国家自然科学基金(30901155)
- 作品数：6 被引量：21H指数：3
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- 基于全基因组的毛竹同义密码子使用偏好性分析被引量：7
- 2017年
- 密码子使用偏好性是物种在遗传信息传递过程中的一个重要特点,分析物种的密码子使用偏好性对于了解该物种遗传信息的传递规律具有重要意义。应用Codon W软件对毛竹Phyllostachys edulis基因组中的26 103个蛋白质编码基因序列进行了分析,计算了位于密码子3个位置的G+C含量、有效密码子数、同义密码子的使用频率等,确定了毛竹的最优密码子。结果显示:毛竹密码子第1位和第3位的G+C含量明显高于第2位,表现出对以G或C碱基开头和结尾的密码子发生强烈偏向使用,且确定的26种最优密码子均以G/C碱基结尾。与模式动植物酵母Saccharomys cerevisiae,大肠埃希菌Escherichia coli,果蝇Drosophila melanogaster,拟南芥Arabidopsis thaliana,烟草Nicotiana tabacum,水稻Oryza sativa,玉米Zea mays,小麦Triticum aestivum等8个代表性物种进行比较,结果显示:毛竹密码子偏好性与模式动植物存在不同程度的差异,与大肠埃希菌、酵母、果蝇、拟南芥、烟草和玉米的差异较大,差异分别为8个、11个、6个、7个、6个和6个,而与小麦的差异较小(1个),与水稻完全一致。密码子偏好性差异大小在一定程度上反映物种间的进化关系。
- 黄笑宇许在恩郭小勤
- 关键词：植物学毛竹密码子偏好性
- 毛竹IDD基因家族的生物信息学分析被引量：7
- 2014年
- IDD基因家族编码一种混合型的转录因子,本文通过本地Blast从毛竹（Phyllostachys heterocycla）基因组数据库获取到了9个IDD家族基因,并命名为PhID1和PhIDD1-8,其氨基酸序列均具IDDdomain结构特征,一个假定的核定位信号、2个C2H2和2个C2HC。氨基酸理化性质分析发现,PhIDD蛋白均为亲水性蛋白,含量较多是丙氨酸（Ala）、丝氨酸（Ser）和甘氨酸（Gly）,全序列等电点分布在8.8-9.7之间,仅PhIDD2蛋白的等电点为5.6。除PhIDD2外,IDD-domain的等电点与全序列等电点基本一致。PhIDD蛋白二级结构含量分析发现无规则卷曲和α-螺旋含量最多,β-转角和延伸链分布在整个蛋白中。蛋白磷酸化位点预测结果显示磷酸化位点数量在20-29个不等。三维结构分析显示,PhIDD1在63-175氨基酸处,会形成α-螺旋,β-折叠及无规则卷曲及明显的锌原子结合位点。
- 关鹰许在恩郭小勤
- 关键词：毛竹转录因子生物信息学
- 新开发的禾本科通用性分子标记的检测与评估被引量：2
- 2014年
- 为开发更多的适用于禾本科Poaceae植物通用性分子标记,丰富竹类植物的遗传信息,依据禾本科单拷贝同源基因(COSⅡ)已知序列的保守区域设计了14对引物,以此引物对刚竹属Phyllostachys植物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并对部分扩增产物进行测序。结果所有引物可以在至少1个材料中得到特异性扩增,其中7对引物在5个供试材料中均能扩增到产物,13对引物在5个样本中表现出多态性,占引物总数的92.9%。对部分扩增产物进行测序,所测序列均为特异性扩增序列。同一引物在不同样本中的扩增片段间存在单核苷酸多态性(SNP)位点,部分SNP位点会导致氨基酸序列提前终止或酶切位点变化。对有合适内切酶存在的变异位点进行PCR-RFLP验证,验证结果与测序结果一致。利用NTsys 2.10e软件,对5个供试竹种材料进行了亲缘关系分析,毛竹Phyllostachys edulis与绿粉竹Phyllostachys virdiglaucescens亲缘关系最近,紫竹Phyllostachys nigra与其他4个竹种亲缘关系最远。所开发的14个COSⅡ引物在刚竹属植物中具一定通用性,同时挖掘出更多竹类植物中的遗传信息。
- 李兵娟肖国辉许在恩郭小勤
- 关键词：竹类植物
- 4种竹子的核型及其基因组大小被引量：5
- 2016年
- 【目的】竹类植物种类繁多,不同类型竹种染色体数目差异较大,本研究旨在揭示不同竹种染色体核型特征及其基因组大小信息,进而从核型进化角度判断不同竹种的进化顺序,分析不同竹种基因组大小与其染色体数目之间的关系。【方法】以散生竹种雷竹、黄杆乌哺鸡竹,混生竹种日本矮竹及丛生竹种鱼肚腩竹为研究材料,采用传统压片技术对这4个竹种的核型特征进行研究,同时利用流式细胞仪测定这些竹种的基因组大小。【结果】1）4种竹子的核型参数分别为：雷竹核型公式为2n=48=40m＋6sm＋2st,染色体相对长度变化范围为2.464%-6.269%,臂比大于2的染色体比例为12.50%,最长染色体与最短染色体之比为2.554,核型不对称系数为60.107,核型分类属于2B类型;黄杆乌哺鸡竹的核型公式为2n=48=24m＋16sm＋8st,染色体相对长度变化范围为2.185%-9.091%,臂比大于2的染色体比例为29.17%,最长染色体与最短染色体之比为4.161,核型不对称系数为64.49,核型分类属于2C类型;日本矮竹的核型公式为2n=48=28m＋18sm＋2st,染色体相对长度变化范围为2.080%-7.881%,臂比大于2的染色体比例为20.83%,最长染色体与最短染色体之比为3.789,核型不对称系数为61.505,核型分类属于2B类型;鱼肚腩竹核型公式为2n=69=40m＋25sm＋4st,染色体相对长度变化范围为1.790%-4.382%,臂比大于2的染色体比例为28.57%,最长染色体与最短染色体之比为2.448,核型不对称系数为64.076,核型分类属于2B类型。2）雷竹、黄杆乌哺鸡竹、日本矮竹及鱼肚腩竹的2C DNA含量分别为（3.71±0.10）pg,（3.93±0.85）pg,（4.67±0.52）pg和（2.92±0.38）pg。【结论】根据核型不对称系数等指标判断,4个竹种的进化程度从原始到进化依次为雷竹、日本矮竹、鱼肚腩竹、黄杆乌哺鸡竹;在基因组大小方面,4个竹种中,丛生竹种鱼肚腩竹染色体数目最多,但是其2C DNA含量却是4个�
- 贾芳信周明兵陈荣杨海芸高培军徐川梅
- 关键词：竹类植物染色体核型基因组大小
- 倭竹族14-3-3非ε类基因编码区单核苷酸多态性被引量：1
- 2016年
- 为研究倭竹族Shibataeeae中14-3-3非ε类基因的结构及其编码区单核苷酸多态性,分别从倭竹族5个不同属的代表种中获得14-3-3b,14-3-3c,14-3-3e,14-3-3f的基因全长。这些基因均包含5个外显子和4个内含子,编码序列(CDS)大小为771~789 bp。14-3-3b,14-3-3c,14-3-3e和14-3-3f编码区序列中分别有21,19,26和17个单核苷酸多态性(SNP)位点,SNP频率分别为1SNP/38 bp,1SNP/41 bp,1SNP/30 bp,1SNP/46 bp,基因核苷酸多样性(π)值分别为0.012 17,0.011 83,0.015 21,0.010 38。同一基因在不同竹种间氨基酸序列一致性均达99%以上,毛竹Phyllostachys edulis Pe14-3-3b,Pe14-3-3c,Pe14-3-3e,Pe14-3-3f蛋白的理化性质非常相似,均为亲水性蛋白,含量较多的是丙氨酸(ala),谷氨酸(glu),亮氨酸(leu),等电点为4.75~4.90,这4个蛋白的二级结构也非常相似,α-螺旋结构含量最高,无规则卷曲其次,β-转角和延伸链很少。上述研究为进一步探索竹类植物14-3-3生物学功能奠定基础。
- 许在恩俞瑜李兵娟陈虹君郭小勤
- 关键词：分子遗传学竹类植物单核苷酸多态性
- COSII分子标记在刚竹属的通用性被引量：1
- 2013年
- 应用30对COSII引物对刚竹属4个竹种及其一个栽培变型进行PCR扩增,电泳结果显示,所有引物都可以在至少3个竹种中获得特异性PCR产物,共扩增出101条带,其中88条表现出多态性,占87.13%。其中2对引物在5份材料中均扩增出一致的多拷贝条带。利用NTsys 2.10e软件,对5个供试竹种材料的亲缘关系进行了分析,从聚类结果看,当遗传系数为0.658时,5个供试材料可以分为3类,紫竹与花哺鸡竹各自单独成一类,桂竹、罗汉竹和斑竹的亲缘关系比较近,形成第3类。这一分类结果与形态学分类结果大致吻合,表明基于水稻等禾本科植物的基因组序列开发出来的COSII分子标记在竹类植物中具一定通用性,且可用于鉴定竹种间的亲缘关系。
- 肖国辉钱纪梅李兵娟许在恩郭小勤
- 关键词：COS刚竹属亲缘关系
