国家自然科学基金(81200828)
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
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- 相关机构：南通大学济宁市第一人民医院江南大学更多>>
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- Soat1基因的e-QTL定位和遗传调控网络分析
- 2014年
- 目的从全基因组水平研究甾醇氧-酰基转移酶1(Soat1)介导的阿尔兹海默病(AD)发病的分子机制。方法运用基因表达数量性状基因座(eQTL)定位方法对Soat1基因的表达变异及表达调控进行研究,采用区间作图在全基因组水平定位控制Soat1基因表达变化的eQTL。分析B6小鼠和D2小鼠两品系间的单核苷酸多态性对eQTL定位的影响。采用聚类分析筛选BXD重组近交系小鼠海马组织基因组中受Soat1基因反式调节的候选基因,通过Pearson相关系数法构建Soat1基因的表达遗传调控网络。结果Soat1基因为顺式作用的eQTL,Rab2、Taz、copg、whsc1l1、Atrnl1、1200008A14Rik和Epdr1为该基因的下游候选调控基因。与Soat1基因高度相关的前17个基因构建遗传相关基因网络。结论 Soat1基因为顺式调控基因;遗传相关基因网络中的基因与Soat1基因存在相互作用,直接或间接参与了AD的发病。
- 张玉芳陈颖陈雪李奕林巍巍王晓冬陆璐
- RNA-Seq筛选脊髓损伤后的差异基因及部分基因功能分析被引量：1
- 2017年
- 目的应用RNA-Seq技术分析脊髓损伤后不同阶段基因表达差异情况。方法使用IH脊髓打击仪制备脊髓损伤模型,SD大鼠48只随机分成两组,假手术组和实验组,实验组分别于损伤后1d、4d和7d取材。运用RNA-Seq技术筛选脊髓损伤后不同时间点的差异表达基因,对差异基因进行表达模式分析,功能注释,通路分析等,筛选出血红素氧化酶1(Hmox1)等感兴趣基因进行mRNA和蛋白水平的验证及功能分析。结果 RNA-Seq结果表明,与假手术组相比,脊髓损伤后1d、4d和7d发生显著变化的基因分别有944、1362和1421个。上述差异基因在损伤后不同时间点的变化趋势大致可分为8种形式。Real-time PCR结果显示,Hmox1、尿激酶型纤溶酶原激活剂(Plau)、纤溶酶原激活物抑制剂(Serpine1)和中性粒细胞胞质因子(Ncf2)的表达变化与RNA-Seq测序结果基本一致。Western blotting结果显示,脊髓损伤后Hmox1的蛋白表达变化趋势与核酸水平一致;免疫组织化学结果显示,损伤之后Hmox1主要表达于脊髓组织的神经元中。结论 RNA-Seq技术能高效分析脊髓损伤后的差异基因,从大量差异基因中筛选出感兴趣基因的验证和功能分析为阐述脊髓损伤的分子机制提供了部分资料。
- 陈颖王迪牛学英王晓冬陈雪
- 关键词：脊髓损伤血红素氧化酶1RNA-SEQ实时定量聚合酶链反应
