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国家重点基础研究发展计划(2003CB715900): 作品数：18 被引量：271H指数：6; 相关作者：张成岗杭兴宜李稚锋高艳王正志更多>>; 相关机构：军事医学科学院北京大学国防科学技术大学更多>>; 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术自然科学总论更多>>

GSDS:基因结构显示系统被引量：200: 2007年; 构建了一个用于绘制基因结构示意图的网站系统(http://gsds.cbi.pku.edu.cn/)。用户可提交核酸序列、NCBI核酸序列号或基因外显子位置信息,得到基因结构示意图;并可指定在基因结构图上标注某些特定区域。系统允许用户同时输入多个基因,并指定输出次序和标注区域。结果可用位图和矢量图两种图形格式显示。点击位图格式结果,可以查看相应序列。系统提供中英文两种用户界面。; 郭安源朱其慧陈新罗静初; 关键词：计算机图形

Convergence rate of Gibbs sampler and its application: 2005年; Based on the convergence rate defined by the Pearson-χ~2 distance,this pa- per discusses properties of different Gibbs sampling schemes.Under a set of regularity conditions,it is proved in this paper that the rate of convergence on systematic scan Gibbs samplers is the norm of a forward operator.We also discuss that the collapsed Gibbs sam- pler has a faster convergence rate than the systematic scan Gibbs sampler as proposed by Liu et al.Based on the definition of convergence rate of the Pearson-χ~2 distance, this paper proved this result quantitatively.According to Theorem 2,we also proved that the convergence rate defined with the spectral radius of matrix by Robert and Shau is equivalent to the corresponding radius of the forward operator.; LI Kaican GENG Zhi

生物系统中的非线性现象: 2007年; 文章通过用非线性科学的基本概念与系统方法分析了芽殖酵母细胞周期网络的动力学行为,说明非线性科学在定量研究生命过程所可能起到的重要作用,同时说明非线性科学现有的分析手段在研究生命系统中的局限性.这样利用非线性动力学研究生物系统的动力学问题,不但可以为系统生物学的研究提供强大的数学工具,同时也可以推动非线性科学本身的发展.这项研究从另一个角度显示了交叉学科的生命力.; 李方廷欧阳颀; 关键词：非线性动力学芽殖酵母细胞周期

利用碱性磷酸酶融合表达技术研究神经导向因子netrin-4的功能: 2006年; 目的:采用碱性磷酸酶(AP4)标记技术研究netrin-4的神经导向功能和受体结合特征,并评估碱性磷酸酶作为标签分子在真核基因功能研究中的意义。方法:将netrin-4全长及3个结构域编码区cDNA克隆到碱性磷酸酶表达载体APtag4,成功构建真核表达载体AP4-netrin4、AP4-LNT、AP4-EGFL和AP4-NCT,进而在COS7细胞中表达出含有AP标签的融合蛋白,并通过神经组织块培养技术和神经元原代培养技术对其活性进行鉴定。结果:确认了netrin-4的神经突起导向功能。进一步通过对AP标签进行检测,发现netrin-4全长、LNT和NCT可与原代培养的神经元表面相结合,而EGFL不结合,说明神经元表面含有netrin-4受体或结合位点,且可能通过LNT和NCT结构域起作用。结论:netrin-4具有明确的神经突起导向功能,在神经元表面含有结合位点,同时发现碱性磷酸酶标签融合表达技术在真核基因功能研究方面具有一定优势。; 秦树桐高艳王利红周仁平张成岗; 关键词：碱性磷酸酶基因神经元

Hetrin基因在大鼠脑发育过程中表达的初步研究被引量：12: 2004年; 本文目的是 :观察 hetrin基因在大鼠脑发育过程中的表达变化规律 ,藉以探讨 hetrin在神经系统发育过程中的作用。以地高辛 (dig)标记 hetrin基因 3 ' -末端 c RNA为探针 ,采用原位杂交法研究 hetrin m RNA在生后第 10 d(P10 )、P3 0和 P60大鼠脑中的分布状况 ;同时采用半定量 RT-PCR法分析出生前后大鼠脑内 hetrin m RNA表达水平的变化。结果发现 ,hetrin m RNA原位杂交阳性信号定位于神经元胞质内 ,在 P10、P3 0和 P60大鼠的脑组织中均可见明显的杂交信号。 RT-PCR结果显示 ,在胚胎第 9d(E9)大鼠脑内 hetrin m RNA开始表达 ,但表达量很低 ,以后其表达量逐渐升高。出生后大鼠不同脑区 hetrin m RNA的表达量变化趋势不同。本实验结果表明 ,在胚胎期及出生后大鼠脑的多个部位都有 hetrin m RNA表达 ,而且 hetrin m RNA表达量与神经细胞突起生长及新突触连接的建立在时间上有一定的同步性 ,提示 hetrin m RNA的表达与神经突起生长存在着一定的关系 ,进一步支持存在; 孟凡伟郭慧云周仁平张成岗; 关键词：NETRIN 发育 RT-PCR 神经系统

神经突起导向因子netrin-1及其受体与肿瘤发生被引量：4: 2006年; 近年来的研究发现,netrin1和其受体基因在多种肿瘤中表达下调,未与配体netrin1结合的DCC和UNC5H能够诱导细胞凋亡,而在结合配体后则抑制细胞凋亡。在肿瘤细胞中凋亡通路通常被抑制,而且在50%以上的肿瘤中p53是失活的。netrin1与其受体结合后能完全抑制p53诱导的细胞凋亡;同时p53也直接调节netrin1及其受体基因的表达。因此,netrin1及其受体可能在肿瘤发生过程中发挥重要作用。; 秦树桐张成岗; 关键词：肿瘤发生细胞凋亡

序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用被引量：3: 2005年; 随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节。通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能,并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析,结果发现,Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈,可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务。; 杭兴宜赵东升张成岗; 关键词：数据分析转录功能基因组学全基因组基因功能

小鼠FAAP蛋白对细胞黏附的影响被引量：2: 2009年; 黏着斑相关蛋白(focal adhesion associated protein,FAAP)由小鼠D10Wsu52e基因编码,在进化上十分保守,但该蛋白质的生物学功能并不清楚.为此,首先通过细胞组分分离的方法研究了FAAP蛋白分布的细胞组分,结果表明FAAP主要存在于细胞质和细胞膜中.细胞蛋白表达量分析表明,细胞中FAAP与黏连蛋白受体(LR)表达量呈现正相关性.同时,细胞黏附实验表明,FAAP与LR对细胞黏附影响类似,也能够抑制细胞的黏附.这些实验结果为深入研究FAAP蛋白功能提供了依据.; 胡劲松丁乃峥滕俊林陈建国; 关键词：小鼠细胞黏附

血脑屏障的基因组学和蛋白质组学研究进展被引量：6: 2006年; 血脑屏障是分隔外周血和大脑的屏障,选择性地允许或阻止物质在两者间的通透。近年来陆续有研究指出,血脑屏障存在大量转运体参与重要生理物质选择性进入大脑,并且将代谢产物转运入血以维持脑内环境稳定。血脑屏障功能失调与很多脑疾病密切相关。基因组学与蛋白质组学等研究方法的介入可高通量、大规模地研究血脑屏障中的转运体,极大地加快了人们对血脑屏障在疾病发生发展中的作用以及临床治疗研究中的认识。; 顾勇张成岗; 关键词：血脑屏障基因组学蛋白质组学脑疾病

小鼠不同发育阶段脑蛋白质组学初步研究被引量：3: 2006年; 目的:本研究为国际脑蛋白质组计划(HUPO BPP)的预实验部分,旨在获得可靠的小鼠脑蛋白质组数据库,比较和评估小鼠不同发育阶段的脑蛋白质组,为下一步进行神经系统疾病的蛋白质组学研究奠定基础。方法:样品来源于国际脑蛋白质组委员会所提供的胚胎16 d、出生后7 d及生后60 d等3个发育时期的C57/B l6雌性小鼠脑组织。常规方法提取组织总蛋白,采用固相pH梯度的二维电泳分离和串联质谱分析等进行鉴定,使用M ascot软件搜索Un iProt数据库,鉴定蛋白种类。结果:获得3个不同发育时期小鼠脑组织蛋白质表达谱,完成国际脑蛋白质组计划的预实验所要求的质量控制,鉴定出各发育阶段均有稳定表达的4个蛋白点,包括α烯醇酶、磷蛋白质P19及2个肌动蛋白。经进一步评估后鉴定出随年龄增大而丰度减低的C14orf166同源蛋白、28×103热/酸稳定的磷蛋白、3-巯基丙酮酸硫基转移酶、40S核糖体蛋白S3 a等4个蛋白。其中α烯醇酶及C14orf166同源蛋白曾有文献报道与神经发育及组织发生密切相关。结论:蛋白质组学的方法为脑发育研究提供了有参考价值的数据,其差异蛋白的发现可促进对神经发育机制的了解,并将为后续启动神经系统疾病蛋白质组学研究提供参考。; 王静王利红高艳杭兴宜王航雁张成岗; 关键词：蛋白质组双向电泳神经发育小鼠

国家重点基础研究发展计划(2003CB715900)

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