NBS-LRR(nucleotide-binding site and leucine-rich-repeat)是植物中最大类抗病基因家族之一。番茄基因组测序完成为全基因组水平上分析NBS-LRR抗病基因家族提供了机遇。利用生物信息学方法对番茄NBS-LRR抗病基因家族成员数目进行鉴定,并对其染色体定位和系统发育关系进行了分析。随后,将番茄和马铃薯NBS-LRR抗病基因进行了比较基因组学分析。结果表明:番茄基因组共包括252个NBS-LRR抗病基因,分布于番茄12条染色体上;63.5%的基因成簇存在,大部分为串联重复;系统发育关系分析表明番茄CC-NBS-LRR(CNL)亚家族较其他亚家族扩展程度大;同线性分析发现番茄中共79个NBS-LRR抗病基因与马铃薯基因具有同源关系。结果将为番茄NBS-LRR抗病基因家族的深入研究提供依据,同时也为利用番茄NBS-LRR基因进行基因定位以及相关抗病基因克隆等奠定基础。
热激蛋白70（heat shock protein 70，Hsp70）是植物应对高温和其他胁迫环境时所产生的一类特定的应激蛋白。本文以番茄基因组数据为基础，利用生物信息学方法对Hsp70基因家族进行鉴定与分析。结果表明，番茄至少含有22个Hsp70基因成员，蛋白质序列长度为210-890个氨基酸之间，具有0~12个内含子；具有4对重复基因；滑动窗口分析结果表明，这些基因中的一些区段（或者位点）可能受到正选择的压力。此外，序列比对发现这些Hsp70基因家族成员具有多个保守基序；染色体定位发现他们不均匀分布在番茄的11条染色体上；系统发育关系揭示番茄和拟南芥Hsp70基因家族成员可以分为4组，每组成员数目是变异的，并且存在3对旁系同源基因和7对直系同源基因，表明Hsp70基因家族在番茄和拟南芥分化之前就已经存在。
