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国家重点基础研究发展计划(2003CB715901)

作品数:5 被引量:27H指数:3
相关作者:李亦学孙景春徐晋麟石铁流丁国徽更多>>
相关机构:上海交通大学中国科学院上海生命科学研究院上海生物信息技术研究中心更多>>
发文基金:国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
相关领域:农业科学生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>

文献类型

  • 5篇中文期刊文章

领域

  • 2篇生物学
  • 2篇医药卫生
  • 2篇农业科学
  • 1篇自动化与计算...

主题

  • 2篇蛋白质相互作...
  • 2篇网络
  • 2篇基因
  • 1篇蛋白质功能
  • 1篇蛋白质功能预...
  • 1篇映射
  • 1篇语义WEB
  • 1篇语义网
  • 1篇生命活动
  • 1篇生物途径
  • 1篇生物学
  • 1篇生物学研究
  • 1篇数据库
  • 1篇全基因组
  • 1篇猪链球菌
  • 1篇资源描述
  • 1篇资源描述框架
  • 1篇网络数据
  • 1篇网络数据库
  • 1篇网络预测

机构

  • 2篇上海交通大学
  • 2篇中国科学院上...
  • 2篇上海生物信息...
  • 1篇电子科技大学
  • 1篇华中科技大学
  • 1篇上海第二医科...
  • 1篇中国科学院

作者

  • 4篇李亦学
  • 3篇孙景春
  • 2篇徐晋麟
  • 2篇石铁流
  • 1篇郝沛
  • 1篇王晓婧
  • 1篇鲁强
  • 1篇许庆炜
  • 1篇刘琪
  • 1篇郭晓奎
  • 1篇黄钰
  • 1篇曹志伟
  • 1篇屠康
  • 1篇曹建平
  • 1篇魏武
  • 1篇王川
  • 1篇张国庆
  • 1篇刘谦
  • 1篇丁国徽

传媒

  • 4篇科学通报
  • 1篇Scienc...

年份

  • 1篇2008
  • 1篇2007
  • 2篇2006
  • 1篇2005
5 条 记 录,以下是 1-5
排序方式:
钩端螺旋体蛋白质相互作用网络预测与系统分析被引量:4
2006年
问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病.该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础.本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测钩端螺旋体赖株蛋白质相互作用网络.对运动和趋化系统、信号传导系统、脂多糖生物合成以及黏附、侵袭等有关蛋白质之间的相互作用进行了详细分析.除此以外,根据蛋白质的相互作用网络以及功能分类,预测了203个未知蛋白质可能的功能.这不仅为进一步研究钩端螺旋体赖株的致病机制提供了一个资料,也为在基因组范围内应用生物信息学方法研究微生物提供了一个实例.
孙景春徐晋麟曹建平刘琪郭晓奎石铁流李亦学
关键词:问号钩端螺旋体
大规模蛋白质相互作用数据的分析与应用被引量:14
2005年
蛋白质相互作用在生命活动中起着重要的作用.目前已开发出几种实验和计算方法能够得到大规模蛋白质相互作用数据.但是,与传统的实验结果相比,蛋白质相互作用大规模数据中存在着比例较高的假阳性.为了能够充分利用这些数据,需要建立生物信息学方法对这些数据进行系统的评价,进而提高数据的可信度,并从中挖掘出有价值的生物信息.本文对目前蛋白质相互作用大规模数据的计算分析和应用进行了总结,包括蛋白质相互作用数据评估方法、与蛋白质其他信息的关系以及在生物学研究中的应用,并提出了开发分析和挖掘蛋白质相互作用数据工具的主要方向,以期有助于这些数据的研究和应用.
孙景春徐晋麟李亦学石铁流
关键词:蛋白质相互作用蛋白质功能预测生物途径大规模数据生物学研究生命活动
猪链球菌全基因组序列比较分析被引量:8
2006年
1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和分析.猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007Mb,共有1969个可读框(ORF),而部分测序的猪链球菌89-1591序列包含在177个连接群(contig)中,长为1.98Mb,含有1918个ORF.两菌株基因组比较结果表明,其平均编码区(CDS)的长度非常接近.在所有ORF中,同源ORF数为1306个.两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性.但也存在例外,如在P1/7中存在于一个基因岛内,编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中,4个基因cps2A,2B,2I,2J未在89-159菌株中发现.同时,P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现.另外,两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异,并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异.这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位,暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异.以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.
魏武丁国徽王晓婧孙景春屠康郝沛王川曹志伟石铁流李亦学
A Semantic Web model of GO and its annotations
2008年
There are some drawbacks in Resource Description Framework(RDF) data file provided by GO consortium,which are not fit for providing complex semantic query and inference services.In this paper,we propose a semantic web model GORouter,which encodes heterogeneous original data in a uniform RDF format,creates additional ontology mappings between GO terms,and introduces a set of inference rulebases.Furthermore,we use the Oracle Network Data Model(NDM) as the native RDF data repository and the table function RDF_MATCH to seamlessly combine the result of RDF queries with traditional relational data.GORouter is licensed under Apache License Version 2.0,and is accessible via the website:http://www.scbit.org/gorouter/.
XU QingWeiHUANG YuLIU QianZHANG GuoQingLI YiXueLU Qiang
关键词:语义WEB网络数据库可扩展标记语言资源描述框架
基因本体及其注释数据语义网模型被引量:1
2007年
目前基因本体在语义网研究领域还很滞后,无法提供复杂的语义查询和推理服务.本研究通过将异构的原始数据以统一的RDF(resource description framework)格式进行编写,建立跨基因子本体的语义映射,并在此基础上引入一系列的推理规则集,提出了一个RDF语义网模型——GORouter.进一步,通过选择OracleNDM(network datamodel)作为RDF容器,使得RDF语义推理结果能够与传统的关系型查询无缝结合在一起,最终为用户提供了一个基于GORouter的混合解决方案(http://www.scbit.org/gorouter/).
黄钰许庆炜刘谦张国庆李亦学鲁强
关键词:基因本体语义网本体映射ORACLE
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