国家自然科学基金(31100913)
- 作品数：10 被引量：6H指数：1
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- Lotus japonicus共生固氮基因的比较基因组学被引量：1
- 2013年
- 以模式植物Lotus japonicus基因组为研究对象,首先应用了现有生物信息学软件BLAST程序对Lotus japonicus的全基因组序列进行了比较分析,鉴定两个序列之间的相似性并将其基因筛选出来;其次结合Blastp的数据结果提供的基因同源信息,和基因在染色体上的位置信息,对其全基因组进行共线性分析确定基因组中由WGD产生的重复基因有2197对,以获得Lotus japonicus多倍化发生的规模高达28.05%;再次在NCBI上初步搜索并获得与共生固氮相关的基因序列有12个同时根据获得的共生固氮相关的基因在四个禾本科物种中进行比较分析,并且对其进行了简单的系统进化分析,发现全基因组倍增可能有利于共生固氮相关的基因家族的扩增。
- 黄世栋冀洪芳聂旋成婷婷杨艳梅王金鹏
- 关键词：固氮基因比较基因组学系统发育树
- 玉米亚基因组中代谢基因的分化研究
- 2014年
- 为了确定玉米代谢通路中2个亚基因组基因的分化情况,对玉米和高粱进行了共线性分析,确定了玉米的2个亚基因组Maize1和Maize2基因组成,统计了玉米所有407个代谢通路中的亚基因组基因保留情况,并对它们的基因长度进行了双样本均值分析(Z-检验)和通路中2个亚基因组基因保留情况进行χ2检验。结果表明,Maize1、Maize2的基因长度没有显著的差异;基因保留具有显著差异的通路大约占总代谢通路的4.4%,作为亚基因组,Maize2在全局上受到更大基因丢失的影响,有更多的DNA丢失,而Maize1相对保留了更多的代谢基因,拥有更大的表达量。
- 张宪王金朋雷天宇金殿川
- 关键词：玉米代谢通路基因丢失分化
- 谷子和玉米基因组多倍化进化比较分析被引量：3
- 2014年
- 以谷子和玉米为研究对象,基于比较基因组学,利用改进的基因同源共线性方法对其基因组结构和基因同源信息进行比对分析,确定了物种基因组加倍的规模和加倍后的进化规律。结果表明:谷子中有3 846对(10.9%)、玉米中有6 016对(18.5%)由多倍化产生的重复基因,它们之间的直系同源基因对为13 652对;通过同源共线基因间的同义核苷酸置换率分析证实,玉米与谷子不仅共同经历了一次古老的全基因组加倍,而且在约12个百万年前玉米独立发生了一次较近的全基因组加倍;加倍后产生的大量重复基因片段常分布在染色体末端;基因组进化分析发现,玉米基因组进化速率比谷子快1/14。
- 张琼王振怡马雪莲聂林曼汪厚龙王金朋
- 关键词：谷子玉米多倍化重复基因
- 禾本科同源染色体对趋同进化的比较基因组学被引量：1
- 2014年
- 多个禾本科物种全基因组测序的相继完成为禾本科植物基因组物理和遗传结构进化历史的研究提供了前所未有的良好机遇。以五个禾本科物种为研究对象,利用基因同源共线性方法对其基因组进行了比对分析,获得了物种的同源信息,并根据同源信息结合基因组同源结构分析,确定了物种基因组内和基因组间的同源染色体片段。比较分析同源染色体对上重复DNA片段之间的分子距离,初步揭示了禾本科植物同源染色体对间趋同进化规律,研究结果有助于理解染色体结构受非正常遗传重组影响的进化机制。
- 马雪莲王振怡聂林曼汪厚龙张琼王金朋
- 关键词：多倍化趋同进化
- 基于数学建模平台的《网络优化》课程的“三位一体”教学体系构建
- 2014年
- 当前,各高校《网络优化》课程的理论授课相对到位,但存在着一些严峻的共性问题:理论教学主宰课堂,实践教学没有得到体现;教学套路老化;评价体系不健全。为应对此严峻现状,河北联合大学引入了问题研究教学法,在教学中通过问题研究教学将数学建模的思想融入《网络优化》课程来充分突出实践教学,从而构建了基于数学建模平台的《网络优化》课程的"三位一体"教学体系。
- 冯立超何亚丽王金朋
- 关键词：数学建模网络优化理论教学实践教学
- 谷子、玉米重复基因间基因置换的系统发育分析被引量：1
- 2014年
- 以谷子和玉米为研究对象,利用系统发育分析和比较基因组学推断了重复基因间可能的基因置换,旨在对其基因组中由全基因组加倍产生的重复基因的相互作用机制进行研究。结果表明,谷子中有192对(18.9%)、玉米中有121对(11.9%)的重复基因在其进化过程中发生了基因置换,且重复基因对之间的置换常常是以部分基因置换为主,谷子发生置换的基因对中有88.4%、玉米中有76.5%是部分基因置换;基于动态规划和系统发育相结合的方法,确定了谷子、玉米多个重复基因对间发生过不止1个片段的基因置换;对基因置换与重复基因在染色体上物理位置的相关性分析发现,基因置换与基因在染色体上的位置显著相关,对不同染色体区域重复基因发生置换的频率进行统计分析表明,靠近染色体末端的重复基因对更易发生置换。
- 王金朋聂林曼王振怡马雪莲张琼
- 关键词：谷子玉米重复基因基因置换系统发育分析
- 禾本科植物中调控产率基因GS5的进化被引量：1
- 2012年
- GS5作为正调控水稻粒径大小的基因,对于水稻的产率调控具有十分重要的作用,然而关于GS5基因家族的进化还不是很清楚。通过对水稻中的GS5基因和水稻、高粱、玉米、二叶短柄草、谷子的全基因组序列分别进行比较分析,发现在五个禾本科植物中均有调控粒径大小的基因存在;共线性分析揭示基因倍增有利于GS5基因家族的扩增;另外,系统发育分析表明其家族中有些基因的进化速率明显较快,这将使得一些基因会较快变异为新的基因序列。
- 张帅王金朋张宪金殿川
- 关键词：系统进化树
- 系数连续的反射倒向随机微分方程的表示定理与逆比较定理
- 2014年
- 在适当的假设条件下,建立了系数连续且满足线性增长条件的反射倒向随机微分方程(reflected backward stochastic differential equations,RBSDEs)的局部表示定理,利用此表示定理,建立了此类RBSDEs的局部逆比较定理。
- 郑石秋冯立超刘秋梅
- 关键词：倒向随机微分方程比较定理表示定理
- 魏县旅游线路设计与评估
- 2013年
- 近年我国旅游业蓬勃发展,有效分析和理解相关数据,设计最佳旅游线路,有助于更好的服务于旅游业。以邯郸市魏县旅游景点为实例,建立最佳旅游线路的图论模型,应用TSP问题的动态规划算法进行最佳旅游路线设计。并基于层次分析法从文化历史、景色优美、交通状况、人流量四个方面进行旅游景点的筛选,对旅游景点评估后设计最佳旅游路线。
- 杨艳梅王金朋邸建勇张晓蔚
- 关键词：层次分析法
- 浅析数学建模竞赛对《网络优化》课程建设的启示
- 2013年
- 介绍数学建模竞赛的由来及其重要意义,探讨了数学建模竞赛对《网络优化》课程建设有着重要的促学促教启示:能够激发学生对学习的兴趣;能够培养学生网络优化知识解决问题的能力;能够促进学生学习的主动性;能够培养学生的思维能力;能够促进教师对《网络优化》课程内容的的把握和知识的理解,最终促进知识的传授。
- 冯立超杨艳梅杨爱民阎少宏
- 关键词：数学建模竞赛网络优化
