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 基于核小体位置预测的酵母进化印迹研究被引量：3
- 2013年
- 在利用核小体定位实验数据训练支持向量机(SVM)对任意酵母DNA序列的核小体形成能力进行预测的过程中,发现染色质结构对基因组DNA分子进化过程有着显著影响。我们观察到核小体DNA比连接DNA的平均预测准确率低15%,这种普遍存在的局部预测准确率差异性代表了酵母核小体定位的进化印迹(Evolutionary footprint),它揭示了核小体组织在基因组的整个进化过程中所具有的保守性。
- 肖建平丰继华卢英单秋甫
- 关键词：核小体转录起始位点
- 两种模式生物核小体定位比较研究
- 2014年
- 在对两种模式生物酵母与果蝇胚胎期核小体定位进行研究时,发现不同物种间以及同一物种中不同表达模式基因上的核小体分布呈现出差显著异性。在总体上,转录起始位点附近的酵母核小体NFR区域比果蝇的NFR短。经基因中心对齐后,酵母与果蝇胚胎期沉默型基因的核小体缺失区域的两个边界中间处共同呈现了一个明确有着均匀间隔的核小体数n,且随着基因长度L的变长其周期性特性逐渐变模糊,但果蝇的图谱表现的更为复杂。结果表明,从单细胞酵母生物到多细胞果蝇生物间基因组的进化过程中,核小体组织的演化既有变异性,也具有保守性。
- 卢英丰继华单秋甫陈攀峰单增辉
- 关键词：核小体定位
- ISW2缺失下基因功能对核小体定位影响的研究
- 2015年
- 为研究染色质重塑因子对核小体定位的影响以及ISW2缺失情况下基因功能对核小体形成的作用,本文分别对ISW2敲除、野生型(WT)及富营养培养条件下(YPD)三种酵母核小体占位率数据进行聚类、比较、分析后发现,在ISW2缺失情况下核小体的位置远离TSS,同时发现11种基因功能对核小体的定位产生了显著影响。
- 胡焕丰继华魏恨恨周晓雯李泽华
- 关键词：核小体定位野生型
- 不同转录率下真核模式生物核小体位置研究
- 2016年
- 真核生物中核小体的位置在不同转录率基因上是不同的.我们通过对热冲击前后酵母核小体位置实验数据、酵母转录率数据进行统计分析和比较后,发现在压力环境下,敏感上表达基因中的高转录水平基因与敏感下表达基因中低转录水平基因上的核小体位置趋于平衡位置,而非敏感基因中的高转录基因通常处于趋向远离平衡位置状态.
- 魏恨恨丰继华胡焕周晓雯李泽华
- 关键词：热冲击转录水平
- 果蝇核小体定位研究进展被引量：1
- 2016年
- 基因组上核小体位置的确定涉及DNA、RNA聚合酶、转录因子、后转录修饰与组蛋白变异、组蛋白修饰酶和染色质重塑复合体之间的相互作用。真核状态基因组的DNA是被包裹在核小体中,故理解控制核小体沿DNA定位的原理对于进一步理解组蛋白结合所执行的基因功能是非常必要的。而核小体的定位在诸多细胞过程中起着重要重要,比如转录调控、DNA复制和修饰等。因此核小体定位已逐渐成为目前遗传学研究的热点以及表观遗传学的重要研究内容并且也将在未来生物学研究中占据相当重要的位置。本综述以果蝇为例,全面介绍核小体定位的研究现状和未来方向。
- 李泽华丰继华周晓雯于华峥陈静
- 关键词：核小体核小体定位果蝇
- 酵母基因组组蛋白修饰之间相关性的研究被引量：1
- 2015年
- 我们在对染色质修饰作用进行研究的过程中,发现以往的研究只关注化学修饰间的线性关系,而对于非线性关系未充分重视。为此,我们对Pokholok等(2005)人测出的酵母组蛋白甲基化修饰与乙酰化修饰数据进行了插值处理,得到了16种全基因组组蛋白修饰数据。然后对每组修饰数据在TSS位点上、下游各取1 000 bp进行对齐、平均、平滑和归一化处理。我们发现,根据酵母基因转录水平数据,可将组蛋白修饰数据分为两大类:一类是转录增强修饰群体,一类是转录抑制或转录无关修饰群体。为了揭示不同转录活性基因上修饰间的复杂关系,我们分别利用Pearson相关分析法和Reshef等(2011)人提出的MINE算法得到了以上修饰之间的相关性。最后对该结果进行分析,得到了修饰之间的一些非线性关系,同时发现同群体间修饰的关联性更强。
- 陈攀峰丰继华单增辉魏恨恨胡焕
- 关键词：组蛋白修饰
- 酵母和果蝇胚胎期核小体定位模式比较研究
- 2014年
- 在进行酵母与果蝇胚胎期核小体定位研究时,发现不同物种或同一物种中不同表达模式基因与全体基因的排列比较中,核小体分布呈现出差异性。我们观察到酵母全体基因中核小体排列对核小体缺失区域(NFR)的基因3’端比基因5’端的影响小,而果蝇中对两者的影响却是一样的。且酵母与果蝇胚胎期沉默型基因中NFR的两个边界之间的核小体排列都出现了相同规律。它揭示了核小体组织在基因组的整个进化过程中具有的前进性,同时也具有保守性。
- 卢英丰继华单秋甫
- 关键词：酵母核小体定位
- 基于DNA弯曲度的H2A.Z核小体定位与修饰研究
- 2015年
- 在真核生物染色质中,H2A.Z是高度保守的组蛋白变异体,与转录调控、基因组的稳定性密切相关。为了探讨组蛋白修饰、DNA弯曲度与H2A.Z核小体定位三者之间的关联,在得到实验所测的相关数据后,利用MINE算法并结合皮尔逊相关系数在酵母全基因组的转录起始位点周围探讨了三者间的线性与非线性关系。其中MIC算法可以定量的得出数据之间关联度大小的值,用于衡量数据之间是否存在着关联,而皮尔逊相关系数则用于检查是否为线性关联。结果除了发现大部分组蛋白修饰种类和核小体定位之间存在着线性关联外,还探测到有两种组蛋白修饰数据(H4ac修饰与GCN4修饰)和核小体定位数据之间存在着以往未发现的非线性关系(大致呈正余弦函数),并从数据的生物背景(组蛋白修饰与核小体位置)上探讨了出现非线性现象的原因。
- 单增辉丰继华陈攀峰魏恨恨胡焕
- 关键词：修饰核小体
- 压力条件下真核模式生物核小体移动模式研究
- 2015年
- 细胞在面对外界压力(热冲击)时会通过重塑核小体以应对环境变化。本文通过对热冲击前后酵母核小体位置实验数据、体外实验数据进行统计、比较、分析后,发现在没有任何生理扰动下,核小体的定位跟其DNA偏好性有关。但在环境压力下,对热冲击敏感的上表达基因上的核小体位置呈现出一种发散模式,而下表达基因上的核小体位置则呈现一种收敛模式,此外,保守基因上的核小体位置几乎不发生移动。总体上,在热冲击下处于基础表达状态的基因则呈现出一种弱收敛模式。
- 魏恨恨丰继华胡焕周晓雯李泽华
- 关键词：热冲击
- 果蝇胚胎期不同表达模式基因转录起始位点上游核小体的定位被引量：1
- 2014年
- 在研究果蝇胚胎期核小体定位时,发现不同表达模式基因上的核小体定位特征有着很大的差异。与以往研究结果不同的是,在果蝇胚胎期限制性表达基因的转录起始位点上游-1核小体位置上存在着H2A.Z核小体。有趣的是,与单细胞酵母基因上的核小体定位相比较发现,果蝇胚胎期限制性表达基因上的核小体排列与酵母极其相似。
- 单秋甫丰继华卢英单增辉陈攀峰
- 关键词：核小体转录起始位点
