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CRISPR1上游侧翼序列用于大肠埃希菌和志贺菌鉴定的效果评价被引量：2: 2018年; 目的探讨基于成簇规律间隔的短回文重复序列(CRJSPR)1上游侧翼序列对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。方法通过BLAST重复序列识别并获得全基因组测序大肠埃希菌和志贺菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas),并分析其种系;选取CRISPRs上、下游各500bp侧翼序列,使用ClustalX进行序列比对;采用PCR方法扩增CRISPR1上游侧翼序列,以确定其对大肠埃希菌和志贺菌鉴定和评价效果。结果73.4%(149/203)的大肠埃希菌存在I-E型CRISPR/Cas系统,包含了A、B1、D种系;8.4%(17/203)的大肠埃希菌存在I-F型CRISPR/Cas、17.2%(35/203)的大肠埃希菌不存在CRISPR/Cas,这2种大肠埃希菌均属于B2种系;9株志贺菌均存在I-E型CRISPR/Cas。在大肠埃希菌(B2种系外)、志贺菌CRISPR1上游和大肠埃希菌(B2种系)各存在61bp侧翼序列,序列一致性为99%,且有种属特异性,PCR扩增此区域鉴定大肠埃希菌和志贺菌的灵敏度和特异度均>91%。结论基于CRISPR1上游序列可用来鉴定大肠埃希菌和志贺菌,且具有良好的效果。; 梁文娟梁文娟段广才刘慧莹段广才郗园林杨海燕陈帅印; 关键词：大肠埃希菌志贺菌侧翼序列

新乡市新型冠状病毒肺炎的流行特征分析被引量：1: 2021年; 目的了解新乡市新型冠状病毒肺炎(以下简称新冠肺炎)的流行特征,为预防控制新冠肺炎疫情提供相关科学依据。方法收集新乡市卫生健康委员会网站发布的新乡市新型冠状病毒疫情资料,使用Excel 2013建立数据库,采用SPSS 19.0软件进行描述性分析。结果 2020年1月24日新乡市确诊第1例新冠肺炎患者,至2月17日24时,累计报告57例。新乡市本次疫情共有3次高峰,长垣市、辉县市、封丘县、新乡县和卫辉市的病例数只占68%,其中长垣市累计发病率最高,为1.69/10万。男性35例,女性22例,性别比为1.59∶1,20~69岁的患者占85.9%。共报告15起聚集性疫情,占确诊病例的75.4%。结论新乡市新冠肺炎患者以中老年为主并且聚集性疫情多,应密切监测中老年人群,减少人群聚集。; 朱金钦许振丹梁文娟; 关键词：新型冠状病毒新发传染病

分子流行病学进展——机遇和挑战被引量：2: 2016年; 分子流行病学是流行病学的分支，是流行病学和分子生物学的交叉学科。分子流行病学主要通过对生物标志的研究，在分子水平阐明疾病的分布、发生、发展规律及其影响因素。随着人类基因组学、精准医学、大数据等领域的快速发展，给分子流行病学提供了新的发展机遇和挑战。; 段广才陈帅印; 关键词：分子流行病学流行病学研究

O157:H7型大肠埃希菌CRISPR结构及耐药基因和毒力基因分布分析: 2019年; 目的了解O157:H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(Clustered Regularly Interspaced ShortPalindromic Repeats,CRISPR)结构特征以及耐药基因和毒力基因分布情况。方法利用多序列比对、BLAST、RNA二级结构预测等多种生物信息学方法对20株O157:H7型大肠埃希菌的全基因组序列进行分析。结果从GenBank数据库获得2000-2014年20株O157:H7型大肠埃希菌全基因组序列,所有基因组中共存在3个CRISPR位点且每个CRISPR位点的基因序列具有高度一致性(均超过99.7%);CRISPR2被一段序列分隔为CRISPR2a和CRISPR2b;CRISPR1中存在3个不同的间隔序列,CRISPR2也有3个不同的间隔序列,CRISPR3有1个间隔序列;CRISPR1和CRISPR3的重复序列均可形成茎环结构,CRISPR2和CRISPR1的重复序列具有较高的一致性。共检测7个耐药基因,所有菌株ampc均阳性,4株菌株tetB和sul1阳性,其它4个基因均未检出;共检测6个毒力基因,有10株细菌stx1阳性,其他5个毒力基因20株细菌均阳性。结论CRISPR在O157:H7型大肠埃希菌中广泛分布且结构稳定,毒力基因分布广,耐药性问题不可忽视。; 王鹏飞王颖芳段广才郗园林徐亚珂陈帅印詹煜慧; 关键词：CRISPR 毒力基因耐药基因

亚胺培南体外诱导大肠埃希菌MIC变化规律及相关耐药机制探讨被引量：5: 2018年; 目的探讨亚胺培南(imipenem,IMP)体外诱导大肠埃希菌(Escherichia coli)耐药产生的变化规律及其相关的耐药机制。方法对2014年河南睢县某医院分离的全敏感E.coli用IMP进行体外浓度递增诱导,记录每个浓度下的诱导时间和诱导结束后的MIC值及其对应的累积时间,采用统计分析软件SPSS17.0对数据进行回归分析;采用改良Kirby-Bauer(K-B)纸片法测定诱导前后菌株对20种抗生素耐药谱的变化情况;采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增碳青霉烯酶类、β-内酰胺类等相关耐药基因并进行测序分析。结果体外诱导结束后菌株对IMP由敏感变为耐药。回归分析显示随着IMP诱导浓度的增加,诱导耐药时间延长,当浓度增加到一定数值时,诱导时间不再延长;回归分析显示,随着诱导浓度的增加或诱导时间的延长,MIC均逐渐增加,但两种情况下其增长率不同。诱导后的菌株对IMP耐药,对其他抗生素仍敏感,PCR扩增相关耐药基因均阴性。结论 IMP可诱导E.coli产生耐药,且随诱导浓度的增加诱导耐药时间先增加后达到平台期,而MIC持续增加。推测E.coli IMP耐药机制与某种特异靶位突变有关。; 刘慧莹陈帅印段广才梁文娟徐亚珂龙金照杨海燕杨海燕; 关键词：大肠埃希菌亚胺培南体外诱导耐药机制

不同地区宋内志贺菌耐药性及脉冲场凝胶电泳分型分析被引量：7: 2015年; 【目的】通过对不同地区的宋内志贺菌株进行药物敏感性检测、耐药基因的扩增以及基因分型,了解不同地区宋内志贺菌的耐药情况与流行趋势。【方法】使用微量肉汤稀释法测定了54株宋内志贺菌对21种药物的敏感性,用PCR方法扩增相关耐药基因,利用脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)技术进行宋内志贺菌的基因分型,最后采用Bio Numerics分析软件对所有菌株进行聚类,分析其相似度。【结果】实验菌株对于甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑、四环素、替卡西林/棒酸、氨苄西林、庆大霉素5种抗生素普遍耐药,对亚胺培南、头孢吡肟、左氟沙星、诺氟沙星、阿米卡星5种抗生素全部表现为敏感。共检测出包括bla TEM,bla CTX以及整合子在内的7种不同的耐药基因。全部实验菌株可分为26个不同的PFGE带型,分型后表现出较高的基因同源性。宋内志贺菌的耐药性、携带基因与带型具有一定地域相关性。【结论】目前各地区流行的宋内志贺菌株对甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑与四环素已经普遍耐药,不同地区出现相同聚类分型的菌株表明存在跨区域流行的宋内志贺菌群。因此,加强对不同地区宋内志贺菌的监控对减少多重耐药菌株的产生具有重要意义。; 梁蓓蓓邱少富崔贤艳王旭易胜杰王建杨晓霞任玉红宋宏彬; 关键词：宋内志贺菌耐药性脉冲场凝胶电泳基因分型

志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列系统结构特征的生物信息学分析被引量：5: 2015年; 利用生物信息学方法探索志贺菌成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)系统结构的特征。本文通过BLAST、序列比对、RNA二级结构预测等方法对志贺菌CRISPR进行研究。结果显示:志贺菌的4个群中均发现有CRISPR结构,其侧翼上、下游序列可分为相同组群,在leader序列中存在具有回文性质、相对保守的motif;侧翼序列与重复序列具有相同的分组,重复序列有一定的保守性,可以形成以"茎"为主和以"环"为主两类不同的RNA二级结构;间隔序列与质粒或噬菌体有一定的同源性。本研究表明重复序列与侧翼序列间存在相关性,重复序列可能作为一种识别机制来介导外源元素与Cas蛋白间的相互作用。; 王鹏飞王颖芳段广才薛泽润王琳琳郭向娇杨海燕郗园林; 关键词：志贺菌侧翼序列

大肠埃希菌CRISPRs间隔序列的来源研究: 2019年; 目的研究大肠埃希菌全基因组中规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)的间隔序列分布及来源规律。方法通过BLAST、CRISPRs finder、ClustalX和CRISPRTarget分析CRISPR/Cas、间隔序列及其来源。结果 203株大肠埃希菌中74.4%含有I-E CRISPR/Cas,9.4%含有I-F CRISPR/Cas,17.2%存在CRISPR3-4;CRISPR1,CRISPR2,CRISPR3和CRISPR4的间隔序列数目范围分别为1-25、1-27、4-7和2-22;其独特间隔序列数目分别为339、346、57和66。CRISPRTarget分析I-E和I-F CRISPR/Cas的间隔序列分别匹配816条质粒和293条噬菌体,2 428条质粒和139条噬菌体,差异有统计学意义(χ~2=319.30,P<0.01)。结论大肠埃希菌中CRISPR/Cas分布广泛,I-E和I-F CRISPR/Cas可能发挥不同的免疫功能。; 梁文娟梁文娟段广才段广才徐亚珂郗园林杨海燕陈帅印; 关键词：噬菌体质粒大肠埃希菌

O26：H11及NM大肠埃希菌CRISPR的分子分布特征及其与stx噬菌体的关系被引量：4: 2017年; 目的探讨026：H11及NM血清型大肠埃希菌中成簇规律间隔短回文重复序列（CRISPR）的分子分布特征及其与stx噬菌体的关系。方法135株026：H11及NM血清型大肠埃希菌从NCBI数据库获取，利用CRT软件及CRISPRFinder提取CRISPR信息，并用Excel软件对间隔序列进行编号及分析CRISPR亚型，并分析CRISPR与stx噬菌体之间的关系。结果135株026：H11及NM血清型大肠埃希菌中均存在CRISPR结构，CRISPRl包括19个亚型，CRISPR2．1包括22个亚型，CRISPR2．2包括1个亚型，CRISPR3—4包括1个亚型。stx噬菌体在CRISPR群组C中出现，stx^＋菌株比stx^＋菌株拥有更多的间隔序列。结论CRISPR位点在026：H11或NM血清型大肠埃希菌中广泛存在，且存在着不同的亚型，stx噬菌体与CRISPR的分子分布特征有关，可能作为鉴定高毒菌株的分子靶标。; 龙金照徐亚珂段广才梁文娟刘慧莹陈帅印郗园林王鹏飞王颖芳; 关键词：大肠埃希菌

O157∶H7型大肠埃希菌CRISPR/Cas系统结构的生物信息学分析: 2020年; 为了解O157∶H7型大肠埃希菌中成簇的规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)分布和结构特征及cas基因分布情况,本试验通过GenBank数据库和CRISPRdb database获得92株O157∶H7型大肠埃希菌全基因组序列、CRISPR位点位置、CRISPR的侧翼序列及cas基因簇的序列范围,利用多序列比对、启动子预测和RNA二级结构预测等方法分析细菌中CRISPR系统的特点。结果显示,O157∶H7型大肠埃希菌的基因组存在3个CRISPR位点(CRISPR1、CRISPR2和CRISPR3),每个CRISPR位点上的序列一致;CRISPR1和CRISPR2的重复序列可形成茎环状结构,环上的碱基易发生变化;CRISPR2中存在一段长451 bp的序列(命名为序列X),该序列X将CRISPR2分为2个部分CRISPR2a和CRISPR2b,其碱基A和T比例为74%,在91株O157∶H7型大肠埃希菌中均存在该序列,在该序列中可预测出至少有1个启动子和9个转录因子结合位点;侧翼序列中的疑似前导序列位于CRISPR2下游,序列长340 bp,其碱基A和T比例为69%,在92株O157∶H7型细菌中均存在该序列,其可预测出至少有1个启动子和3个转录因子结合位点;在20株O157∶H7型大肠埃希菌的全基因组序列中,有15株具有完整的cas基因簇,有5株缺乏cas 3基因。本试验结果表明,O157∶H7型大肠埃希菌的CRISPR系统结构稳定,序列具有较高保守性,cas基因簇也相对保守。CRISPR2的结构与其他类型大肠埃希菌有较大差别。本研究发现的序列X在O157∶H7型大肠埃希菌分布广泛且序列保守,可作为鉴定O157∶H7型大肠埃希菌的潜在分子靶标。; 王鹏飞王颖芳段广才詹煜慧陈帅印郗园林徐亚珂; 关键词：CRISPR CAS

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国家科技重大专项(2013ZX10004607)

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