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静电和疏水效应对胰岛素二聚体稳定性的影响被引量：10: 2001年; 从猪胰岛素二聚体的结构出发 ,着重研究了胰岛素二聚体单体之间的静电和疏水相互作用 ,用连续介质模型的有限差分方法计算得到胰岛素二聚体的静电势 ,用溶剂可接近表面 (ASA)模型分析了分子表面积及疏水性 ,还考察了不同pH值对胰岛素二聚体静电和疏水相互作用的影响。结果分析表明 ,当pH值处于弱酸弱碱范围内时 (4.6 -8.5) ,静电相互作用能和疏水自由能都呈现出较小的值 ,当pH为6.2时 ,疏水性出现一个明显的峰值 ,这与猪胰岛素二聚体结晶的实验条件相吻合。; 马晓慧陈慰祖庄彦王存新侯廷军乔学兵徐筱杰; 关键词：静电作用疏水作用稳定性

一组和AMBER力场配合的普适波恩模型参数被引量：3: 2003年; 提出了一套和AMBER力场相匹配的普适波恩模型参数.新的参数集包含21种原子类型的初始半径和屏蔽因子.参数通过遗传算法拟合359个小分子水合自由能的实验值得到.采用新的参数,预测了44个小分子的水合自由能,预测值和实验值能很好地吻合,而且大大优于采用Jayaram参数得到的结果.此外,采用新的参数,还预测了15个蛋白质的水合自由能,预测值和PB/SA预测得到的结果能很好地吻合.; 章威侯廷军乔学斌徐筱杰; 关键词：溶剂效应

Salt and pH-dependent properties of native and mutant insulin: 2002年; A fast and effective model for predicting the salt and pH dependent properties of protein complexes is presented. It is based on the formal charge parameter sets of ionizable groups and applied in conjunction with the finite difference Poisson-Boltzmann (FDPB) method to calculate the electrostatic interactions. All simulations were performed on the native 2Zn insulin and its fast-acting mutants such as B9D (B9Ser→Asp), B9E (B9Aer→Glu), B9EB10D (B9Ser→ Glu, B10His→Asp), and B10D (B10His→Asp). The salt and pH dependent properties of these dimers were analyzed from the aspect of electrostatic interaction, and the theoretical basis of the fast-acting behavior of these mutants was explained. It is found that the results agree well with experimental observations.; MA XiaohuiLI ChunhuaLU BenzhuoCHEN WeizuWANG CunxinXU Xiaojie; 关键词：FORMAL ELECTROSTATIC INSULIN

Pluronic L64/水/p-Xylene体系的模拟被引量：2: 2002年; 用介观动力学在介观层次上对不同组分的pluronic L64/水/p-Xylene三元体系的相分离进行了研究,得到了与实验相吻合的结果。计算表明对于纯p-Xylene溶剂和有合少量水的p-Xylene溶剂,体系没有发生相分离,随着水的含量增加,体系发生了明显的相分离,产生了不同形态的胶团。本文还通过对比不同溶剂组分下的体系介观形貌,讨论了水在体系相分离中的作用。同时通过分析模拟了1000步后体系中水的分布,证实在胶团核中存在自由水(free water)的猜想。; 郭森立侯廷军徐筱杰; 关键词：PLURONIC 介观动力学密度泛函计算机模拟非离子表面活性剂

褪黑激素受体拮抗剂的三维定量构效关系研究被引量：2: 2002年; 采用两种分子场分析方法即比较分子场分析法(CoMFA)和比较分子相似因子分析法(CoMSIA)进行了37个褪黑激素受体拮抗剂的构效关系研究.计算结果表明,两种方法得到的构效关系模型都具有较好的预测能力.在计算中,还考察了不同格点距离和电荷计算方法对构效关系模型的影响.通过分析分子场等值面图在空间的分布,可以观察到叠合分子周围分子场特征对化合物活性的影响,为设计新的褪黑激素拮抗剂提供了一些理论依据.; 朱丽荔徐筱杰; 关键词：三维定量构效关系药物设计

利用分子烙印技术分离中草药活性组分被引量：59: 2001年; 用非共价法，在极性溶剂中，以丙烯酰胺作功能单体，以强极性化合物槲皮素为模板，制备了分子烙印聚合物(MIP). 液相色谱实验表明, MIP 对槲皮素具有特异的亲合性.将此MIP直接分离银杏叶提取物水解液, 得到主要含模板槲皮素及与槲皮素结构相似化合物山奈酚两种黄酮的组分.研究证实了MIP技术用于直接分离、提取中草药中具有特定药效化合物的可行性.; 谢建春骆宏鹏朱丽荔周力李崇熙徐筱杰; 关键词：分子烙印槲皮素山奈酚银杏叶中草药

一个新BEDT-TTF电荷转移盐的晶体结构预测被引量：2: 2002年; 用分子力学方法预测了一个新的电荷转移盐(ET)2FeCl4的晶体结构.用密度泛函理论(DFT)对(ET)2FeCl4系列电荷转移盐的单晶电子能量进行了计算.通过对比相近晶体的晶体结构和电子能量,解释了计算所得晶体结构的合理性.; 郭森立侯廷军徐筱杰张斌朱道本; 关键词：晶体结构分子力学密度泛函理论电子能量

对pluronic水溶液介观相分离的理论模拟研究被引量：5: 2000年; 用一种新的动力学密度泛函方法(介观动力学)对pluronic(P85)水溶液的介观相分离动力学进行了模拟研究.该方法可以直接给出水溶液体系中不规则三维微观形貌的动力学形成过程.在动力学模拟中,热力学参数通过平均场密度泛函方法计算得到,共聚物分子则用高斯链作为模型进行模拟研究.高斯链的最小结构单元是被抽象为键连的珠子体,代表实际体系高聚物分子中的一个单体或几个单体.研究了pluronic水溶液体系的动力学演变历程并讨论了嵌段共聚物中不同组分长短以及共聚物浓度等因素对溶液微观形貌和体系性质的影响.和其它平衡态模拟方法相比较,介观动力学方法可以给出介观相分离的时间演变过程,有助于加深对很多工业加工处理过程和生理过程机理的理解.; 李有勇侯廷军王凯旋郭森立徐筱杰; 关键词：PLURONIC 介观动力学表面活性剂

分子烙印技术在沙棘功效成分提取中的应用被引量：25: 2002年; 槲皮素和异鼠李素为黄酮类物质,是中药沙棘治疗和预防多种心血管疾病的主要功效成分.作者制备了以槲皮素为模板的分子烙印聚合物(MIP),从沙棘粗提物中分离提取这两种黄酮,得到良好的效果.; 周力谢建春戈育芳徐筱杰; 关键词：沙棘槲皮素黄酮中药

天然胰岛素及其突变二聚体对盐浓度和pH值的依赖性: 2001年; 基于形式电荷（formal charge）参数设置,用有限差分泊松-玻尔兹曼方法（FDPB）来预测蛋白质结构的稳定性.以人的2Zn天然胰岛素及其速效突变体B9D（B9Ser→Asp）,B9E（B9Ser→Glu）,B9EB10D（B9Ser→Glu,B10His→Asp）和B10D（B10His→Asp）为研究对象,研究了溶液中不同pH值及盐离子浓度对天然胰岛素和突变体稳定性的影响,阐明了这些突变体具有速效特性的结构和理论基础.计算结果与实验相吻合.; 马晓慧李春华卢本卓卢本卓陈慰祖王存新徐筱杰; 关键词：静电相互作用胰岛素糖代谢蛋白质 PH值盐浓度

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