国家重点基础研究发展计划(2004CB518606)
- 作品数：4 被引量：21H指数：2
- 相关作者：李亦学孙景春徐晋麟石铁流曹建平更多>>
- 相关机构：上海交通大学中国科学院电子科技大学更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 大规模蛋白质相互作用数据的分析与应用被引量：14
- 2005年
- 蛋白质相互作用在生命活动中起着重要的作用.目前已开发出几种实验和计算方法能够得到大规模蛋白质相互作用数据.但是,与传统的实验结果相比,蛋白质相互作用大规模数据中存在着比例较高的假阳性.为了能够充分利用这些数据,需要建立生物信息学方法对这些数据进行系统的评价,进而提高数据的可信度,并从中挖掘出有价值的生物信息.本文对目前蛋白质相互作用大规模数据的计算分析和应用进行了总结,包括蛋白质相互作用数据评估方法、与蛋白质其他信息的关系以及在生物学研究中的应用,并提出了开发分析和挖掘蛋白质相互作用数据工具的主要方向,以期有助于这些数据的研究和应用.
- 孙景春徐晋麟李亦学石铁流
- 关键词：蛋白质相互作用蛋白质功能预测生物途径大规模数据生物学研究生命活动
- 钩端螺旋体蛋白质相互作用网络预测与系统分析被引量：4
- 2006年
- 问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病．该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础．本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测钩端螺旋体赖株蛋白质相互作用网络．对运动和趋化系统、信号传导系统、脂多糖生物合成以及黏附、侵袭等有关蛋白质之间的相互作用进行了详细分析．除此以外,根据蛋白质的相互作用网络以及功能分类,预测了203个未知蛋白质可能的功能．这不仅为进一步研究钩端螺旋体赖株的致病机制提供了一个资料,也为在基因组范围内应用生物信息学方法研究微生物提供了一个实例．
- 孙景春徐晋麟曹建平刘琪郭晓奎石铁流李亦学
- 关键词：问号钩端螺旋体
- FluxExplorer:一个通用的基于化学计量矩阵的代谢网络建模和分析平台被引量：2
- 2006年
- 近年来基于化学计量矩阵的生物代谢网络分析在系统生物学研究领域备受关注.为该领域的研究者开发更加方便和友好的硅上模拟平台已成为一项重要工作.这种平台应提供图形化的操作方式,整合强大的分析模块,帮助生物学研究者更深入地理解代谢系统的特性和行为.基于这种需求,我们开发了一个免费共享的计算机模拟平台FluxExplorer.它整合了多种基于化学计量矩阵的分析方法,如流平衡分析(fluxbalanceanalysis,FBA)等.这些分析方法可对代谢网络的各种特性进行全面而深入的刻画.在该平台上,用户只需通过简单的图形化建模过程,就能直观构建并分析自己的目标网络.同时,该平台能自动地查找模型中不符合建模规则的结点,以便用户修改.此外,该平台支持系统生物学建模语言(systemsbiologymarkuplanguage,SBML).利用该平台成功地构建了哺乳动物线粒体的代谢网络,并得到了一些有生物学意义的模拟结果.可以说,该平台是一个分析功能强大且使用方便的代谢网络模拟工具.
- 罗若愚廖莎曾绍群李亦学骆清铭
- 关键词：代谢网络计算机模拟系统生物学
